מיד עם עצמאות פקיסטן ב-14 באוגוסט 1947 הכירה איראן במדינה, כשהיא המדינה הראשונה להעניק הכרה דיפלומטית למדינה החדשה, ושתי המדינות אף חתמו על הסכם ידידות במאי 1950.[1] בשנת 1955 הצטרפה פקיסטן, יחד עם איראן, עיראק וטורקיה, לברית בגדאד, שבשנת 1959, לאחר נסיגת עיראק, שונה שם לארגון האמנה המרכזית. פקיסטן ואיראן כוננו שיתוף פעולה כלכלי הדוק, שבא לידי ביטוי, אם כי בתחילה מטרת ארגון האמנה המרכזית הייתה ליצור ברית הגנתית. המהפכה האסלאמית התרחשה באיראן בשנת 1979, ממשלתו של השאהמוחמד רזא פהלווי הופלה והשלטונות האיראניים החדשים החליטו לפרוש מארגון האמנה המרכזית.
מלחמת אפגניסטן הסובייטית הביאה לשיתוף פעולה זמני בין שתי המדינות, כאשר שתיהן תמכו במוג'אהדין בהתקוממותם נגד הסובייטים. אך לאחר נסיגתם של הסובייטים התפצלו שתי המדינות, כאשר איראן תומכת בברית הצפונית בעוד פקיסטן תמוכת בטליבאן, שביצע מתקפות ומעשי טבח בשיעים ובאיראנים.[1]
בשנות האלפיים המשיכו היחסים בין איראן לפקיסטן להתחזק כלכלית וצבאית. איראן ופקיסטן משתתפים במאבק נגד סחר בסמים, הבדלנים בבלוצ'יסטן והטליבאן בגבול המשותף[2].
בשנת 2013 ערך סקר השירות העולמי של ה-BBC סקר בפקיסטן, שחשף כי 76% מהפקיסטנים דירגו באופן חיובי את המדיניות האיראנית.
בינואר 2024תקפה איראן בבלוצ'יסטן. איראן טענה כי הותקפו שני בסיסים חשובים של ג'איש אל-אדל בעוד פקיסטן טענה כי בתקיפה בפנג'ור (אנ') נהרגו שני ילדים ושלושה נוספים נפצעו.[4] בעקבות התקיפה החזירה פקיסטן את שגרירה מאיראן והורתה לשגריר איראן במדינה שלא לשוב אליה.[5] בנוסף, תקפה פקיסטן מטרות טרור באיראן, בהם נהרגו שבעה.[6]
יחסי כלכלה ואנרגיה
בשנת 1983 נחתמו שורה של הסכמים לשיתוף פעולה בין המדינות בפיתוח של אנרגיה גרעינית להפקת חשמל[7].
משנת 2005 עד 2009 היקף הסחר הדו-צדדי גדל בכמיליארד דולר (מ-500 מיליון ל-1.4 מיליארד דולר). בשנת 2014 הייתה אמורה להסתיים הקמת צינור גז מאיראן לפקיסטן[8]. ב-29 בינואר2013 איים הקונסול הכללי של ארצות הברית, מייקל דודמן, על פקיסטן בסנקציות כלכליות אם הוא לא יסרב לשתף פעולה עם איראן בתחום האנרגיה. בשנת 2016 הודיעו ממשלות שתי המדינות כי בכוונתם להגדיל את היקף הסחר ל-5 מיליארד דולר במשך 5 שנים.