Árið 1539 (MDXXXIX í rómverskum tölum)

• Vor - Claus van der Marwitzen hirðstjóri kom til landsins og hafði fengið hjá konungi umboð yfir Viðeyjarklaustri og skyldi setjast þar að en sjá munkunum og ábótanum fyrir viðurværi.
• Hvítasunnudagur - Diðrik frá Mynden, fógeti, fór til Viðeyjarklausturs ásamt hirðstjóranum og lagði undir sig, rændi og ruplaði, rak munkana á brott og lýsti Viðey eign konungs. Það má telja upphaf siðaskiptanna á Íslandi.
• 10. ágúst - Diðrik frá Mynden drepinn í Skálholti ásamt mönnum sínum. Hann var þá á austurleið til að taka undir sig eignir klaustranna í Þykkvabæ og Kirkjubæ.
• Ögmundur Pálsson Skálholtsbiskup valdi Gissur Einarsson sem eftirmann sinn og sendi hann til Kaupmannahafnar að taka vígslu.
• Helgi Höskuldsson ábóti í Þingeyraklaustri skikkaður til að fara í pílagrímsferð til Rómar vegna barneignar.
• 5. september - Erlendur Þorvarðarson lögmaður kvað upp dóm á Kópavogsþingi um að Diðrik frá Mynden og þeir sem drepnir voru með honum skyldu teljast óbótamenn og þeir sem vegið höfðu að þeim sýknir saka.
• 9. nóvember - Háskólakennarar í Kaupmannahöfn gáfu út leyfi til að prenta mætti Nýjatestamentisþýðingu Odds Gottskálkssonar.

Dáin

• 12. janúar - Karl 5. keisari (Karl 1. Spánarkonungur) og Frans 1. Frakkakonungur undirrituðu Toledo-sáttmálann þar sem þeir samþykktu að gera ekki frekari bandalög við Englendinga.
• 30. maí - Hernando de Soto lenti í Tampa Bay í Flórída með 600 manna lið.
• 10. ágúst - Frans 1. Frakkakonungur undirritaði Villers-Cotterêts-tilskipunina, réttarbót þar sem meðal annars var mælt fyrir um að öll opinber gögn í Frakklandi skyldu vera á frönsku.
• 4. september - Hinrik 8. Englandskonungur semur um giftingu sína og Önnu af Kleve.
• Carta marina var prentað í Flórens, fyrsta kortið sem sýndi Norðurlöndin og þar með Ísland nokkuð ítarlega. Það var Svíinn Olaus Magnus sem gerði kortið.

Fædd

• 5. desember - Fausto Paolo Sozzini, ítalskur guðfræðingur (d. 1604).

Dáin

• 12. mars - Thomas Boleyn, jarl af Wiltshire, enskur stjórnmálamaður og faðir Önnu Boleyn (f. 1477).
• 1. maí - Ísabella af Portúgal, drottning Spánar og keisaraynja hins Heilaga rómverska ríkis, kona Karls 5. keisara (f. 1503).
• 7. maí - Guru Nanak Dev, upphafsmaður síkisma (f. 1469).