Conan, Ayumi, Mitsuhiko e Genta sono in auto col dottor Agasa. Sulla strada di casa, passano davanti a un edificio e vedono una luce innaturale lampeggiante. Conan e i suoi amici leggono l'SOS in codice Morse e si dirigono verso l'edificio. Lì trovano Masaru Danno legato in una stanza. Dice loro che qui è stata piazzata una bomba. Sul posto arriva la polizia che scopre che nell'edificio non c'è nessuna bomba e il detective Chiba riceve una telefonata che lo informa di una rapina nella gioielleria Kaneko. In seguito Conan scopre cosa è veramente accaduto.

Conan, Ai e i Detective Boys sono per strada quando vedono un agente di polizia. Un'anziana signora ammette di essere stata spinta dalle scale da una strana giovane donna. Non c’è però nessuno che sia testimone dell’accaduto. Conan poi si rende conto che c'è un uomo in piedi nel vicolo vicino alla scena e gli chiede se ha visto qualcuno sospetto. Ammette però di non aver visto nessuno, prima di lasciare la scena. Dal comportamento dell'uomo, Conan pensa che sia sospettoso e insieme ai Detective Boys indagano. Conan e Ai e Ayumi scoprono che l'uomo si chiama Kaneda e vive a Shikabone. Successivamente l'uomo viene trovato e arrestato da Takagi e Chiba e viene portato alla stazione di polizia di Midoridai. Lì, Megure lo sta interrogando. Takagi poi dice a Conan e agli altri che l'uomo è Eiichi Usui ed è sospettato di un aggressore ai danni di Takeru Hachiya avvenuta al parco Midoridai. Tuttavia Usui ammette di non essere stato al parco. Dopo aver lasciato la stazione di polizia Conan nota che nell'elenco telefonico di Shikabone c'è il nome di Akira Kanieda. A Shikabone, i Detective Boys scoprono dal suo vicino che Hanieda è stato investito da un'auto il giorno prima e che somiglia ad Usui. Conan ottiene quindi la conferma che anche l'incidente è avvenuto intorno alle 13:00. Dopo aver chiesto in giro maggiori dettagli, finalmente risolve il caso.

Sono passati sei mesi dall'ammissione all'accademia di polizia e il gruppo di aspiranti poliziotti è ad una cena con delle colleghe e a Hiromitsu, vedendo una bambina per strada, riaffiorano dei ricordi del funerale di una bambina. Il signor Onizuka si presenta con una macchina appartenente ad un suo vecchio amico morto in servizio e lui la sta custodendo per poi cederla alla figlia di quest'uomo, un'aspirante poliziotta (Sato). Rei camuffa la sua invidia per quella macchina che, tra l'altro, riporta il suo stesso soprannome: Zero. Kenji racconta che suo padre possedeva un'officina ma per mancanza di clientela fallì e suo padre iniziò a studiare le bombe. A Kenji e Matsuda viene proposto di entrare nella squadra di artificieri date le loro spiccate abilità di montaggio e smontaggio di apparecchiature. Hiromitsu si reca al negozio dove in passato aveva visto l'uomo col tatuaggio e riesce a vedere una sua foto tramite un cliente del negozio. Fuori avviene un incidente e una macchina rimane attaccata tramite il paraurti ad un camion il cui conducente è svenuto. Mentre il camion continua ad avanzare arrivano in supporto Matsuda e Kenji guidando la Zero. I quattro, tramite rocambolesche acrobazie in macchina, riescono a salvare il camion evitando che precipiti da un ponte in costruzione.

Conan, Ayumi, Genta e Mitsuhiko stanno visitando un gruppo di studenti universitari membri di un club di modellismo. Tuttavia, uno degli studenti, Kazuya Shiraishi, non è soddisfatto della loro visita, perché hanno un progetto che deve essere completato domani. Mentre Kazuya sta lavorando da solo nella stanza, si sente un'esplosione e si verifica un blackout. Conan cerca di avvicinarsi alla stanza, ma Naoto Mizuhara gli impedisce di andare. Si verifica quindi una seconda esplosione e si vede del fumo dalla stanza. La porta è chiusa a chiave e Keiji Aoki chiede a Conan di chiamare i vigili del fuoco. Sfortunatamente, Kazuya inala molto fumo e muore. Successivamente arriva la polizia per indagare sulla scena.

Conan e Kogoro stanno passando davanti a un condominio quando vedono un'auto della polizia parcheggiata lì. Nell'appartamento è stata trovata morta una donna che viveva sola. Sul posto sono state rinvenute tre impronte digitali. Le prime sono dell'uomo con cui aveva una relazione. Le seconde invece sono del proprietario del bar in cui lavorava, mentre le ultime sono sconosciute. Dato che non ci sono segni di scassinamento né alla porta d'ingresso né alle finestre, la polizia avvia le indagini, ritenendo che il delitto fosse stato commesso da un conoscente.

