Mitsuhiko è preoccupato perché una sua amica, con la quale aveva un appuntamento, non si è presentata. Prima di scomparire, la ragazza gli aveva comunicato che avrebbe avuto bisogno anche dell'aiuto dei giovani detective. La ragazza somiglia molto ad Ai e Conan teme che l'organizzazione nera possa averla rapita. Inoltre a scuola arriva un nuovo professore, e anche quest'ultimo è sulle sue tracce.

Il caso viene risolto poiché Conan riesce a ritrovare la bambina. Il professore, che sembrava una persona sospetta, risulta essere solo un miope un po' distratto e non è un componente dell'organizzazione nera. Al termine della vicenda, Ran dice a Kogoro che è arrivato un nuovo compagno di classe. Ran gli ha subito chiesto se fosse parente di Rena, data la loro effettiva somiglianza, ma il nuovo alunno ha risposto che non lo era.

Eisuke Hondo, il nuovo compagno di Ran, vuole conoscere Kogoro, così la ragazza lo invita all'agenzia. Poco dopo, un uomo chiede a Kogoro di rintracciare la sua fidanzata, che è scappata con la sua automobile. La donna viene ritrovata morta nell'auto completamente sigillata.

Eisuke dice una frase che permette a Conan di capire come ha fatto l'uomo ad eliminare la sua fidanzata e a far sembrare che si sia suicidata. Narcotizzando Kogoro e utilizzando la sua voce, Conan svela il mistero anche all'ispettore di polizia. Durante la spiegazione, però, Eisuke si domanda cosa ci faccia Conan nascosto dietro Kogoro.

Ran, Conan e Kogoro sono al ristorante e qui incontrano Chiba e Takagi. I due devono partecipare a una festa organizzata da un amico. Per pura coincidenza, l'organizzatore ha invitato anche Sato e Yumi. Kogoro, Ran e Conan si uniscono a loro. Una delle persone invitate, una donna, decide di tornare a casa perché ha lasciato solo suo cugino di cinque anni e questi non risponde al telefono. I detective si precipitano a casa della donna, ma suo cugino è scomparso.

Conan e Sato indagano per raccogliere le prove. Nel frattempo, il bambino rapito ritorna, ma, nonostante l'organizzatore della festa voglia far decadere l'accusa di tentato rapimento, gli ispettori non possono soprassedere. Parlando con il ragazzino, Takagi riesce a capire chi l'ha rapito e lo raggiunge.

Kogoro incontra un famoso scrittore di romanzi. Questi ha alle sue dipendenze un manager e una segretaria che si prendono cura delle questioni burocratiche relative alla pubblicazione dei libri. L'uomo ha inoltre un figlio particolarmente dissennato. Verso sera Kogoro incontra il suo manager che si sta recando a casa dello scrittore perché questi non risponde al telefono. Lui, Kogoro e Conan trovano l'uomo morto.

Una signora contatta Kogoro per scoprire il motivo per cui il cane dei vicini abbaia minacciosamente ogni volta che la vede. Ran e Conan intervengono in difesa dell'animale, poiché lo conoscono e sanno che è un cane molto docile. Dopo qualche giorno, però, Kogoro viene ricontattato dalla polizia perché il cane ha aggredito la suocera della donna che si era presentata in agenzia. Il cane rischia di essere abbattuto, ma Conan, indagando sul caso, riesce a salvare l'animale.

L'insegnante dei Giovani Detective viene contattata da un giornalista che vuole intervistare i ragazzi e scrivere un articolo proprio sulla loro passione per i misteri. Genta apre la porta di casa del giornalista e lo trova morto. Conan aiuta la polizia a trovare gli indizi necessari per scoprire l'assassino.

L'insegnante dei ragazzi non ha mai visto Conan in azione e rimane molto stupita dalla sua perspicacia. Ai si accorge dei sospetti della maestra e chiede a Conan di essere più cauto durante la risoluzione del caso. Per sviare i sospetti, Conan chiede ai Detective Boys di recitare alcune frasi per dare dei suggerimenti a Megure e aiutarlo a scovare chi ha compiuto il delitto.

