Le dodici squadre si affrontarono in partite di andata, ritorno e terzo turno, per un totale di 33 giornate.
In funzione dell'ampliamento, a partire dalla stagione seguente, del numero delle partecipanti alla prima divisione da 12 a 16 squadre, fu previsto che, al termine del campionato 2008-2009, solo l'ultima classificata della Ligat ha'Al sarebbe stata retrocessa direttamente in Liga Leumit. La penultima avrebbe, invece, disputato uno spareggio con la sesta classificata della seconda divisione. Le prime cinque classificate di quest'ultima sarebbero state, invece, promosse in Ligat ha'Al 2009-2010.
Iniziata il 30 agosto 2008, la stagione 2008-2009 si concluse il 29 maggio 2009 con la vittoria del Maccabi Haifa (undicesimo titolo nazionale).
^Beitar Gerusalemme penalizzato di 3 punti per cori razzisti pronunciati dai suoi sostenitori contro un calciatore del Maccabi Petah Tiqwa: (EN) Sports Shorts, in Haaretz, 6 maggio 2009. URL consultato il 22 maggio 2011.
^Beitar Gerusalemme non ammesso alle Coppe europee per la stagione 2009-2010, per mancato incontro con i delegati UEFA: (EN) Sports Shorts, in Haaretz, 6 maggio 2009. URL consultato il 22 maggio 2011.