Ran, Masumi, Sonoko e Conan vengono invitati da una compagna di Ran alla sua festa di compleanno in cui sono presenti diverse celebrità. Conan è ammalato e ha portato con sé delle pillole ma quando apre il portapillole si rende conto che ha con sé una capsula dell'antidoto dell'APTX 4869 e Masumi, accorgendosene, lo riferisce alla madre che le dice di rubarla. Durante la serata uno degli invitati viene avvelenato mentre le luci erano spente e Conan nota nel buio l'assassino che scrive qualcosa in fronte alla vittima. Mary chiama Masumi per sapere se ha recuperato il farmaco ma lei le riferisce che è avvenuto un omicidio per avvelenamento. A Mary torna così in mente una scena del passato in cui si trovava su un ponte di Londra assieme al marito Tsutomu a cui chiese se avesse trovato l'assassino di Kohji Haneda. Lui rispose di no e aggiunse che aveva avuto a che fare con un'organizzazione molto potente. Mary lo incolpa di non averle fatto sapere sue notizie dopo dieci anni ma lui le disse che a causa di un incidente in seguito a una fuga aveva perso la memoria. Mary gli comunica che si trova a Londra con la sola figlia Masumi che lui non ha mai visto. Con un gioco di parole riesce a capire che l'uomo davanti a lei non è suo marito ma qualcuno che si sta spacciando per lui e così gli punta una pistola chiedendogli di rivelarsi. Mary viene accerchiata da due uomini e quello che sembrava Tsutomu invece si scopre essere Vermouth che minaccia di ucciderla mediante l'assunzione dell'APTX 4869.

Vermouth somministra l'APTX 4869 a Mary, anche lei agente dei servizi segreti, dicendole che sarebbe morta grazie a questo farmaco creato da sua sorella minore. Mary cadde così nel fiume e tornò dalla figlia Masumi nelle sembianze di bambina. Masumi e Conan risolvono il caso individuando il colpevole e spiegando lo stratagemma messo in atto per avvelenare la vittima. Alla fine del caso Masumi saluta tutti correndo subito via e Conan si rende conto che gli ha sottratto dalla tasca il portapillole contenente l'antidoto. Masumi torna a pensare a quando sua madre si era presentata a lei con le sembianze di bambina e pensando sul da farsi videro in TV il volto di Conan. Entrambe si resero conto che quel volto era uguale a quello di Shinichi Kudo che conobbero anni prima in spiaggia e così Mary, tramite i servizi segreti, riuscì a risalire alla lista passeggeri del volo per Londra che le confermò la presenza di Shinichi Kudo sull'aereo. Decisero così di trasferirsi in Giappone per indagare su Shinichi e riuscire a recuperare il farmaco che gli aveva permesso di tornare grande. Masumi apre il portapillole e sorpresa non ci trova dentro l'antidoto in quanto Conan lo ha rimosso dalla scatola prima che gli venisse sottratta.

Ryota Beppu va all'agenzia investigativa Mori, chiedendo a Kogoro di salvare la sua ragazza, Ami Takigawa, che è stata rapita da "La pecora rossa". Intorno a mezzanotte, Ryota va al Parco Beika come indicato dalla Pecora Rossa, mentre Kogoro osserva attraverso i cespugli. All'improvviso, qualcuno appare e corre verso Ryota. È Ami, che dovrebbe essere rapita. Più tardi, Ami rivela che è solo un gioco per mettere alla prova il coraggio e l'amore del suo ragazzo, cosa popolare sui social media. Sapendo ciò, Kogoro rimprovera la coppia. Nel frattempo, Conan e Ran, entrambi incuriositi dalla "pecora rossa", si incontrano in una strada notturna. Mentre parlano, vedono una figura inquietante uscire dal tunnel davanti a loro: è una pecora rossa con un costume da animale di pezza. Dopo che la pecora rossa scappa con una borsa nera tra le braccia, un uomo giace a terra con un coltello da cucina conficcato nel petto. Secondo la polizia arrivata sul posto, l'uomo era Tetsuzaburo Wakabayashi. Era il proprietario e capo cuoco di La Mucho, il ristorante dove lavorano Beppu e Ami. Conan e gli altri si dirigono verso La Mucho, pensando che ci sia un collegamento con il caso di rapimento. Inoltre Takagi riceve una chiamata che dice che è stata inviata una lettera minatoria al computer di Wakabayashi alle dieci di sera da parte della pecora rossa. La lettere contiene un video di una donna rapita di nome Anri e la richiesta di riscatto di 50 milioni di yen.

Amuro parla a telefono con un uomo che è tenuto prigioniero in un'altra stanza dove è presente il cadavere di un altro uomo. I Detective Boys sono su un bus con la maestra Kobayashi e Rumi e si stanno recando ad una fattoria. Le due insegnanti parlano di cognomi che ricordano pennuti e Conan intercetta una parte della loro conversazione in cui Rumi parla dei corvi, riportandogli alla mente Renya Karasuma, il capo dell'Organizzazione degli uomini in nero, di cui Rumi potrebbe far parte. Sul bus è presente anche Amuro che si incontra per la prima volta con Rumi. Quando arrivano alla fattoria Ayumi scompare inseguendo una gallina e si perde nel bosco. Conan, Amuro, Mithsuiko e la maestra Kobayashi si mettono alla ricerca delle sue tracce e incontrano un signore che tira fuori dallo zaino Ayumi e le punta un coltello alla gola. Sotto minaccia, li rinchiude in un sotterraneo nel quale è recluso anche l'assistente di Amuro e Conan scopre che il cadavere dell'uomo nella stanza appartiene al gestore della fattoria, nonché il fratello del criminale che li ha imprigionati. Amuro rivela che si stava recando alla fattoria per salvare il suo assistente che è stato imprigionato dopo essersi messo alla ricerca di alcuni esplosivi rubati dal criminale. Conan deduce che la vittima nella stanza si è impiccato e tramite la ricetrasmittente si mette in contatto con Ai, Genta e Rumi che sono rimasti fuori. Conan descrive loro il criminale che compare subito dopo davanti a loro e che accoglie altri due uomini arrivati sul momento. I tre provano a chiamare la polizia e quando Rumi va per prendere il cellulare dalla sua tasca posteriore dei pantaloni si rende conto che è bucata e di aver perso una cosa importante. Genta ricorda che Amuro in precedenza aveva raccolto qualcosa da terra (una pedina dello shogi). Sfortunatamente il cellulare di Rumi cade in acqua e non riescono a chiamare la polizia. Un altro uomo che era sull'autobus sta vagando in mezzo al bosco alla ricerca di qualcosa. Amuro, analizzando il pezzo di shogi trovato, ripensa alla morte di Kohji Haneda, in seguito alla quale era risultato smarrito uno dei suoi oggetti personali a cui teneva molto: il suo pezzo dello shogi. Ayumi si risveglia e racconta dei dettagli che aveva visto nel bosco e Conan capisce così i motivi che hanno portato quei tre uomini al bosco.

