Conan ritorna alla sua vita quotidiana seguendo Kogoro nelle indagini. Una donna si rivolge all'agenzia per scoprire l'identità di un uomo che ha conosciuto tramite cellulare e che le ha regalato un carillon.

Kogoro scopre che l'uomo con cui la sua cliente credeva di parlare è morto di vecchiaia e i suoi familiari pensano che nel carillon ci sia un codice segreto. Conan riesce a risolvere il mistero.

Ran e Sonoko conoscono una giovane coppia di cui la donna soffre di improvvisi malori. Dopo aver saputo che il marito ha stipulato una sostanziosa assicurazione sulla vita della moglie, Ran pensa che l'uomo stia cercando un modo per ucciderla e incassare il denaro.

Kogoro, Ran e Conan vincono un soggiorno in un hotel di montagna che ospita una mostra di auto sportive d'epoca. Il direttore dell'hotel nonché organizzatore della mostra ha ricevuto delle lettere minatorie: la sera stessa l'uomo viene trovato morto nella sua prestigiosa Ferrari.

La polizia apre le indagini ma sembra che tutti coloro che provavano rancore verso la vittima abbiano un alibi per l'ora della morte. Ma come sempre Conan riesce a scoprire il mistero.

Kogoro, Ran e Conan decidono di trascorrere le vacanze in una località di mare ma lì incontrano Eri che sta trascorrendo una vacanza con alcuni suoi colleghi avvocati. Kogoro, ubriaco, inizia a corteggiare una giovane avvocatessa e trascorre la notte nella sua stanza; la mattina seguente la donna viene trovata strangolata nella sua camera e l'unico sospettato è Kogoro che sta dormendo nel suo letto.

Nonostante tutti gli indizi portino alla colpevolezza di Kogoro, Conan ed Eri fanno di tutto per scagionarlo e trovare il vero colpevole. Infatti i due scoprono che l'assassino è un avvocato del gruppo di Eri ma, non avendo prove, lo fanno cadere in una trappola e la polizia filma tutto.

Il vicesindaco di un paese di campagna muore avvelenato sull'autobus turistico sul quale stanno viaggiando Kogoro, Ran e Conan. Principale indiziato è un uomo che sostiene lo sviluppo turistico del paese mentre la vittima apparteneva alla fazione più conservatrice. Kogoro viene assoldato dal sindaco del paese per fare luce sulla faccenda. Kogoro, però, si scontra con gli abitanti del paese che non vogliono collaborare. Grazie all'aiuto di Conan, Kogoro riesce a scoprire che molti anni prima un autobus era andato fuori strada a causa di una lite tra i passeggeri e, in quell'occasione, erano morte due persone.

Ran viene travolta da un uomo in fuga e, poco distante, viene ritrovato il cadavere del sindaco. La polizia si mobilita per cercare l'uomo. Conan chiede informazioni ad Agasa sull'incidente accaduto sette anni prima. La polizia scopre che chi sta fuggendo altri non è che l'uomo accusato del primo omicidio. Ma Conan, parlando con la proprietaria della pensione dove risiede temporaneamente, scopre la verità.

Kogoro, Ran e Conan soggiornano in un albergo situato tra bellissimi monti. Nello stesso albergo si trovano anche una giovane attrice molto pretenziosa, suo marito e il loro manager. Verso sera, la donna viene trovata impiccata nella sua stanza.

La polizia pensa si tratti di suicidio, ma Conan non ne è convinto. Infatti il ragazzo scopre che l'assassino è il proprietario dell'albergo che aveva ucciso la vittima perché la riteneva responsabile del suicidio del fratello.

Un piromane si aggira per la città incendiando stazioni ferroviarie. Del caso si occupano Sato, Takagi e Shiratori. Ayumi è testimone oculare dell'ultimo incendio e fornisce l'identikit del piromane. Takagi viene aggredito durante le indagini. Per Sato è un giorno importante: ricorre infatti l'anniversario della morte del padre ucciso in servizio molti anni prima. L'autore dell'omicidio non è stato ancora catturato.

Mentre Sato indaga, Ayumi intravede il piromane e lo segue assieme ai Giovani Detective. Conan aiuta Sato a individuare tra gli amici del padre quello che probabilmente ne ha causato la morte. Sato si precipita ad arrestarlo, mentre Conan e Shiratori si dirigono nel luogo dove sono appostati i Giovani Detective per arrestare il piromane. Takagi riesce a liberarsi prima che l'incendo distrugga il magazzino dove era stato fatto prigioniero.

