In un bar Sonoko rivela a Ran di essere riuscita a ottenere un biglietto per un concerto. Nello stesso istante una ragazza si accorge di non avere più con sé il biglietto per il medesimo evento e accusa Sonoko di averglielo sottratto. Il giorno seguente ella si ripresenta nel locale affermando che il suo biglietto è stato messo in vendita su internet e il nickname del venditore l'ha portata a pensare che il biglietto sia stato rubato da uno dei camerieri.

Kogoro, Ran, Conan e i Giovani Detective visitano il monte Aso nella prefettura di Kumamoto. Qui scoprono che una spia industriale ha sottratto alcune informazioni importanti a una società. La chiavetta USB che racchiude i dati dell'azienda è stata infilata all'interno di un pupazzo Kumamon. Durante la fuga l'uomo si scontra con un ragazzino che porta con sé la stessa mascotte e i peluche vengono accidentalmente scambiati. Per potere recuperare i dati il ladro lo rapisce.

Il ragazzino riesce a farsi notare dalla gente grazie al suo fascino. Conan e i Giovani Detective, accompagnati da un componente dell'azienda derubata, riescono, quindi, a capire dove è stato portato l'ostaggio. Nel frattempo Kogoro e la polizia si appostano nel luogo dove deve avvenire la consegna del riscatto. L'uomo viene catturato, ma Conan ha capito che nel rapimento è coinvolta anche un'altra persona.

Mentre stanno giocando a calcio i Giovani Detective notano un gatto randagio. L'unghia dell'animale si impiglia nel vestito di Ai e il filo viene trascinato sin dentro il camion di un'azienda di spedizioni. I Giovani Detective decidono di seguire il gatto nel furgone, ma qui Conan trova un cadavere. I ragazzi non possono uscire perché i due fattorini potrebbero aggredirli per eliminare eventuali testimoni. Come se non bastasse una parte del filo che penzola all'esterno del mezzo si impiglia in un ostacolo e il vestito di Ai si disfa lasciandola in biancheria.

I Giovani Detective sono nei guai e, dopo avere provato a inviare dei messaggi in tutti i modi, vengono scoperti. Si salvano grazie al provvidenziale intervento di Amuro, che ha trovato il messaggio di Conan. Ai, sospettosa di Amuro, si mette il cappuccio per nascondersi. Amuro scopre quindi dove abita Agasa e quando va via Subaru lo osserva dalla finestra.

Kid ha annunciato di volere rubare il Blush Mermaid, ovvero il gioiello che Jirokichi avrebbe dovuto esporre a bordo del Bell Tree Express. Conan, Ran e Sera sono stati invitati all'evento e ad accoglierli c'è Sonoko. Masumi chiede a Ran informazioni sul proprio cappello datole da Ran dopo averlo raccolto da terra sul Bell Tree Express, e quando lei le chiede informazioni riguardo all'uomo vestito di nero che lo stava indossando (che altri non era che Vermouth travestita da Akai) la conversazione viene interrotta da Jirokichi. I tre raggiungono la stanza del Blush Mermaid e scoprono che il prezioso è incastonato sopra il carapace di una tartaruga viva. Kid commette il furto e sia Sera che Conan sono convinti del fatto che il ladro sia ancora all'interno. Conan sospetta che Kid si sia travestito da Ran.

Conan, utilizzando la voce di Sonoko, rivela che è stato Suzuki a prendere il Blush Mermaid. Jirokichi, che si vergognava di avere acquistato gioielli falsi e di non averli fatti stimare, voleva liberarsi dei preziosi evitando di fare una brutta figura. Kid ha rinunciato al colpo nel momento in cui l'animale è stato attirato spontaneamente verso la calamita che aveva installato nella vasca. I diamanti falsi, infatti, contengono un elemento che viene attratto dai magneti. Conan capisce anche che Kid ha preso il posto di Sera. Questa, imprigionata nel bagno degli uomini, riesce a liberarsi e sferra un calcio a Kid prima che quest'ultimo possa dileguarsi. Sera rivela alle ragazze che l'unico capo di abbigliamento a cui tiene è il suo cappello perché il suo fratello defunto (Shuichi Akai, ma non nomina il suo nome) ne portava uno uguale.

Conan, Ran e Kogoro trovano una ragazza morta in un parco. Sul posto accorre anche il suo fidanzato, che afferma di avere ricevuto una email nella quale lei avvisava che avrebbe fatto tardi perché avrebbe dovuto incontrare il suo ex fidanzato. Yamamura è convinto che a ucciderla sia stato l'ex fidanzato, ma Conan, sostituendosi a Kogoro, rivela che il vero assassino si è servito del risentimento del ragazzo per nascondere la sua colpa.