Conan capisce che i tre uomini che si sono recati alla fattoria sono alla ricerca di un meteorite caduto nei paraggi. Ai, Genta e Rumi tentano di liberare i loro amici e trovano una pietra che si presuppone essere un falso meteorite. L'assistente di Amuro ipotizza che il gestore della fattoria avesse trovato il vero meteorite finito nella propria dimora e lo avesse fatto analizzare da un esperto, ma dopo che quest'ultimo se ne è appropriato e gliene ha consegnato uno falso dicendogli che il meteorite analizzato non aveva valore, il gestore in preda alla disperazione si è suicidato. Conan capisce così che il fratello del gestore non vuole fare loro del male bensì vuole vendicare la morte del fratello uccidendo l'uomo che lo ha spinto al suicidio. Il suo obiettivo è quindi attirare i tre uomini nel punto in cui ha piazzato gli esplosivi per ucciderli tutti. Conan svela ad Ai un trucco per smascherare il vero colpevole fra i tre uomini e le dice di non fidarsi dell'insegnante Rumi. Amuro dice a Conan di aver già visto Ai Haibara da qualche altra parte e Conan gli ricorda che l'ha già vista nel caso del corriere Ghepardo da cui Amuro li ha tratti in salvo. Conan tramite la ricetrasmittente convince il fratello della vittima a non attivare gli esplosivi e gli svela chi è il truffatore fra i tre uomini. Rumi fa cadere il cellulare del malintenzionato nell'acqua, impedendogli di far detonare gli esplosivi ed egli viene messo KO. Dopo che i ragazzi vengono liberati dal sotterraneo Amuro viene rinchiuso lì dall'insegnante Rumi che lo aggredisce nel buio e si riappropria della pedina dello shogi. Amuro rinviene e gli viene detto che ha perso i sensi in seguito a una caduta per le scale.

Goro riceve Yoko Okino all'agenzia investigativa. Racconta che giorni prima ha dormito in una villa sinistra in cui avrebbe dovuto iniziare le riprese di una fiction e durante la notte ha sentito dei rumori. Così, alzandosi e perlustrando la casa ha trovato delle macchie di sangue che si interrompevano davanti al bagno. Lei e gli altri coinquilini, proprietari della villa, si sono resi conto che era scomparso il primogenito della famiglia e dunque si sono divisi in gruppi per cercarlo. L'uomo, poco prima di scomparire, ha inviato un'immagine che raffigura uno strano codice formato con delle carte da poker. Dopo quattro giorni di estenuanti ricerche, trovarono il corpo senza vita nella mansarda della villa chiusa a chiave dall'interno. Goro è colpito da un forte mal di stomaco e si reca in bagno e proprio in quel momento entra nella stanza Wakita che aveva ascoltato tutta la storia e che prova a riflettere sugli elementi del caso assieme ai presenti.

Conan riesce a decifrare il codice segreto spiegando che le carte formavano le parole "help" e "attic" (il luogo in cui era stato rinchiuso) e Wakita lo osserva sospettoso. Scoprono così che l'omicida è la donna in sedia a rotelle che ha sfruttato la coperta che porta sulle gambe per nascondere la balestra con la quale ha colpito la vittima. Successivamente la vittima ferita si è rifugiata nell'attico e la donna ha finto di ricercarlo. Scoprono inoltre che l'omicidio è stato attuato al fine di vendicare l'amica, nonché moglie della vittima, che era stata uccisa dal marito per poi spacciarlo per suicidio. Il signor Wakita dice a Conan che ha fatto delle deduzioni molto perspicaci aggiungendo che "quando manca qualcosa che dovrebbe esserci ci si impensierisce, come una pedina dello shogi". Amuro continua a guardare sospettoso una foto di Rumi.