L'attrice Aya Ueto si presenta a casa di Shinichi per chiedergli aiuto, ma trova Conan, Ran e Sonoko che stanno facendo le pulizie. Aya spiega ai tre che una sua conoscente sembra essere uscita frettolosamente da casa dirigendosi verso Beika. Aya teme che sia capitato qualcosa di spiacevole alla donna. Ran invia un SMS a Shinichi sperando che questi possa aiutarli.

Conan, Kogoro e Ran si trovano al bar sotto casa, quando la cameriera afferma di ricevere degli strani messaggi al cellulare. I messaggi provengono da un bambino che frequenta spesso il bar. Dal contenuto degli SMS sembra che si trovi in macchina da solo mentre suo padre è a pescare. L'unica cosa che vede dal finestrino dell'auto sono tre pesci e le quattro persone iniziano a cercare il bambino.

Due uomini si rivolgono a Kogoro perché pensano di conoscere la persona che sta cercando di ucciderli. Il sospettato è un amico di entrambi sin dai tempi dell'università.

Agasa e i Giovani Detective assistono alle riprese del telefilm di Kamen Yaiba. Uno stuntman vuole provare una scena particolarmente pericolosa e litiga con tutti coloro che si oppongono alla sua decisione. Dopo una violenta lite, l'uomo sale su una delle auto predisposte per la scena e si lancia nel vuoto. La prova, però, non va come dovrebbe e lo stuntman non riesce ad uscire in tempo dall'abitacolo. L'auto precipita e l'uomo muore. Conan scopre che in realtà è stato ucciso.

Due donne trovano il corpo senza vita di un loro vicino di casa e corrono ad avvisare Kogoro. Le due signore hanno visto uscire dalla casa della vittima un uomo che, per la polizia, diventa subito il principale sospettato dell'omicidio. Conan, però, trova degli indizi che lo portano a pensare che l'assassino sia un'altra persona.

Un ragazzo viene quasi colpito da una trave e, cadendo, si rompe una gamba. Conan e i Giovani Detective assistono all'accaduto e chiamano i soccorsi. Takagi trova tra gli effetti personali del ragazzo degli oggetti che gli fanno sospettare che questi avesse intenzione di togliersi la vita. Conan teme che volesse in realtà compiere un omicidio cercando di farlo sembrare un suicidio.

Conan e i Giovani Detective vanno al mare e si divertono a raccogliere le vongole. I ragazzi restano colpiti dal comportamento di un uomo che sospira ogni volta che raccoglie una vongola e chiedono informazioni per scoprire il motivo del suo malessere. Più tardi i Giovani Detective ritrovano un rastrello e si accorgono che è stato perso dalla persona che aveva destato il loro interesse. Quando i ragazzi gli riportano l'oggetto, trovano il corpo dell'uomo riverso senza vita sul sedile posteriore della sua automobile.

L'uomo è morto a causa del cianuro presente nella sua bottiglia di tè verde. Conan è convinto che si tratti di omicidio. Con l'aiuto dei Giovani Detective, rinviene la prova che conferma la sua teoria e il colpevole viene arrestato.

Eri affida a Ran il suo gatto per qualche giorno, ma ad occuparsene, in realtà, è Kogoro, perché lei si trova a scuola per la maggior parte del tempo. All'agenzia investigativa si presenta un uomo che chiede a Kogoro di decifrare un messaggio criptato trovato sul cellulare della figlia.

Eisuke, Ran, Sonoko e Conan fanno una gita, ma l'abitazione dove sono diretti non è raggiungibile perché il ponte è crollato. Per questo motivo, Conan suggerisce di chiedere aiuto ai proprietari di una villa che si trova lì accanto. Qui, i ragazzi conoscono un gruppo di quattro musicisti che hanno acquistato l'abitazione a poco prezzo perché l'edificio è considerato "maledetto". Le persone che vi avevano abitato in passato sono tutte morte tragicamente. Eisuke afferma di avere visto una persona che lo osservava da una finestra che sarebbe dovuta essere sigillata. Una delle ragazze viene trovata impiccata nella sua stanza, proprio nel luogo dove si era verificato uno dei decessi in passato. La polizia indaga.