Ran e Sonoko hanno ottenuto un invito per partecipare come pubblico a un programma culinario. Le due ragazze vengono accompagnate da Conan, Sera e Kogoro. Il detective viene selezionato per fare parte della giuria al posto di un critico gastronomico molto famoso che risulta irreperibile. Kogoro apre il baule contenente la frutta misteriosa che sarà il tema della puntata, ma all'interno della cassa vi è anche il corpo senza vita del giurato. Nello stesso istante Conan stava per porre una domanda a Sera, ma il ritrovamento del cadavere lo interrompe. Prima di recarsi ad analizzarlo assieme a Conan Sera si rivolge a Ran dicendo: "Da qui il sentiero porta sul nostro territorio". Il baule contenente la frutta era stato chiuso inizialmente con un lucchetto dalla persona che aveva il compito di decidere l'ingrediente misterioso; in seguito la cassa era stata inviata alla produzione dove era stato aggiunto un secondo lucchetto. Successivamente il primo lucchetto era stato rimosso per poi portare il baule in trasmissione e aprirlo in diretta.

Conan nota sporgere dalla bocca di Sera un canino e si domanda se ha già visto da qualche parte quella persona. Conan e Sera riescono a spiegare il trucco utilizzato dall'omicida sui lucchetti per inserire il corpo della vittima nel baule senza utilizzare la chiave. Alla fine delle indagini Conan rivolge a Sera la domanda che stava per fargli precedentemente: "Noi due ci siamo già visti?". Sera gli sorride e gli risponde di no, ma pensa tra sé che non è ancora giunto il momento di rivelarglielo.

Kogoro, Ran e Conan sono ospiti di una famosa attrice. Qui conoscono i tre figli della donna che vengono trattati dalla madre in modo molto autoritario. L'attrice chiede alla sua assistente di andare a comprare un po' di marmellata di rose mentre lei si reca a fare un riposino. L'assistente però ha un incidente con l'auto prima di uscire dalla villa. Tutti accorrono verso il mezzo per aiutarla ma, in quel momento, divampa un incendio nella stanza dell'attrice.

Agasa e i Giovani Detective si recano a una mostra di modellini e diorami. Una donna trova il cadavere di uno dei progettisti delle opere in esposizione. Conan accorre sul luogo del delitto e, da dietro una porta, sbuca un giornalista che viene prontamente bloccato da Ai. Oltre al giornalista ci sono altri due sospettati: la sua fidanzata e un altro appassionato di modellini.

Yumi racconta a Naeko un episodio passato in cui lei, poiché stava per entrare in polizia, aveva deciso di rompere con il suo ex ragazzo e lui le diede una busta e le disse di non aprirla fin quando "non li avrebbe collezionati tutti e sette", e da allora non si fece più sentire. Durante la conversazione i Giovani Detective, al ritorno da scuola, incontrano Yumi e Naeko. Questa ripensa a quando si conobbe con Chiba quando erano bambini, quando lui gli proibì di attraversare la strada col semaforo rosso. In quel momento Naeko riceve una chiamata da una sua amica che le segnala la presenza di un cadavere nell'abitazione dove sta prestando servizio come domestica. La proprietaria della casa si è impiccata, ma ha lasciato un biglietto di addio un po' ambiguo che non convince Conan e le due agenti. Inoltre il suo vicino è l'ex fidanzato di Yumi.

Sulla scena del crimine arriva Chiba che però non riconosce Naeko. Poco dopo si presenta anche il figlio della vittima, che afferma di essere passato a trovare i genitori, ma di non avere trovato nessuno. L'ex fidanzato di Yumi non vuole rivelare dove si trovava al momento del delitto rendendosi immotivatamente sospetto. La polizia riesce però a capire che il biglietto di addio era stato scritto quattro anni prima, quando lei stava per restare vittima di un incidente aereo. L'assassino aveva sfruttato il fatto che gli eventi accennati nel messaggio potevano adattarsi anche alla situazione attuale. I Giovani Detective trovano la prova che conferma definitivamente l'identità del colpevole. Conan mostra ai Giovani Detective che Shukici, l'ex fidanzato di Yumi, è un campione di shogi e anche Naeko, dopo averlo scoperto, lo riferisce alla poliziotta ma lei non la prende tanto seriamente.

Ran e Conan accompagnano Sonoko a un matrimonio. Al termine della cerimonia gli sposi vengono assassinati. Apparentemente lo sposo è morto prima della sposa e quindi, visto che il matrimonio era già stato precedentemente registrato, tutti i beni andranno al fratello della donna. Conan però, sfruttando la voce di Sonoko, riesce a dimostrare che la sposa è stata assassinata per prima proprio dal fratello che, sommerso dai debiti, ambiva a ottenere il denaro della famiglia del cognato.