Alla scuola di polizia si rafforzano i legami tra i compagni. Hiromitsu nota un annuncio di scomparsa di una bambina che somiglia molto a una sua amica d'infanzia che era morta per una malattia. I compagni insistono nel voler conoscere la storia e Hiromitsu, su pressione di Matsuda, ammette che sta cercando l'assassino dei suoi genitori avvenuto quindici anni prima quando, durante la cena, ricevettero un visitatore che accoltellò il padre e così la madre nascose Hiromitsu dentro un armadio. Poi sbirciando dall'armadio vide l'assassino, con un tatuaggio di un calice sulla spalla, che canticchiando una canzone cercava la sua amica d'infanzia, Yuri. Il fratello maggiore, Taka'aki (Komei), lo trovò nell'armadio e gli chiese di raccontargli cosa fosse successo. Poi i due fratelli si divisero e lui conobbe Zero, con cui fece amicizia, e decise di entrare in polizia per vendicare i suoi genitori. I compagni cominciano ad analizzare tre persone sospette che riportano dei tatuaggi. I ragazzi arrivano alla conclusione che Hiromitsu, a causa delle fessure dell'armadio, ha scambiato il tatuaggio di due volti per un calice, identificando così il colpevole. Inoltre Hiromitsu ricorda che la sua amica Yumi era la figlia dell'assassino ed era morta di appendicite dopo che il padre di Hiromitsu l'aveva portata in braccio in ospedale. Così, il padre, credendo che i genitori di Hiromitsu l'avessero rapita, li uccise. I ragazzi si recano dunque nella lavanderia nella quale lavora l'assassino ma trovano le lavatrici piene di bombe che vengono disinnescate da Zero, sotto la guida di Matsuda, in quanto avendo egli le mani in brutte condizioni non è in grado di fare lavori di precisione. Trovano il criminale al piano di sopra con in braccio la bimba scomparsa, con la quale avrebbe voluto morire in onore di sua figlia. Stanno per portarlo via quando scoppia una bomba al piano superiore e il criminale si butta tra le fiamme. Hiromitsu, con coraggio, si butta tra le fiamme e salva il criminale con l'aiuto dei compagni.

Yusaku Kudo viene assoldato dalla polizia per indagare su una serie di omicidi a porte chiuse. Yukiko vuole che Conan risolva il caso affidato a Yusaku, in quanto egli è ammalato, in modo tale che quella stessa sera si travesta del marito e riveli in TV la soluzione del caso. Yukiko fornisce a Conan tutti i dettagli del caso e Conan svela subito il mistero. Yukiko viene colpita da un'indigestione alimentare, proprio come il marito. Kaito Kid si presenta a casa Kudo travestito da Yusaku, ricordando a Conan che egli deve un favore a Yusaku per aver fatto cadere le accuse contro di lui in un caso di furto, così Conan ne approfitta per fargli recitare la parte di Yusaku davanti alla troupe televisiva.

Conan sta per svelare a Kid il colpevole degli omicidi quando entra in stanza un addetto della troupe televisiva, avvisandolo che di lì a poco sarebbe cominciata la diretta. Conan dà un auricolare a Kid attraverso il quale gli comunicherà le cose da dire mentre lui è in diretta TV sotto l'identità di Yusaku. Mentre la giornalista intervista il finto Yusaku, egli le illustra come sono andati i fatti e svela in diretta TV che il colpevole è proprio la giornalista che lo sta intervistando. Alla fine della trasmissione la giornalista viene arrestata e l'ispettore Megure rivela a Conan che poco prima era apparso Kid in un'altra parte della città, asserendo che stavolta si trattava di quello vero. Conan allora non ha idea di chi possa essere la persona che si è finta Kaito Kid travestendosi da Yusaku. In realtà si trattava di Vermouth che, entrando in macchina con Gin e Vodka, dice che aveva una faccenda da sbrigare su richiesta di Rum. Afferma che un individuo che potrebbe rappresentare una futura minaccia per l'Organizzazione è rimasto in Giappone per motivi misteriosi e dunque è andata a scandagliare le sue intenzioni. Vodka le chiede come è andata e lei dice che l'ha delusa e che potrebbe ucciderlo quando vorrebbe. Gin le chiede come mai allora non l'abbia ucciso e lei risponde che lo farà quando sarà necessario. Conan sale in camera ad avvisare i suoi genitori dell'accaduto ma li trova in ottima salute affiancati da Akai. Jodie e Camel stanno perlustrando la casa per accertarsi che non siano state lasciate microspie. Conan chiede spiegazioni e Yukiko gli spiega che ultimamente si sentivano pedinati da qualcuno e pertanto hanno deciso di mettere alla prova la persona che li pedinava. Hanno capito che lo scopo del pedinatore era provocargli un'intossicazione alimentare tramite del cibo in un ristorante, così hanno finto di mangiarlo tutto e di essersi sentiti male. Hanno così permesso ad un membro dell'Organizzazione di entrare in casa loro facendogli credere di essere stati ingenui e disattenti e di non avere nulla da nascondere. Akai aggiunge che probabilmente non prenderanno più di mira casa Kudo e Yusaku li avvisa che bisogna prepararsi al suo prossimo attacco.