Mentre passeggiano di sera lungo una via Kogoro, Ran e Conan sentono due persone litigare in un'abitazione. Il giorno successivo nello stesso luogo viene trovato un cadavere. L'uomo accusato del delitto si presenta da Kogoro chiedendo di trovare degli indizi che possano scagionarlo in quanto lui non si trovava nell'abitazione dell'amico. La vittima era solo in casa e fingeva di litigare con lui per creargli un alibi che gli avrebbe consentito di eliminare indisturbato un professore che si stava approfittando del lavoro di entrambi. Alla fine Kogoro scopre che il suo cliente è il vero colpevole.

Kogoro, Ran e Conan vengono invitati all'inaugurazione di una teleferica che collega la valle al monte, passando all'interno di un'enorme statua di una divinità. Quando la cabina della teleferica attraversa la statua, il presidente della società costruttrice sparisce dal mezzo e il suo cadavere riappare nella mano della divinità a più di cento metri di distanza.

Conan partecipa alle indagini di Yokomizo e cerca di scoprire chi sia l'assassino e come ha fatto a far svanire e riapparire il cadavere. In realtà l'uomo aveva intenzione di fingere la propria morte per poi riapparire vivo e vegeto. Quello nella mano non era il cadavere ma un manichino. In seguito l'uomo è stato comunque ucciso e il suo cadavere messo nella mano della statua.

Mentre sono in auto con Agasa i Giovani Detective vedono un'auto precipitare in un dirupo. La vettura presenta ammaccature che non sono compatibili con la caduta e Conan ritiene che l'incidente sia in realtà un omicidio. I Giovani Detective trovano un foglio con un codice sul luogo del delitto e se ne appropriano, tenendo Conan fuori dalle indagini. I Giovani Detective decifrano il codice e credono di aver trovato il nascondiglio di un tesoro. I ragazzi si ritrovano invece nel covo dell'assassino. Conan scopre dove sono andati i suoi amici, li raggiunge e fa arrestare l'assassino dalla polizia.

Kogoro, Ran e Conan si recano in una bella residenza sul lago per assistere alla cerimonia del tè. Il padrone di casa vive in una casetta in mezzo al lago per paura di essere vittima di una maledizione famosa in quelle zone.

Il padrone di casa viene trovato morto nella sua stanza e Conan deve scoprire l'identità del colpevole e il trucco utilizzato dall'assassino per farlo sembrare vittima della leggenda.

Agasa porta i giovani detective in un bosco per cercare funghi ma, durante la gita, Genta si perde. Gli altri temono che sia andato nella vicina zona di caccia, così decidono di cercarlo. Genta viene trovato ma spariscono Ai e Mitsuhiko: i due hanno visto un cacciatore commettere un omicidio e adesso si stanno nascondendo da lui.

Agasa, Conan, Ayumi e Genta si mettono alla ricerca di Ai e Mitsuhiko con l'aiuto di tre cacciatori. Conan non riesce a capire come mai, pur rinvenendo molte tracce del passaggio dei ragazzi, i due non si trovino. Conan intuisce che Ai e Mitsuhiko si stanno nascondendo da un cacciatore che si è unito al loro gruppo e cerca di capire qual è la sua identità. Nella foresta inoltre si aggira Shubei, un'orsa di enormi dimensioni temuta da tutti i cacciatori. Ovviamente l'assassino viene scoperto ed arrestato.

Kogoro, Ran e Conan conoscono un gruppo di ragazze alla stazione e decidono di accompagnarle in albergo dove hanno appuntamento con un'amica. La ragazza però, è stata assassinata nella sua stanza.

Rimasti senza macchina a causa di un guasto, Kogoro, Ran e Conan vengono ospitati da un famoso avvocato. Il giorno dopo l'uomo muore in un incidente in barca. La polizia ritiene che non si sia trattato di un semplice incidente. I sospetti ricadono su un giovane, ex cliente dell'avvocato, che lo stava minacciando ma questi viene trovato impiccato a casa sua.

Conan, sostituendosi a Kogoro riesce a smascherare l'assassino e a dimostrare il metodo utilizzato da quest'ultimo per modificare l'ora del decesso dei due uomini e crearsi un alibi.

Per la città si aggira un uomo che aggredisce giovani donne dal look molto provocante. Del caso se ne occupa Megure ma, quando nel parcheggio di un grande magazzino una ragazza viene uccisa, l'ispettore inizia ad avere strane reazioni: il caso infatti è molto simile al primo che venne assegnato a Megure, di cui nessuno vuole parlare.

