עם עלותו ארצה החל בפעילות מדעית וספרותית ענפה בעיקר בתחום הספרות העברית ובנושא המשיחיות. נמנה עם מקימי האוניברסיטה העברית, ועם ייסודה, בשנת 1925, נכלל בסגל ההוראה הראשון שלה כראש החוג לספרות עברית, זאת על אף העדפתו את הוראת תולדות עם ישראל, זאת בעקבות הוצאת חיבורו האוהד על ישו.[1] בשנת 1944 עמד בראש הקתדרה לתולדות ימי בית שני, שמאוחר יותר אף נקראה על שמו. את התקופה בין מינויו הכפוי לראש החוג לספרות עברית לבין מינויו לראש הקתדרה לתולדות ימי בית שני הכתיר קלוזנר בכותרת 'מלחמת שמונה עשרה השנה'.
היה העורך הראשי הראשון של האנציקלופדיה העברית מייסודה ועד שנת מותו (כרכים א'–ח'), ובמקביל שימש כאחראי על המדורים לתולדות הבית השני והספרות העברית החדשה בכרכים א'–ט'.
קלוזנר היה נשוי לציפורה (פאני-פייגה) בת אריה ויירניק, והשניים היו חשוכי ילדים. בשנת 1958 קיבל את פרס ישראל למדעי היהדות. נפטר באותה שנה בירושלים, ונקבר בהר המנוחות.
קלוזנר הוציא לאור ספרים ומאמרים רבים בתחומי היסטוריה, ספרות, פילוסופיה ותאולוגיה.
כהיסטוריון, ספרו החשוב הוא "הרעיון המשיחי בישראל", בו הוא סוקר את גלגול המשיחיות מאז המקרא ועד חתימת המשנה. כן כתב סדרת ספרים על תקופת הבית השני.
ספרו על ישו הקנה לו שם עולמי ובו תיאר את ישו באהדה רבה, כאיש מוסר המחויב לערכיה הנעלים של היהדות שנתקל במשטמת כוהני הדת וכי דרכו מסולפת בידי ממשיכיה-לכאורה.
ב-1912, בעת היותו עורך "השלח", ביקר בארץ ישראל ואת רשמי מסעו כתב ופרסם בחוברות ה"שלח". זמן קצר לאחר מכן, קיבץ את כתבותיו לספר "עולם מתהווה", שיצא מאוחר יותר בשם "עם וארץ קמים לתחיה".[5]
יוסף קלוזר חיבר ספר מקיף על ההיסטוריה של הספרות העברית החדשה. הוא החשיב את ביאליק, טשרניחובסקי, זלמן שניאור, יעקב כהן, דוד שמעוני, ואורי צבי גרינברג, כבכירי השירה העברית החדשה. הוא חיבר ספרים מונוגרפיים ביקורתיים על שאול טשרניחובסקי (1947), זלמן שניאור (1947), דוד שמעוני (1948), וח״נ ביאליק (1950).
נודע ככותב מסות ומחקרים פורה ביותר. עסק בביקורות ספרותיות ובתגובות על אירועים. נודע כמבקר חריף ביותר. סופר שחווה זאת על בשרו היה משה שמיר שבראשית דרכו כסופר, כשיצא ספרו "מלך בשר ודם" העוסק באלכסנדר ינאי, כתב קלוזנר ביקורת שכללה בין היתר את המילים הללו: "יש ולפעמים סופר אינו היסטוריון, אבל עד כדי כך?".
קלוזנר זכה פעמיים בפרס ביאליק לחכמת ישראל, בתש"א על ספרו "ההיסטוריה של הספרות העברית החדשה" ובתש"ט על ספרו "היסטוריה של בית שני".
דמותו של קלוזנר
עוד בהיותו באודסה היה ידוע בקנאותו הלוחמנית לכתיבה בעברית ובמאבקו העיקש בסופרים ובפובליציסטים כותבי יידיש. על רקע זה הגיע לעימותים עם י. ח. רבניצקי ואישים נוספים בקהילת ציוני אודסה.[6] בעצרות ובכנסים בהם נכח, דרש במפגיע דיבור עברית בלבד והתעמת עם אישי ציבור שבקשו לפנות אל הקהל ביידיש. הוא עצמו תיאר בספרו "עם וארץ קמים לתחיה" אירוע כזה, שהיה בבית הוועד בפתח תקווה בזמן ביקורו בארץ ישראל ב־1912.
קלוזנר פעל בסוף שנות ה-40, עם ארי אבן-זהב, על מנת למנוע מעגנון, שכנו לאותו רחוב, את קבלת פרס נובל, פרס שהוענק לו לבסוף רק בשנת 1966,[7] בסוברו שעגנון סופר גלותי ופרובינציאלי אשר יצירתו לא התרוממה לגובה האנושי. כעבור 30 שנה, קלוזנר הפך בעצמו מושא לכתיבה, ברומן הלא גמור "שירה" (תחילת כתיבתו 1948), בו ש"י עגנון צייר את דמותו של קלוזנר כפרופסור בכלם, איש אקדמיה נרקיסיסט ונלעג. בן אחיינו (נכדו של אחיו) של קלוזנר, הסופר עמוס עוז (במקור קלוזנר), מתייחס לדמותו בספרו "סיפור על אהבה וחושך" ומתארו כ"עדין נפש ורודף כבוד, שופע עליצות ילדותית, איש מאושר המעמיד תמיד פני אומלל". בשילוב של חיבה ועוקצנות כתב כי "כמעט בכל עניין נהג הדוד יוסף לשרטט לעיני קהלו שני מחנות יריבים, בני אור ובני חושך, והיה מתאר כיצד היה הוא עצמו אחד הראשונים, אם לא הראשון ממש, שהבדיל בין חושך לאור, הוקיע את הראויים להוקעה ונלחם, יחיד מול רבים, את מלחמתם של הצודקים". מבקר הספרות שלום שטרייט כתב על קלוזנר: "יש מונים את קלוזנר בהבלטת ערכו מדעת, בהפרזה יתרה באצבע על שפע יצירתו – ייתכן שקלוזנר נכנס בזה, באמת, קצת לתחום מעריכיו. אבל חסרון קטן זה אינו עלול להטיל פגם בספריו הרחבים כערבות רחבות-אפקים, המעוררים השתוממות והערצה לבקיאות היתרה, ליכולת הכתיבה, לפתוס-החיים, ופה ושם גם לחושו האינטואיטיבי".[8] קלוזנר עצמו הרגיש זר ונכרי הן בחברת הסופרים והן בחברת הפרופסורים, ובאוטוביוגרפיה שלו כתב: "האלוהים שבלב יודע, שלא כתבתי מעודי שום ספר ושום מאמר מתוך איזו פניה פרטית שהיא: לשם כסף, לשם כבוד, או כדי למצוא חן בעיני מישהו".