È arrivato il giorno della cerimonia dei diplomi e Rei, Matsuda, Hiromitsu, Wataru e Hagiwara saranno reclutati nella polizia. Sato, che si trova in compagnia di Yumi, nota per strada l'auto Zero di suo padre e si imbattono nei cinque ragazzi. Rei, durante la cerimonia, ripensa a tutte le avventure passate con i suoi compagni. Il capo Onizuka ripensa al gruppo dei cinque studenti a cui, nonostante tutto, si è tanto affezionato. Sette anni dopo Amuro è nella cucina del Café Poirot che taglia un sandwich come gli aveva insegnato l'amico Hiromitsu durante la scuola di polizia. Rei inizia così a pensare alle carriere dei suoi amici dopo la scuola di polizia. Hiromitsu si era infiltrato nell'Organizzazione ma dopo essere stato scoperto si suicidò per proteggere i suoi amici e la sua famiglia. Wataru fu assegnato alla sezione crimini violenti ma durante un appostamento notturno venne investito e ucciso da una macchina il cui uomo al volante si addormentò. Matsuda fu assegnato alla squadra artificieri nel reparto antisommossa e in seguito venne trasferito alla sezione crimini violenti e perse la vita a causa di un dinamitardo seriale, sacrificandosi per salvare le vite di molte persone. Hagiwara fu assegnato anche lui alla squadra artificieri nel reparto antisommossa insieme a Matsuda e mentre si trovava a disinnescare un ordigno di un dinamitardo, il timer che precedentemente si era fermato ricominciò a funzionare e causò un'esplosione che lo uccise. Rei racconta di sé, che è entrato nella divisione di pianificazione della sicurezza nell'Agenzia Nazionale di Polizia e nell'organizzazione chiamata "Zero" che coordina tutti gli agenti di Pubblica Sicurezza, per cui scelse di usare il falso nome Toru Amuro. Adesso, si è infiltrato nell'Organizzazione per indagare al suo interno.

Vodka e Gin uccidono un agente dell'FBI. I Giovani Detective discutono sul fatto che negli ultimi giorni in città sono stati ritrovati corpi di stranieri. Mentre camminano per strada sentono un tonfo e rinvengono un uomo morto che è stato gettato da un palazzo. Conan, guardando in cima al palazzo vede Vodka, che assieme, a Gin, ha appena commesso un altro duplice omicidio di due agenti dell'FBI. Conan si avvicina al corpo dell'uomo precipitato e Chianti e Korn lo hanno sotto tiro, così Gin gli ordina di farlo fuori ma Rena li ferma facendo notare che è sopraggiunta una folla di testimoni. Gli uomini in nero si dileguano e Conan non riceve risposta né da Akai, né dai suoi genitori così si reca a casa sua e trova James, Jodie e Camel in compagnia di altri agenti dell'FBI. Conan viene informato del fatto che l'Organizzazione ha decifrato i messaggi in codice con cui comunicano gli agenti dell'FBI ed è riuscita a rintracciare i diversi luoghi dell'incontro degli agenti, freddandoli. Al momento dunque l'FBI si è rifugiata all'interno di casa Kudo. Conan dice agli agenti che anche lui ha decifrato il codice trovato nel cellulare dell'uomo gettato dal palazzo, intuendo così il luogo e l'ora dell'appuntamento. L'FBI decide quindi di sfruttare il fatto che l'Organizzazione sa decifrare i loro codici a loro vantaggio, provando a tendergli una trappola. Akai dice a Camel di indossare un berretto in quanto l'Organizzazione lo crede morto dopo l'incidente avvenuto in passato, quando l'Organizzazione ha recuperato Rena. L'Organizzazione intercetta un altro messaggio in codice dell'FBI ed è pronta a recarsi nel luogo citato ma Rum interviene, camuffando la propria voce, fermando il piano dei suoi sgherri. L'Organizzazione prende alla sprovvista l'FBI tendendogli a sua volta una trappola e ferendo vari agenti appostati. Gin spara alla macchina di Camel e ferisce il suo accompagnatore e dice a Chianti di non farsi scappare il superstite. Conan intuisce che l'Organizzazione ha capito le intenzioni dell'FBI a causa di un errore commesso da Jodie nello scrivere il codice.

Jodie aveva scritto, all'interno del messaggio, un carattere nella versione che viene insegnata alle scuole elementari, a differenza dei codici precedenti in cui era scritto nella versione classica, così l'Organizzazione aveva intuito la trappola. Camel è inseguito da Chianti e Korn e con le sue abilità di guida riesce a seminarli e a mettere in salvo il suo compagno ferito. Tuttavia Korn intuisce il trucco attuato da Camel e avvisano Gin, il quale si mette all'inseguimento di Camel. Akai suggerisce a Camel il piano di fuga, ma Gin avvisa Vermouth e Rena di sbarrargli la strada. Rena spara a Camel il quale perde il controllo del mezzo e precipita in acqua. Korn dice di aver già visto quel volto e che se dovesse rivederlo nuovamente capirebbe di chi si tratta. Gin vuole a tutti i costi recuperare il cadavere dell'agente Camel per vedere di chi si tratta. Camel riesce ad uscire dall'auto e a riemergere. Yusaku fa notare che nessuno di loro si era accorto dell'errore di Jodie, eppure Rum ne è stato/a in grado. Camel finisce su un'isola e Yusaku intuisce che si tratta dell'isola di Umizaru. Jodie dice a Camel di attendere lì e Akai si offre volontario, sotto il travestimento di Subaru, di andarlo a recuperare in compagnia di Conan. Gin apprende la notizia che il conducente dell'auto caduta in mare è scomparso e l'Organizzazione comincia a pensare che l'FBI sta proteggendo quell'agente perché per qualche motivo potrebbe essere pericoloso che loro vengano a scoprire la sua identità. Akai, venuto a sapere da Camel che ha acceso un fuoco lungo la costa, gli dice di spegnerlo immediatamente, e Gin dalla sua auto vede il falò in lontananza prima che venga spento, così Rum gli conferma che l'agente probabilmente è arrivato sull'isola grazie alla corrente diretta lì. L'Organizzazione si dirige dunque sull'isola e Akai suggerisce a Camel di mimetizzarsi cospargendosi del fango addosso e cercare di rimanere nascosto fino all'alba. Akai riceve una chiamata da Rena che gli dice di aver colpito Camel in un punto non vitale, ma che se dovessero trovarlo sarà costretta a sparargli alla testa.

