La stagione 2003 dei San Francisco 49ers è stata la 54ª della franchigia nella National Football League. Fu la prima stagione sotto la direzione del capo-allenatore Dennis Erickson, la cui assunzione fu altamente controversa a causa del modo in cui venne gestito il cambio in panchina. La squadra terminò con un record di 7–9, perdendo diverse gare punto a punto.[1].