La Chiesa cattolica in Burundi vede l'arrivo dei primi missionari cattolici dei padri Bianchi nel 1879. Nel 1895 l'Urundi è unito al vicariato apostolico di Unyanyembe (in Tanzania); nel 1912 è unito al Ruanda per formare il vicariato di Kivu; nel 1922 nasce il vicariato apostolico indipendente dell'Urundi, che ha una vita molto prospera: sono del 1925 le prime ordinazioni di sacerdoti autoctoni. Nel 1959 nasce la gerarchia episcopale con l'organizzazione del territorio in diocesi e l'anno seguente il Burundi diventa provincia ecclesiastica autonoma con l'erezione dell'arcidiocesi di Gitega.
I numerosi conflitti che si sono succeduti hanno provocato numerose vittime tra i sacerdoti, i religiosi e i catechisti.
Degni di nota si ricorda l'assassinio di monsignor Gabriel Gahimbare, vescovo ausiliare dell'arcidiocesi di Gitega e cappellano generale dell'esercito burundese il 21 dicembre 1964, durante gli avvenimenti dell'ikiza nel 1972 l'uccisione del sacerdote, poeta e filosofo Michel Kayoya. Recentemente l'arcivescovo di Gitega, monsignor Joachim Ruhuna, ed il nunzio apostolico in Burundi, Michael Aidan Courtney.
Wojciech Załuski, arcivescovo titolare di Diocleziana (15 luglio 2014 - 29 settembre 2020 nominato nunzio apostolico in Malaysia e Timor Est e delegato apostolico in Brunei)
Dieudonné Datonou, arcivescovo titolare di Vico Equense, dal 7 ottobre 2021
Conferenza episcopale
L'episcopato del Burundi costituisce la Conferenza dei Vescovi Cattolici del Burundi (Conférence des Evêques catholiques du Burundi, CECAB).