L'Organizzazione continua a perlustrare l'isola in cerca dell'agente e Akai continua a suggerire a Camel strategie di fuga. Egli si è rifugiato nel bar dell'isola ma, quando entrano Chianti e Vodka, Akai gli dice di fuggire. Tuttavia Camel non taglia la corda perché intercetta una conversazione tra i due dalla quale emergono indizi sull'identità di Rum. Vodka afferma che l'unica informazione reale è che Rum possiede un occhio finto, il resto sono tutte dicerie create dallo stesso Rum per proteggersi e aggiunge che ha cambiato volto e si presenta con un nome da pagliaccio. Camel fa un rumore e viene avvistato di sfuggita dai due e si da alla fuga. Akai gli suggerisce di nascondersi sottoterra avvolgendosi con i sacchi di iuta e respirare attraverso una cannuccia. Gin, notando che sono spariti i sacchi di iuta, capisce le intenzioni dell'agente e comanda di perlustrare da cima a fondo l'isola, ma Rum suggerisce un piano migliore. Akai e Conan vedono l'isola avvolta nelle fiamme e dicono subito a Camel di uscire dal suo nascondiglio. Mentre l'Organizzazione sta per andare via dall'isola, Camel esce allo scoperto e fugge sul pontile, inseguito dall'Organizzazione. Akai dice a Camel di fuggire e quando Rena suggerisce di sparargli alla testa, Gin dice invece di mirare al cuore, così Chianti gli spara in pieno petto e il corpo di Camel cade in acqua. Akai gesticola a Conan che sta andando tutto secondo i piani. Gin, per accertarsi che l'agente muoia, lancia una granata in acqua, ma mentre questa è in volo viene fatta esplodere da un colpo sparato da Akai da una distanza notevole. Gli uomini dell'Organizzazione sono molto sorpresi e, dopo che Akai spara diversi colpi mirati, costringe l'Organizzazione a ritirarsi, rinunciando così a vedere il volto dell'agente. Vermouth afferma che secondo lei l'uomo ucciso è Andre Camel, in quanto in passato era riuscita ad estorcergli delle informazioni insieme a Bourbon e lo aveva visto in faccia. Mostra loro una foto sul cellulare e Gin fa vedere il volto a Korn, il quale afferma di averlo già visto due anni prima, quando Rum gli aveva inviato una sua foto. Rena, quindi, si rasserena. Rum dice che il loro capo è contento del lavoro che hanno fatto, anche se lui avrebbe preferito catturarlo vivo per estorcergli informazioni. Camel è vivo e gli sono stati tagliati i capelli dai colleghi per renderlo irriconoscibile. Akai e Conan spiegano il trucco messo in atto per far credere all'Organizzazione di avere ucciso veramente Camel. Camel riferisce agli agenti le informazioni che ha scoperto su Rum, e proprio in quel momento Rum viene accompagnato dai suoi sgherri al locale di Beika "Iroa Sushi": si tratta del cuoco Wakita Kanenori!

Conan e Ai vanno a prelevare del denaro con la nuova carta di credito del dottor Agasa per partecipare insieme ai Giovani Detective ad una lotteria al centro commerciale Beika. Agli sportelli automatici entra in seguito un uomo vestito di nero con una carta di credito dello stesso colore che riesce a prelevare nonostante molti sportelli siano fuori servizio. Conan è preoccupato: ha notato che l’uomo è rimasto sorpreso quando ha visto la faccia di Ai e sospetta possa essere un membro dell’Organizzazione. Una volta uscito, Genta, Mitsuhiko e Ayumi lo seguono, credendo sia un hacker internazionale. L’uomo si dirige verso la banca Toto, ma una volta dentro sembra essere scomparso nel nulla. Nel frattempo, una telecamera degli sportelli inquadra Ai: alcuni uomini vestiti di nero stanno cercando di identificare il suo volto per fare rapporto. L’uomo sospetto viene identificato in mezzo ad una folla dai Detective Boys e Conan, che lo seguono, ma questi ha già incrociato Ai, che stava tornando a casa da sola. Fortunatamente i Detective Boys la raggiungono in tempo, ma l’uomo scappa dopo averla sentita chiamare “Haibara”. Ai inizia ad apparire turbata: anche lei inizia a sospettare che l’Organizzazione la stia di nuovo cercando. Mitsuhiko riesce a seguire l’uomo che entra in banca da una porta sul retro e avverte Conan. Nonostante gli avvertimenti di Conan, Mitsuhiko entra dalla porta che l’uomo aveva sbloccato con una password e scopre che alcuni uomini stanno utilizzando un programma per confrontare delle immagini contenenti la faccia di Ai, ricavate dalle telecamere di sicurezza. Gli uomini scoprono Mitsuhiko ma Conan riesce ad intervenire e a chiarire la vicenda. Gli uomini non erano altro che dei dipendenti della stessa banca che avevano notato che da tempo una bambina era solita prelevare del denaro con la carta di credito del dottor Agasa e sospettavano che i due potessero essere coinvolti in un crimine. Nel finale, un’anticipazione rivela che ad Ai accadrà qualcosa per mano dell’Organizzazione.

