L'edizione 2008-09 è la 16ª edizione della 1. liga, è cominciata il 2 agosto 2008 per terminare il 30 maggio 2009. Ha visto la vittoria finale dello Slavia Praga.
Lo Sparta Praga va in testa al campionato dopo cinque giornate. All'ottava lo Slavia supera i rivali concittadini e vince il suo secondo titolo consecutivo.