Conan risolve il caso e aiuta Yamamura a spiegare i fatti ai presenti. Eisuke lancia a Conan delle strane occhiate.

Kogoro partecipa a uno spettacolo di cabaret e viene accompagnato da Conan e da Megure. Uno dei comici che si esibiscono durante la serata viene ritrovato morto e i sospetti ricadono su un altro comico caduto in disgrazia per colpa del primo. L'ex-moglie del sospettato si autoaccusa dell'omicidio. Conan sospetta che voglia difendere la persona di cui è ancora innamorata.

Una coppia di promessi sposi viene minacciata da un delinquente che vorrebbe recapitare loro un "regalo" proprio nel giorno del matrimonio. La polizia indaga fra gli invitati presenti alla cerimonia. Per non far correre rischi agli sposi, Yumi e Takagi prendono il loro posto.

C'è qualche discrepanza nella ricostruzione dell'aggressione subita dalla coppia di promessi sposi e questo porta Conan a dubitare della veridicità delle affermazioni riportate dai due. I poliziotti, capitanati da Megure, tendono una trappola alla vera "mente" del piano criminoso.

Kogoro viene contattato da un famoso illusionista per scoprire quale delle cinque persone che compongono il suo staff ha intenzione di ucciderlo. Durante lo spettacolo serale, al quale presenziano anche Ran e Conan, il mago muore annegato nella vasca che veniva utilizzata per lo svolgimento di uno dei numeri in programma.

Analizzando il video realizzato da uno dei membri dello staff e gli strumenti utilizzati dall'illusionista per realizzare il suo ultimo trucco, Conan capisce che la morte dell'uomo non è stata accidentale. Utilizzando la voce di Kogoro, Conan rivela il nome del colpevole.

Ran, Conan, Kogoro e Sonoko vengono invitati da Tamanosuke a una rappresentazione teatrale. Qui, i quattro scoprono che la protagonista dello spettacolo è stata minacciata ed è rimasta ferita a causa del crollo di parte della scenografia. Conan rileva alcune analogie tra l'accaduto e la trama de "Il fantasma dell'opera". Durante la rappresentazione, la protagonista si sente male e viene sostituita proprio nel momento in cui alcune persone notano un'ombra al piano superiore. Successivamente, uno dei componenti della troupe viene assassinato e, sulla scena del delitto, viene trovato Tamanosuke.

Tamanosuke afferma di essere stato colpito alle spalle e di essere stato condotto con l'inganno sul luogo del delitto. Conan indaga e riesce a scoprire il colpevole. Conan addormenta Sonoko e convince l'assassino a costituirsi e liberare la persona che ha preso in ostaggio.

Conan, Agasa ed i Giovani Detective si recano al cinema per vedere l'anteprima del film "Star Blade". Qui, i ragazzi conoscono un uomo che si comporta in modo molto socievole con tutte le persone che sono in fila per entrare. Ad un certo punto, l'uomo si allontana per incontrare un amico e chiede ad Agasa di tenere i suoi oggetti personali. Conan trova questa azione molto sospetta.

Uno scrittore viene raggiunto dalla persona che deve ritirare la bozza del suo nuovo romanzo nell'albergo dove questi risiede per eseguire le ultime correzioni. Mentre l'uomo attende l'ultimazione del libro, lo scrittore esce dalla stanza travestito da cameriere e si reca a recuperare il testo dalla persona che realmente scrive i suoi romanzi. Qui, però, lo scrittore uccide il ragazzo e sottrae sia il "suo" romanzo, sia un giallo che il giovane stava scrivendo. Conan e i Giovani Detective, mentre giocano a baseball, lanciano per sbaglio la palla in casa della vittima e, così, scoprono il cadavere.