Al telegiornale continuano a diffondersi le notizie delle inspiegabili morti di stranieri in Giappone. La sede centrale del Bureau, mentendo, ha smentito le voci che sostenevano che le vittime fossero agenti dell’FBI. Nel frattempo, la sede centrale dell’FBI ha ordinato il ritorno dei propri agenti in America. Conan riflette sul possibile argomento di discussione tra Akai e suo padre Yusaku e sulla possibile identità di Rum, considerando l’informazione ottenuta da Camel sul “nome da pagliaccio” che sta usando il braccio destro del boss dell’Organizzazione per camuffare la propria identità in questo momento. Ran ha in programma di andare a visitare il santuario di Haido con Heiji e Kazuha, la quale è in cerca di un porta fortuna in amore. Conan si unisce a loro, con la speranza di poter chiedere un parere ad Heiji su Rum, ma, con sua sfortuna, all’agenzia investigativa si presenta solo Kazuha. Conan scopre che in realtà anche Heiji, nascosto da una maschera, si trova al santuario, per lo stesso motivo di Kazuha. Quando le due ragazze si accorgono che Conan sta parlando con qualcuno, Heiji finge di essere l’attore Hygota Komoto, grazie al papillon cambia voce di Conan e alla scusa di essersi mascherato per evitare di essere accerchiato dai fan. Tuttavia, durante la giornata, un uomo viene ritrovato senza vita ai piedi di una scalinata. Quello che a prima vista sembra un incidente è in realtà un omicidio. Gli agenti Sato e Takagi guidano le investigazioni e radunano tre sospetti.

Conan ed Heiji aiutano Sato e Takagi ad incastrare il responsabile dell’omicidio. Risolto il caso, Conan chiede ad Heiji quale possa essere, secondo lui, un nome da pagliaccio. Heiji ripensa a Katsuki Doito, una delle tante vittime dei travestimenti di Kaito Kid, il cui nome è un anagramma dello stesso ladro. Kazuha scopre infine il travestimento di Heiji: i due però non hanno ancora modo di confessare i propri sentimenti reciproci.

I Detective Boys si ritrovano una domenica mattina per curare l’allevamento di conigli della scuola elementare Teitan. Ai è turbata da diversi pensieri: sospetta ancora che l’Organizzazione sia sulle sue tracce e teme in particolare Gin e Rum. Conan la tranquillizza, ricordandole che l’ultima volta l’Organizzazione si è scontrata solo con l’FBI. Proprio nel momento in cui Conan le dice che è impossibile che i membri dell’Organizzazione abbiano scoperto la sua attuale identità e il suo vero nome, alle loro spalle si palesa un uomo che la chiama “Shiho”, facendo anche riferimento alla sorella Akemi. L’uomo, Sho Murata, si rivela essere un vecchio studente della scuola, giunto per una rimpatriata di classe insieme agli ex compagni Gaku Yanagimaki e Seiko Ichihashi. Sho aveva chiamato Ai con il nome di “Shiho” perché le ricordava molto la sorella di una loro compagna di classe, Akemi Miyano, ma si rende conto che Shiho era una bambina tredici anni prima e per questo non riconosce la vera identità di Ai. Ai scopre quindi che sua sorella aveva frequentato la Teitan. Nel sentire il nome di Shiho Miyano, Rumi, ripensando al caso di Kohji Haneda, ricorda che è lei il membro dell’Organizzazione, figlia di Hell Angel, che ha continuato le ricerche sull’APTX4869 e che ha tradito l’Organizzazione. Rumi non riesce a credere che Shiho sia in realtà Ai. I tre ex studenti affermano di voler cercare una capsula del tempo che proprio Akemi aveva nascosto ai tempi delle elementari. Conan capisce dunque che nessuno di loro è a conoscenza della morte di Akemi. La maestra Kobayashi rivela che Akemi aveva consegnato al maestro Kunigami un foglio sul quale aveva scritto un codice per raggiungere la posizione della capsula, un messaggio cifrato per i suoi compagni e uno per la sorella Shiho. Alla vista del codice i tre ex studenti sbiancano e Conan si insospettisce. I Detective Boys, le maestre e i tre ex studenti si mettono sulle tracce della capsula e Conan rassicura Ai, dicendole che, quando troveranno la capsula, lui estrarrà di nascosto il messaggio che sua sorella aveva scritto per lei, in modo che potesse rimanere privato.

Conan risolve l’enigma e scopre anche che uno dei tre ex alunni sta ostacolando le ricerche di proposito. Nel frattempo, al ristorante “Iroha sushi”, Wakita Kanenori riceve l’ordine di consegnare dieci porzioni di sushi alla scuola elementare Teitan. Conan riesce ad incastrare il colpevole e si scopre che la capsula era stata nascosta nel soffitto della capanna per l’allevamento. All’interno viene trovata una foto di classe e sul retro la scritta “Spero che tutti i vostri sogni diventino realtà!”. Conan trova anche una foto ritraente Akemi con sua sorella Shiho e la consegna ad Ai. Sul retro, Akemi scrisse una lettera alla sorella, prevedendo che sarebbe stata mandata a studiare all’estero e che avrebbe continuato la ricerca dei genitori. Non appena finisce di leggere la lettera, Ai ha una strana sensazione: percepisce la presenza di qualcuno fuori dall’aula. Rum, venuto a consegnare il sushi per la festa, si rende conto della presenza di una persona che lui, così come l'Organizzazione, ritenevano morta. Rumi lo osserva dalla finestra dell’aula.