Conan e Kogoro scoprono chi potrebbe essere l'ultima vittima e cercano di scoprire chi può covare rancore nei suoi confronti; intanto l'assassino è sulle tracce di Sonoko, ma Megure riesce a impedire che l'uomo la uccida. Alla fine il sovrintendente Matsumoto racconta a Kogoro e Ran la storia di Megure: proprio mentre indagava sul suo primo caso aveva conosciuto la sua attuale moglie.

La prima delle due storie dello special vede protagonista Kaito Kuroba, uno studente delle scuole superiori che è in realtà Kid. Mentre insieme a Jii si prepara al furto della perla Black Star^[1], le parole di Jii fanno tornare in mente a Kaito la volta in cui ha tentato di rubare l'orologio di una torre in pieno centro della città. Poiché Kid è solito avvertire la polizia prima di agire, la notizia era trapelata e molta gente era accorsa sotto la torre per vederlo compiere questo furto spettacolare. Questa volta, Nakamori, un ispettore, è stato aiutato da una squadra di supporto capitanata da Shinichi.

Shinichi riesce ad impedire a Kid di rubare le lancette, ma non riesce a catturarlo; inoltre i due non si incontrano durante il loro scontro. Terminato il flashback, Kaito discute gli avvenimenti di quel caso con Jii, dal momento che lo ha incontrato dopo che questo si è trasferito, e dopo avergli raccontato gli ultimi particolari parte per rubare il gioiello Black Star, appartenente alla famiglia Suzuki^[1], e qui si conclude la prima storia. Nella seconda storia dello special, Kogoro riceve una lettera misteriosa che lo invita ad un ricevimento in una villa sperduta sulle montagne della prefettura di Nagano. Kogoro, Ran e Conan giungono nel luogo e incontrano altri cinque famosi detective, compreso Saguru Hakuba, ed una cameriera. Il palazzo è lugubre: ci sono macchie di sangue secco ovunque. All'ora di cena, tutti si recano in sala da pranzo convocati dal proprietario della villa, che nessuno ha mai visto, e trovano un uomo con il volto coperto che li sta aspettando. Questi chiede loro di cercare il tesoro che lui stesso ha nascosto e annuncia di aver incendiato le automobili ed il ponte che porta alla villa e interrotto ogni collegamento con l'esterno. I detective sospettano che la lettera abbia qualche legame con Kid.

L'uomo fa servire la cena e racconta ai presenti che, anni prima, durante lo svolgimento di un'asta privata in quello stesso palazzo, gli invitati avevano assunto sostanze stupefacenti. In preda all'euforia collettiva, le persone avevano iniziato a lottare e otto di loro erano morti, spiegando le macchie di sangue. In più, il proprietario della villa, Renya Karasuma^[2] aveva nascosto nel palazzo un tesoro di inestimabile valore. Uno dei detective prova a togliere il cappuccio all'uomo che parla ma questi, in realtà, è un manichino a cui è stato collegato un altoparlante. Chi parla li avverte che non c'è modo di lasciare la casa e che se vorranno uscire dovranno cercare il tesoro nascosto nell'abitazione. Terminato il racconto, uno dei detective muore per avvelenamento.

Utilizzando l'auto della cameriera, tre persone vanno a controllare che il ponte sia effettivamente crollato. Dopo che due di loro sono usciti, l'auto esplode, uccidendo apparentemente Senma. La cameriera viene tramortita e, nel frattempo, Kogoro e un altro detective trovano alcuni indizi. Tutti i detective sono convinti che l'assassino si trovi tra loro e cominciano ad aggredirsi a vicenda. Alla fine, tutti i detective sembrano morti, escluso Kogoro che è gravemente ferito. L'organizzatore misterioso, però, non ha previsto la presenza di un settimo detective, Conan. Viene rivelato che l'artefice di tutto questo è Senma, che ha inscenato la propria morte per agire più liberamente. In realtà la storia delle sostanze stupefacenti che spiegavano le macchie di sangue è falsa: Renya sapeva del tesoro e voleva averlo, chiedendo alle persone di cercarlo per lui. Non essendoci riuscito nessuno, Karasuma, essendo impaziente e senza scrupoli, li uccise tutti, compreso il padre di Senma, che la figlia scoprì solo molto tempo dopo. Così insieme ad Ogami, primo detective ucciso, cercò il tesoro, riunendo i detective migliori, ma sapendo che questo era "posseduto" come Karasuma, lo avvelenó. In seguito si scopre che i detective, tranne Ogami, avevano inscenato tutti la loro morte. Alla fine si scopre che Kid si era travestito da Kogoro per investigare pure lui.