Dopo lo scoppio della Guerra di successione spagnola, nel 1704 la madre si trasferì con lui e altri figli a Monaco, ma, dopo l'invasione austriaca della Baviera, dal 1706 al 1712 Clemente e la famiglia furono tenuti in arresto a Klagenfurt. Solo al termine della guerra, nel 1715, la famiglia elettorale si riunì a Graz sotto il vigile controllo dell'Austria (l'operazione venne indicata col nome di Ehrenhaft). Qui egli iniziò il proprio percorso di studi frequentando il locale collegio dei Gesuiti. Clemente Augusto venne quindi avviato alla carriera ecclesiastica - come del resto due dei suoi fratelli, Filippo Maurizio e Giovanni Teodoro - consentendo ai Wittelsbach di mantenere ancora il controllo religioso sulla Baviera.
Presto divenne canonico a Frisinga, Ratisbona e Spira, mentre il fratello Filippo Maurizio venne avviato alla carriera nei territori tedeschi del nord-ovest. Nel 1715 prese i voti religiosi, ottenne la tonsura e venne nominato vescovo coadiutore del principe-vescovo di Ratisbona, a cui succedette nella cattedra episcopale dal 1716 al 1719. Dal 1717 al 1719, assieme al fratello Filippo Maurizio, studiò e si laureò dopo cinque anni in Teologia a Roma. Il padre, nel frattempo, strinse per lui delle proficue alleanze in Baviera che gli permisero di divenire, nel 1719, principe-vescovo di Münster e Paderborn. Nel 1722 divenne arcivescovo coadiutore del principe-arcivescovo di Colonia, succedendo allo zio Giuseppe Clemente su questa cattedra nel 1723, appena ventitreenne. Sotto il governo dello zio aveva ottenuto numerosi incarichi a Berchtesgaden, ottenendo poi il governo della diocesi di Ratisbona e il principato-prevostale di Altötting. Nel 1724 divenne principe-vescovo di Hildesheim, e nel 1728 ottenne anche la mitra episcopale di Osnabrück, venendo poi nominato gran maestro dell'Ordine Teutonico.
Una speciale dispensa gli permise di mantenere tutte queste diocesi in unione personale, anche grazie ai buoni rapporti di amicizia con il Primo Ministro dell'Impero Caspar Anton von Belderbusch, guadagnandosi il soprannome di Signore delle cinque Chiese.
Di lui si sa che ebbe anche una figlia illegittima, Anna Maria zu Löwenfeld, mai legittimata per non rovinare la sua carriera ecclesiastica. Questa venne fatta sposare col suo cugino di primo grado, Francesco Ludovico von Holstein, figlio illegittimo dell'Imperatore Carlo VII di Baviera, fratello di Clemente Augusto.
L'apporto culturale
Clemente Augusto fu un mecenate delle arti; ordinò la costruzione dei Palazzi di Augustusburg e di Falkenlust a Brühl, oggi considerato patrimonio dell'umanità e tutelato dall'UNESCO, e la chiesa di San Michele a Berg am Laim.
Il Palazzo di Clemenswerth presso Sögel, costruito come palazzina di caccia di Clemente Augusto
Clemente Augusto di Baviera Principe-Prevosto di Altotting
Inquartato. Al 1° ed al 4° losangato d'azzurro e d'argento, al 2° ed al 3° di nero al leone d'oro rampante. Sul tutto allo scudo di rosso con globo dorato. Lo scudo, è timbrato da un cappello con cordoni e nappe di nero. Le nappe, in numero di dodici, sono disposte sei per parte, in cinque ordini di 1, 2, 3. Dietro allo scudo sono presenti le insegne da principe del Sacro Romano Impero.
Stemma
Descrizione
Clemente Augusto di Baviera Principe-Vescovo di Ratisbona, Paderborn, Heidelsheim e Osnabrück
Inquartato. Al 1° ed al 4° losangato d'azzurro e d'argento, al 2° ed al 3° di nero al leone d'oro rampante. Sul tutto allo scudo di rosso con globo dorato. Lo scudo, accollato a una croce astile patriarcale d'oro, posta in palo, è timbrato da un cappello con cordoni e nappe di verde. Le nappe, in numero di dodici, sono disposte sei per parte, in cinque ordini di 1, 2, 3. Dietro allo scudo sono presenti le insegne da principe del Sacro Romano Impero.
Stemma
Descrizione
Clemente Augusto di Baviera Principe-Arcivescovo di Colonia
Inquartato. Al 1° ed al 4° losangato d'azzurro e d'argento, al 2° ed al 3° di nero al leone d'oro rampante. Sul tutto allo scudo di rosso con globo dorato. Lo scudo, accollato a una croce astile patriarcale d'oro, posta in palo, è timbrato da un cappello con cordoni e nappe di verde. Le nappe, in numero di sedici, sono disposte otto per parte, in cinque ordini di 1, 2, 3, 5. Dietro allo scudo sono presenti le insegne da principe del Sacro Romano Impero.
Stemma
Descrizione
Clemente Augusto di Baviera Gran Maestro dell'Ordine Teutonico
Inquartato. Al 1° ed al 4° losangato d'azzurro e d'argento, al 2° ed al 3° di nero al leone d'oro rampante. Sul tutto allo scudo di rosso con globo dorato. Lo scudo è timbrato da un cappello di nero con cordoni e nappe di bianco. Le nappe, in numero di dodici, sono disposte sei per parte, in tre ordini di 1, 2, 3. Dietro allo scudo sono presenti una spada ed un pastorale.
Frank Günter Zehnder, Werner Schäfer (Hg.): Der Riss im Himmel. Clemens August und seine Epoche. (Clemente Augusto e la sua epoca) Bonn-Brühl-Köln-Jülich-Miel 2000. ISBN 3-7701-5001-5
Georg Bönisch: Der Sonnenfürst: Karriere und Krise des Clemens August, Köln 1979. ISBN 3-7743-0172-7 (biografia di Clemente Augusto di Baviera)