Nel 2001 fu coinvolto nello scandalo doping che travolse la nazionale finlandese ai Campionati mondiali di sci nordico 2001: poiché risultò positivo all'amido idrossietilico fu privato della medaglia d'oro nella staffetta che in un primo momento gli era stata assegnata[1][2]. Myllylä riconobbe la propria colpevolezza e, in seguito, ammise di aver fatto uso di sostanze dopanti (EPO) durante l'intera carriera. Scontata la squalifica di due anni tentò di ritornare alle gare, con scarsi risultati, fino al definitivo ritiro nel 2005[2].
Procedimenti giudiziari e morte
Già afflitto da alcolismo durante il periodo di attività sportiva, dopo il ritiro il problema si acuì. Tra il 2008 e il 2010 fu più volte arrestato per guida in stato di ebbrezza e condannato in ogni occasione a 30-40 giorni di carcere; anche l'uso di doping fu oggetto di un procedimento giudiziario[2][3].
Venne trovato morto dalla polizia nella sua casa di Kokkola il 5 luglio 2011; non furono fornite indicazioni ufficiali sulla causa del decesso, anche se la stampa parlò di suicidio[2][3].