Conan, Ai, Agasa e i Giovani Detective si dirigono allo Hanami per ammirare l'annuale fioritura dei ciliegi. Qui Conan si incontra con Jodie per discutere degli ultimi avvenimenti. Conan le rivela che l'uomo con la cicatrice somigliante ad Akai altri non è che Bourbon e che quest'ultimo si era travestito per verificare le reazioni degli altri agenti dell'FBI nel vederlo passeggiare in città. Jodie capisce così che Akai è veramente deceduto. Conan le rivela anche che Bourbon lavora ancora al Poirot e non ne capisce il motivo dato che il suo obiettivo, cioè uccidere Sherry, è andato "a buon fine". Conan chiede a Jodie che l'FBI indaghi su Amuro per scoprire il motivo della sua permanenza. In quel momento sopraggiunge Touhei, che afferma di essere uno degli ostaggi della rapina in banca avvenuta qualche mese prima e nella quale sua moglie, anch'essa fra gli ostaggi, aveva coperto occhi e bocca di Jodie con il nastro adesivo su ordine dei rapinatori. Benzaki, sentendo parlare dell'uomo con la cicatrice, rivela a Jodie di averlo visto due o tre giorni prima. Jodie gli domanda se lo ha visto per caso bere caffè in lattina, visto che Akai era solito consumarne molto. Benzaki le chiede dettagli, ma Jodie risponde che l'uomo di cui sta parlando e quello con la cicatrice sono due persone diverse. Agasa contatta Conan perché, vicino ai bagni del parco, è avvenuto un omicidio. Una borseggiatrice è stata uccisa da una delle sue vittime. Risolto il caso, arriva una donna, moglie incinta di Benzaki, e riconosce Jodie. In quell'istante finge un malore accasciandosi addosso a Jodie e sfilandole dalla manica una cimice. Benzaki e sua moglie se ne vanno. Jodie chiama Camel dicendogli quanto rivelatole da Conan e poi, guardando il sottobicchiere con scritto "Scappa! Questo posto è pericoloso" lasciatole da un uomo nel caso delle magliette rosse nel centro commerciale si chiede chi possa averglielo dato se quell'uomo con la cicatrice non era Akai. Conan guardando Jodie pensa "Mi dispiace, agente Jodie". Alla fine si scopre la verità: i signori Benzaki altri non erano che Bourbon e Vermouth travestiti. Amuro aveva infilato addosso a Jodie una cimice per ascoltare i discorsi con Conan. Amuro rivela di avere scoperto una storia interessante, ma che finché non ne avrà la certezza non dirà di cosa si tratta.

Una giovane impiegata chiede aiuto a Kogoro per riuscire a decifrare il codice contenuto nell'invito al ricevimento di nozze di un ex-senpai universitario. Grazie a Conan Kogoro scopre che si tiene in un ristorante nella parte più alta della Tōto Bell Tree Tower e soprattutto che lei vuole uccidere l'ex fidanzato con una pistola semiautomatica dell'esercito imperiale giapponese sottratta ai genitori. Conan le invia un messaggio in codice sul cellulare, convincendola a rinunciare al suo piano prima che Kogoro, Ran, Sato e Takagi la colgano sul fatto. Alla fine viene accusata solo di detenzione abusiva di armi militari, ma l'ufficio del pubblico ministero decide per questa volta di non perseguirla, e così il caso della sparatoria mai avvenuta viene chiuso. Quella sera, a casa di Agasa, Ai e i Giovani Detective informano Conan che Sonoko li ha invitati a visitare la torre il giorno dopo.

Kogoro, Ran e Conan sono ospiti di un uomo eccentrico che ama giocare. I tre hanno il compito di catturare il padrone di casa che, per l'occasione, si è travestito da ladro. Durante l'inseguimento l'uomo subisce un incidente e muore cadendo da una scala. Kogoro e Conan non sono convinti che si tratti di una tragica fatalità.

Un ragazzo sta insegnando a Conan e ai Giovani Detective a giocare a frisbee. Sul campo arriva anche la sua nonna con il suo cane. L'animale imbratta il giubbotto di Conan e lei si offre di lavarglielo. Il giorno successivo i Giovani Detective tornano a recuperare il capo di abbigliamento, ma trovano lei assassinata e il cane narcotizzato. Gli indizi presenti sulla scena del crimine sembrano indicare che a ucciderla sia stato il nipote, ma Conan ha rilevato alcune incongruenze nella disposizione degli oggetti presenti nella casa della vittima.

Kogoro è stato contattato da una barista che percepisce strani eventi mentre lavora (rumori di bottiglie stappate e profumo di yuzu). Nel locale è presente anche una persona che sta festeggiando il suo compleanno in compagnia di tre dipendenti. Durante la serata l'uomo viene avvelenato con una puntura alla nuca.

Conan riesce a capire come ha fatto l'assassino a colpire l'uomo e a fare sparire l'arma del delitto. Alla fine del caso Takagi rivela a Conan le sue perplessità riguardo Touhei Benzaki. I rapinatori della banca avevano scelto persone non accompagnate per coprire occhi e bocca degli altri ostaggi e quindi, considerando il suo stato e la presenza del marito, sua moglie non sarebbe dovuta essere in questo gruppo. Inoltre gli agenti hanno appurato che Benzaki è single e non era presente alla rapina in banca. Conan intuisce quindi che le due persone incontrate con Jodie al parco erano Bourbon e Vermouth travestiti.