Conan analizza la situazione e capisce che è stato lo scrittore a eliminare il giovane. Conan, però, non ha modo di provarlo perché il colpevole ha un alibi confermato dall'addetto che lo attendeva fuori dalla stanza dell'albergo.^[2]

Una scrittrice viene trovata senza vita nella sua abitazione. Conan e Kogoro giungono sulla scena del delitto seguendo Megure. Gli unici sospettati sono i due ragazzi che hanno trovato il corpo. L'ora del decesso è stabilita tra le sette e le nove e, in questo lasso di tempo, entrambi i ragazzi hanno un alibi. Uno dei ragazzi si discolpa utilizzando come alibi una consegna di sushi per la scrittrice. Sarà questo dettaglio a far capire a Conan chi è il colpevole.

Sonoko si reca, con Ran e Conan, nel luogo dove è stata girata una soap opera con l'obiettivo di lasciare un fazzoletto rosso per segnalare a Makoto il luogo del loro prossimo incontro. I rami degli alberi, però, sono pieni di fazzoletti rossi annodati da altre fan che hanno voluto simulare le gesta della protagonista. Verso sera, i tre ritornano nel bosco e scoprono il cadavere di un uomo incontrato in mattinata.

Conan raggiunge l'assassino nel bosco per smascherarlo. Qui, Conan scopre che l'uomo è a capo di una banda e viene accerchiato dagli uomini che erano nascosti nel bosco. Anche Sonoko e Ran, preoccupate per Conan, lo raggiungono e cadono nella trappola. Solo l'intervento di Makoto permette di sbloccare la situazione.

Un uomo confessa di avere compiuto un omicidio, ma dichiara che si è trattato di legittima difesa. La vittima è una donna molto sgarbata mentre l'omicida è famoso in tutto il quartiere per la sua rettitudine. Conan, che è venuto fortuitamente a conoscenza del caso, non è convinto della confessione rilasciata dall'uomo. Infatti l'uomo ha ucciso volontariamente la signora.

Kobayashi è sparita e in aula sono comparsi dei messaggi in codice. Conan capisce subito che si tratta di un gioco ideato da Kobayashi per favorire l'integrazione di alcuni nuovi alunni.

Conan e i Giovani Detective trovano un libro a cui manca una pagina. Grazie al racconto di una loro compagna di scuola, i ragazzi riescono a capire chi può essere stato. A scuola, Kobayashi scopre che una pietra preziosa è sparita dall'aula di scienze.

Un bambino si presenta assieme al padre nell'agenzia investigativa di Kogoro e rivela di avere visto l'assassino di un cantante famoso. Grazie all'aiuto di Eisuke, Kogoro, Ran e Conan trovano un indizio per la soluzione del caso. Conan rimane perplesso dai modi di fare di Eisuke perché sono molto simili a quelli di Rena.

Alla fine del caso, Conan sospetta che Eisuke possa avere qualche rapporto con Rena oppure possa essere stato inviato dall'Organizzazione nera per scoprire dove viene tenuta nascosta la donna.

Gin e Chianti ricordano quando Rena aveva scoperto una spia nell'Organizzazione nera e, nonostante quest'ultimo l'avesse torturata, la ragazza era riuscita a mordergli la mano e ad ucciderlo. Intanto, Eisuke convince Kogoro a recarsi nel luogo dove sembra svolgersi una faccenda simile a quella del racconto La Lega dei Capelli Rossi di Sherlock Holmes: un uomo viene pagato molto per trasportare sacchi dell'immondizia in un'azienda e poi riportarli a posto. Qui, Conan, Ran, Eisuke e Kogoro incontrano per caso Takagi e Megure che stanno indagando su un caso di omicidio avvenuto proprio nell'abitazione del bambino che ha provocato l'incidente di Rena. Kogoro viene invitato a scoprire il colpevole dalla governante della casa.

Conan riesce a risolvere il caso e spiega chi è il colpevole utilizzando la voce di Kogoro. Ran rivela che Eisuke si è allontanato dopo avere chiesto al bambino molte informazioni riguardo ad una donna straniera che lo aveva contattato poco dopo la morte della madre. Conan pensa che questa misteriosa donna possa essere, in realtà, Vermouth. Nel frattempo, Gin ricorda il cognome della spia uccisa da Kir: Hondo.