Il 28 novembre 1898 venne designato vescovo da papa Leone XIII ed ordinato l'11 dicembre dello stesso anno dal cardinale Celesia, co-consacranti il fratello Giuseppe e il vescovoBernardino Re. Grazie alle sue competenze nel campo dell'archeologia, diede forte impulso ai lavori per il restauro conservativo della cattedrale di San Gerlando. Nell'attività pastorale si distinse per la forte opposizione al decreto sull'abolizione delle decime ecclesiastiche, attraverso una lettera indirizzata a Paolo Beccadelli di Bologna, all'epoca principe di Camporeale.
Codice diplomatico dei giudei di Sicilia, in Documenti per servire alla storia di Sicilia, 3 voll. Palermo, 1884-1895 (in collaborazione col fratello Giuseppe Lagumina):
Cronaca anonima di Cambridge (testo arabo), Palermo, 1890.
Kitāb al-nakhl, ovverosia "Il libro della palma", pubblicato col titolo "Il Libro della Palma di 'Abū Hātim as-Sigistānī - testo arabo", in: Atti della Reale Accademia dei Lincei. Rendiconti, classe di scienze fisiche e morali, s. 4, VI [1890], pp. 6–41.
Catalogo delle monete arabe esistenti nella Biblioteca comunale di Palermo, Palermo, 1892
"Iscrizione araba del re Ruggero scoperta nella R. Cappella palatina di Palermo", in: Atti della R. Acc. dei Lincei. Rendiconti, cl. di scienze fisiche e morali, s. 5, II [1893], pp. 231–234.
Catalogo dei codici orientali della Biblioteca nazionale di Palermo (1ª edizione, Firenze 1888), 1898
Iscrizione araba di Linosa, 1908
Bibliografia
A. Giudice, Elogio funebre di sua eccellenza reverendissima mons. Bartolomeo Lagumina, 1931
G. Viola, In memoria di sua eccellenza reverendissima mons. Bartolomeo Lagumina, vescovo di Agrigento, Palermo, 1931
Dizionario dei siciliani illustri, Palermo, 1939, p. 280
Convegno Bartolomeo e Giuseppe Lagumina e gli studi storici e orientali in Sicilia fra Otto e Novecento (Palermo, novembre 2013)
Maria Amalia De Luca, "Il contributo di Bartolomeo Lagumina alla formazione e allo studio delle collezioni islamiche del R. Museo Nazionale di Palermo", Notiziario Archeologico Soprintendenza Palermo, n. 11/2016