La stazione ferroviaria della JR è costituita da due piattaforme a isola con 4 binari. Si tratta di una stazione di biforcazione fra le linee Biwako e Kosei.
Come le altre stazioni della linea, anche quella della metropolitana di Yamashina è dotata di una banchina centrale a isola con due binari sotterranei dotati di porte di banchina.
La stazione di Keihan-Yamashina è situata di fronte alla stazione JR, in un edificio separato.
Come le altre stazioni della linea, anche quella della metropolitana di Yamashina è dotata di una banchina centrale a isola con due binari sotterranei dotati di porte di banchina.
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