Mentre si dirigono ad un pranzo in un rinomato e costoso ristorante francese, Conan e Agasa si imbattono in Chihaya Hagiwara, ispettrice del traffico della provincia di Kanagawa e abile motociclista, che multa il professore per eccesso di velocità. Al ristorante, Sonoko, Ran e Goro fanno la conoscenza di Kinji Nanjo, amministratore delegato della Suzuki Security che da alcuni giorni indossa una mascherina e viene scortato a causa di alcune pubbliche dichiarazioni in riferimento alla sua cassaforte. Nanjo e Agasa si incrociano in bagno ed entrambi notano la reciproca somiglianza fisica. Per questo, il presidente convince Agasa a vestirsi come lui per provare ad ingannare la sorveglianza ed avere un po’ di libertà. Purtroppo Agasa viene rapito da due malviventi che lo scambiano proprio per il presidente Nanjo e gli sparano alla coscia. Conan intuisce l’accaduto e decide di inseguire la macchina dei rapitori con il suo skateboard, seguito da Goro e Ran in auto. Agasa si trova nel portabagagli dell’auto ma riesce a comunicare a distanza con Conan grazie al distintivo dei Detective Boys. I rapitori si accorgono di Conan e riescono a fargli perdere il controllo dello skate. Fortunatamente Conan viene salvato dall’agente Hagiwara, che sembra credere cecamente alla versione dei fatti del bambino, che ne rimane stupito. I due continuano l’inseguimento in moto. Nel frattempo, Goro e Ran vengono raggiunti dall’ispettore Jugo Yokomizo, che rimane sconvolto quando viene a sapere che Conan si trova con Hagiwara.

Nonostante i rapitori si accorgano che Agasa riesca a comunicare e si sbarazzino del distintivo, Conan e Chihaya riescono a rintracciare la macchina dei rapitori, riuscita anche a sorpassare un posto di blocco. Yokomizo spiega a Ran e Goro che Chihaya è la sorella di un ex artificiere, Kenji Hagiwara, morto insieme al suo collega e amico Jinpei Matsuda a causa dello stesso dinamitardo del caso delle bombe alla torre di toto, che Conan era riuscito a fermare. Chihaya da quel momento in poi maturò il desiderio di mostrare gratitudine a quel ragazzino con gli occhiali che aveva vendicato suo fratello, anche a costo della vita. In un flashback, Chihaya ripensa a quando Kenji e Jinpei l’avevano aiutata a trovare una sua amica ad un concerto e si mostra decisa a ripagare Conan a qualsiasi costo. Conan e Chihaya riescono a bloccare i rapitori e a salvare il dottor Agasa, grazie soprattutto alle abilità motociclistiche dell’ispettrice. Nonostante Yokomizo sia particolarmente arrabbiato con la collega, che aveva infranto la legge facendo salire un bambino sulla sua moto in servizio, l’ispettore confessa a Chihaya di aver raccontato una bugia al suo superiore per evitarle una sanzione, facendo intendere che tra i due c’è del tenero.

Conan, Ran e Sonoko sono in fila per la mostra del tesoro imperiale dei Robanov, la cui punta di diamante è la Queen’s Bang, che pare essere oggetto di desiderio di Ladro Kid. I tre incontrano anche Azusa e Amuro. Per ammazzare il tempo, Amuro mostra alle ragazze un gioco di prestigio con le carte, ma un misterioso uomo si avvicina e svela il trucco, umiliando il giovane. Conan intuisce che l’uomo era in realtà Kid travestito venuto per provocarlo, essendo lui conosciuto con il nome di Killer Kid. Conan rivela di trovarsi alla mostra perché è stato invitato dal consigliere Jirokichi Suzuki. Amuro telefona allora a Kazami, che si trova al concerto di Yoko Okino, affinché anche la Pubblica Sicurezza Giapponese partecipi alla cattura di Kid e alla salvaguardia della corona. Alla missione di Nakamori, Suzuki si uniscono, oltre a Kazami, anche Conan, in veste di Killer Kid, e Amuro sotto la copertura di apprendista del detective Goro. Suzuki ha predisposto un meccanismo per il quale, se la teca della corona viene aperta anche a distanza, il soffitto cade immediatamente, impedendo al ladro qualsiasi via di fuga. Grazie ad un messaggio inviato, Nakamori sospetta che Kid abbia intenzione di narcotizzare con un gas i poliziotti della sicurezza e rubare indisturbato la corona. Anche Azusa raggiunge Conan, affermando di essere una grande fan di Kid. Tuttavia, a mezzanotte la Queen’s Bang sparisce.

Conan sospetta che Kid possa essersi travestito da Azusa, Amuro o Kazami, ovvero gli unici che non indossavano la mascherina antigas. Conan nota che tutti e tre i sospettati hanno della vernice bianca sulle mani e, grazie al punto sporco di vernice, capisce chi è Kid. Conan e Amuro riescono a scoprire lo stratagemma architettato per nascondere la Queen’s Bang e a smascherare Kid, travestito da Kazami. Kid riesce a scappare con la corona, ma viene ammanettato da Amuro sulla cima del palazzo, svelando che in realtà quello presente nella sala era Kazami travestito. Amuro rivela che Kazami è appassionato di idol perché è stato incaricato da lui di indagare su Goro. Inoltre, Amuro ha l’impressione di aver già incontrato Kid da qualche parte ma questi, ripensando al caso del Mystery Train, elude la domanda. Kid riesce a sfuggire dalla presa delle manette, lasciando solo la corona.