ב-1859 הוציאה פרוסיה צו רשמי, בשם צו הייט (Heydt Rescript) האוסר על תעמולה למען הגירה לברזיל, עקב יחס רע (mistreatment) למתיישבים הגרמנים במדינת סאו פאולו. הצו פגע במהגרים הפוטנציאליים לברזיל מפרוסיה, והחל משנת 1871, בכל גרמניה. הצו בוטל רק בשנת 1896. ב-1900, ז'וזה פרניוס, ברון ריו ברנקו נשלח לברלין, על מנת לייצג את ברזיל בגרמניה.[3]
מלחמת העולם הראשונה: 1914-1918
במהלך מלחמת העולם הראשונה, השעתה ברזיל את יחסיה עם הקיסרות הגרמנית וב-27 באוקטובר 1917, הכריזה ברזיל מלחמה על הקיסרות, בעקבות הטבעת אניות סחר ברזילאיות בידי צוללות גרמניות חודשיים לפני כן.[3]
מלחמת העולם השנייה: 1939-1945
לאחר פלישת גרמניה הנאצית לפולין ב-1939, ברזיל הכריזה על עצמה כמדינה נייטרלית.[4] ביולי 1942 הוטבעו שלוש עשרה ספינות סוחר ברזילאיות בידי צוללות גרמניות.[5] כתגובה למתקפות, החליט נשיא ברזיל, ז'טוליו ורגאס, שלא לנקוט בצעדים נוספים[דרושה הבהרה] נגד מדינות הציר, כדי להימנע מסחף שיוביל למעורבות ישירה במלחמה. עם זאת, לאחר שבאוגוסט 1942, הטביעה שוב צוללת גרמנית 5 כלי שיט,[5][6] הדבר הוביל לכעס רב בברזיל, ובריו דה ז'ניירו החלו אנשים בפעולות נקמה כנגד בעלי עסקים ממוצא גרמני.[7] עמדתה הפסיבית של הממשלה לא היה בה די כדי להרגיע את הרוחות הסוערות ולבסוף הכריזה ברזיל מלחמה על מדינות הציר ב-22 באוגוסט 1942.[7][8] בעקבות זאת, הקימה ברזיל את כוח המשלוח הברזילאי, שלחם בחזית האיטלקית במלחמה.[9][10]
בשנת 2015 ביקרה קנצלרית גרמניהאנגלה מרקל בברזיל עם שבעה שרים וחמש מזכירות מדינה גרמניות על מנת להתחיל בהליך "ייעוץ בין-ממשלתי" (consultas intergovernamentais) בין שתי המדינות.[12] גרמניה שומרת על מערכת יחסים כזו עם שבע מדינות אחרות (צרפת, איטליה, ספרד, פולין, ישראל, רוסיה, סין והודו). הייעוץ הבין-ממשלתי הבא עתיד להיערך בשנת 2017.[13]