Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 2008-2009 è stato il diciottesimo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questi sono i gironi organizzati dal comitato regionale della regione Lombardia.
L'edizione 2009 del Trofeo Campionato Regionale Lombardo, che assegna il titolo di campione di Eccellenza lombarda, si è tenuta allo stadio Dante Merlo di Vigevano ed è stata vinta dal Pedrengo.
Le gare sono di 45 minuti. In caso di pareggio si disputano subito i calci di rigore; la vittoria ai rigori assegna due punti, la sconfitta uno.
^La denominazione su tutti i documenti della FIGC è sbagliata. Quando all'inizio della stagione 2002-2003 la U.S. Calcio Villongo (n. matricola 675277) ha presentato regolare domanda di cambio di denominazione il C.R. Lombardia ha correttamente trascritto i dati sui suoi comunicati ufficiali (c.u. n. 6 del 12 agosto 2002) inserendola a pag. 208/6 nel girone C della Prima Categoria. L'errore materiale è stato fatto a Roma da chi ha digitato nel computer centrale "Vallecalepio" invece di "Valcalepio" e da qui pubblicato sul comunicato nazionale riepilogante tutti i cambi di denominazione e sede sociale più le fusioni presentate e ratificate all'inizio della stagione dalla FIGC. Una volta sbagliato il nome sulla scheda matricolare della società questo errore compare su tutti gli stampati federali dai comunicati di Roma a quelli provinciali di Bergamo.