Il Sudan del Sud ha partecipato ai Giochi della XXXI Olimpiade, che si sono svolti a Rio de Janeiro, in Brasile, dal 5 al 21 agosto 2016, con una delegazione di tre atleti, due uomini e una donna, tutti impegnati nell'atletica leggera. Portabandiera alla cerimonia di apertura è stato il maratoneta Guor Marial.
Si tratta della prima partecipazione ai Giochi olimpici per il Paese. Non sono state conquistate medaglie.
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