תפיסתו את הסכסוך היהודי-ערבי
יוסף גורני מתאר את תפיסתו של קלוזנר כהשקפה אדנותית-בדלנית, כלומר רצון התבדלות של מחדשי היישוב היהודי מן הערבים. בכתב העת השילוח כתב קלוזנר:
אנו היהודים, שזה אלפיים שנים ויותר יושבים אנו בין עמים קולטוריים [=תרבותיים], אי-אפשר לנו – וגם אינו רצוי לנו – שנרד עוד פעם אל מדרגת הקולטורה של עמים פראיים-למחצה, וחוץ מזה הרי כל תקוותנו, שבזמן מן הזמנים נהיה אדוני הארץ, אינה מיוסדת לא על החרב ולא על האגרוף אלא על היתרון הקולטורי שיש לנו על הערביים והטורקיים, שעל-ידו תגדל השפעתנו מעט מעט.
— יוסף גורני, השאלה הערבית והבעיה היהודית: זרמים מדיניים-אידאולוגיים בציונות ביחסם אל הישות הערבית בארץ ישראל בשנים 1882–1948, תשמ"ו 1985
על שמו רחובות בתל אביב, ירושלים, רמת גן וערים נוספות.
מספריו של יוסף קלוזנר
במה נתחיל: לשאלת יסוד אוניברסיטה עברית בירושלים, אודסה, תרע"ג 1913.
תולדות הספרות העברית החדשה (תקמ״ה–תרע״ח), ירושלים: השלח, תר״ף.
ישו הנוצרי: זמנו חייו ותורתו, ירושלים, תרפ"ב 1922. תורגם לאנגלית על ידי הרברט דנבי.
יוצרים ובונים: מאמרי ביקורת, תל אביב: דביר תרפ"ה–תר"ץ.
ארץ ישראל בימי בית שני, ירושלים, תרפ"ז 1927
פילוסופים והוגי־דעות: מסות ומחקרים, תל אביב: דביר, תרצ״ד–תש״א, 1934–1941.
היסטוריה של הספרות העברית החדשה, אחיאסף, ירושלים, שישה כרכים, 1936–1950.[11]
משני עולמות: מסות ספרותיות, ירושלים: מסדה, תש״ד 1944.
דוד שמעוני (שמעונוביץ) – המשורר והוגה הדעות, בצירוף רשימה ביבליוגרפית מאת ברוך שוחטמן וביוגראפיה קצרה, הוצאת האוניברסיטה העברית בירושלים, 1948
היסטוריה של הבית השני בחמישה כרכים, אחיאסף, ירושלים, תשי"ט
ח.נ. ביאליק ושירת־חייו: ארבעה־עשר מאמרי־ביקורת, תל אביב: דביר, תשי״א 1950.
הרעיון המשיחי בישראל: מראשיתו ועד חתימת המשנה, תל אביב: מסדה 1950.
מניחי־היסוד של מדינת ישראל: מסות על גדולי הציונות בדור החולף, ירושלים: אחיאסף, תשי״ג 1953.
הנביאים: מסות על מהותה של הנבואה ותפיסת־העולם של נביאי־ישראל, ירושלים: הוצאת מדע, 1954.
בימי בית שני: מחקרים בהיסטוריה של הבית השני, ירושלים 1954.
מישו עד פאולוס, ירושלים, 1954.
יהדות ואנושיות: קובץ מאמרים, ירושלים, 1955.
מאפלטון ועד שפינוזה, ירושלים, 1955.
יוצרי־תקופה וממשיכי־תקופה: קובץ מאמרים, תל אביב: מסדה, 1956.
מאמרים עליו ועל יצירתו
מבט יהודי על ישו: סטיבן וייז, יוסף קלוזנר והדיון על ישו היהודי בין שתי מלחמות העולם, מאת מתיו מרק סילבר, נדפס בציון, ע', א', תשס"ה 2005
"יוסף קלוזנר: הפרופסור שלנו", בתוך: "עין הקורא, סופרים וספרים, עיתונים ועיתונאים", מאת אב"א אחימאיר, הוועד להוצאת כתבי אחימאיר, תל אביב, תשס"ג, ע"ע 241–250
^למרות גישתו הרוויזיוניסטית קיצונית אפילו, לא היסס להימנע מלפרסם בכתב העת דברים של אחרים מהחשש "אם לא יעוררו הדברים על ישו, ובייחוד על מוחמד, בעירומם הגלוי, קטרוג גדול מצד שונאינו." כך קלוזנר במכתבו אל שמואל אבא הורודצקי במרץ 1926, שכתב היד התפרסם בבלוג של מכון גנזים. לעיון בכתב היד
ראו כאן.
