Az 1300-as években már oklevelek tanúskodtak Bögöte létezéséről. Neve 1627-ben már hasonlított a mostani nevéhez (Beögeöte).
A falut német telepesek alapították, akik teljesen elmagyarosodtak. Források utalnak arra,hogy a törökök korában pusztává vált és a 18. században népesült be újra. 1787-ben 433-an, 1917-ben 710-en, 1970-ben pedig 604-en éltek a faluban. Manapság pedig 200 és 300 fő között van a népessége.
A 18. században mutattak adatok arra, hogy a falu római katolikus vallású.
A közösséget délről félkövérívben a Nagyerdő és a Bögötei erdő, nyugatról a Szajki erdő határolja. A faluhoz tartozik az Alsó-, Felső- és Ferenc-major.
Kutatások után azt feltételezték, hogy mivel a Patyi Hotel mellett találtak töredékes leleteket (edény, tál, szilánk) ezért a falu közelebb volt a főúthoz. A kutatásokat követően azt is megállapították, hogy a falu helyén az újkőkorban a vonaldíszes kultúra népének települése lehetett. Megtalálhatjuk az Árpád kori település nyomait is a falu területén.
Első ismert, adatolt említése 1310-ből való. Az 1500-as években Bögötei Bálint nevét tüntették fel birtokosként.
1809 elején harcok kezdődtek, NapóleonBécset fenyegette, majd el is foglalta. A vármegyei lovasság májusban indult HosszúperesztegrőlGyőr felé, néhány nappal később pedig a gyalogság indult el. 1809 november végén ért véget a vármegye megszállása. 1831-ben jelentős áldozatokat követelt a kolerajárvány.
A korabeli betyárság két nagyobb korszakát szokás elkülöníteni. Az első korszak kiemelkedő vármegyei hőse Sobri Jóska, a másodiké Savanyú Jóska volt. Sobri Jóska büntetőperének anyagában egy tanúvallomásban szerepelt Bögöte. Valószínű, hogy Sobri bögötei születésű. (Kalandpark)
A Horváth-kastélyt 1875-ben építtette Bozzay Imre. Horváth Miklós jelentős jövedelmű birtokos volt, de a legnagyobb birtokai Batthyány Ervinnek voltak.
1905-ben gróf Batthyány Ervin reformiskolát hozott létre a faluban. A Horváth család és a katolikus egyház is hevesen támadta, és igyekeztek megakadályozni az iskola megnyitását. Ady Endre a Budapesti Napló hasábjain több ízben írt az iskola védelmében. A Budapesti Napló 1905. október 27-ei számában például így:
"Bögöte – Bögötén pedig legyen rend. Kegyetlen rend. Ha a világ megtudja, hogy Bögötén magyar pópák forradalmat csinálnak az iskola ellen, nem heverjük ki ezt sohasem. Ha majd meglesz a magyar imperium. Ha majd meglesz a magyar hadsereg. Akkor is ujjal mutat reánk minden idegen kultúrember – Bögöte miatt."
Batthyány Ervin szerkesztésében, illetve közreműködésével Szombathelyen és Bögötén jelent meg 1907-ben havi két kiadásban a Társadalmi Forradalom, "a magyarországi forradalmi szocialisták lapja", illetve 1906-1907-ben a Testvériség, a Vasvármegyei Szociáldemokrata Párt hetilapja.
A falu központját az 1990-es évek első felében rendezték.
A 2011-es népszámlálás során a lakosok 97,1%-a magyarnak, 1,4% németnek, 0,4% lengyelnek, 0,4% szlovénnek mondta magát (2,5% nem nyilatkozott; a kettős identitások miatt a végösszeg nagyobb lehet 100%-nál). A vallási megoszlás a következő volt: római katolikus 83,7%, református 0,7%, evangélikus 2,2%, görögkatolikus 0,7%, felekezet nélküli 5,8% (6,9% nem nyilatkozott).[11]