Nel 1968 venne per la prima volta espressa la volontà della realizzazione di una rete di metropolitana nella città di Kyoto. Nel 1972 il progetto fu approvato, e due anni dopo i lavori iniziarono, con l'inaugurazione della prima linea nel 1981 con la tratta Kyoto - Kitaōji. Una particolarità che rese, all'epoca, la metropolitana di Kyoto all'avanguardia, fu la presenza degli ascensori nelle quattro principali stazioni. Per migliorare l'accesso ulteriormente, le banchine delle stazioni vennero perlopiù realizzate a isola. Nel 1988, dopo l'estensione a Takeda, iniziarono le operazioni dirette sulla linea Kintetsu Kyōto fino a Shin-Tanabe. Per gli eventi principali successivi si faccia riferimento alla seguente cronologia:
1º luglio 1993 Introduzione della Traffica Kyo-Card, il primo abbonamento contactless di Kyoto
12 ottobre 1997 Estensione della linea Karasuma a Kokusai-Kaikan.
31 dicembre 1997 Inaugurazione del primo tratto della linea Tōzai fra Daigo e Nijō
1º marzo 2000 Inizio del supporto per la carta Surutto Kansai
15 marzo 2000 Il servizio diretto sulla linea Kintetsu Kyoto raggiunge Nara
26 novembre 2004 Estensione della linea Tōzai a Rokujizō: raggiunta la città di Uji; introduzione della numerazione di stazione
I prezzi sono aggiornati alla data del 7 gennaio 2006 e sono validi per un adulto. I prezzi per i bambini sono della metà (arrotondati a multipli di 10).
Assieme alla Ferrovia Rapida di Saitama, la metropolitana di Kyoto ha la tariffa minima più alta del Giappone.
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