באותו מקור מסופר כי יהושע בן פרחיה היה רבו של ישו, ותקרית שהתרחשה כשחזרו מאלכסנדריה לירושלים גרמה להתפקרותו (בתרגום לעברית):
נזדמן יהושע בן פרחיה לפונדק והתייחסו אליו בכבוד רב, שיבח אותם, כמה נאה אכסניא זו, אמר לו ישו הנוצרי, עיניה של בעלת הפונדק טרוטות, אמר לו: רשע, בכך אתה עוסק, הוציא ארבע מאות שופרות ונידה אותו. כל יום היה בא ישו לפניו ולא קיבל אותו. יום אחד היה קורא ר' יהושע קריאת שמע, בא ישו לפניו, היה בדעתו לקבלו, סימן לו בידו שימתין אך ישו חשב שדוחה אותו לגמרי. הלך והעמיד לבנה ועבד אותה. אמר לו ר' יהושע: חזור בך, אמר לו: כך מקובלני ממך: כל החוטא ומחטיא את הרבים אין מספיקים בידו לעשות תשובה.
מבחינה היסטורית, העלו כמה מבעלי התוספות[1] (מפרשי התלמוד) את ההשערה כי אין מדובר כאן בישו מייסד הנצרות אלא באדם אחר, שהרי יהושע בן פרחיה חי יותר ממאה שנים לפני ישו מייסד הנצרות, וייתכן שגם במקומות אחרים בתלמוד שנזכר שם זה אין הכוונה לאותו האיש. מצד שני, אחרים רואים בזה אחת הראיות שהספירה הנוצרית להולדתו - שגויה. וכנ"ל לגבי כל סיפור חייו לפי הברית החדשה.
מאמרו המפורסם המופיע במסכת אבות: "עשה לך רב וקנה לך חבר, והוי דן את כל האדם לכף זכות"[2] עומד בסתירה למעשה זה, וישנם הסוברים כי יהושע בן פרחיה הבין כי טעה ולכן אמר משנה זו: "הוי דן את כל האדם לכף זכות" ללמד אחרים שלא יחזרו על טעותו[דרוש מקור].
ייחוסו ככהן
מתוך תיאור עיסוקו של יהושע בן פרחיה בשריפת פרה אדומה
אני ראיתי את יהושע בן פרחיה ששרפה בגדול א"ל אנו ראינו ששרפה בלבן
— ספרי זוטא (הורוביץ) במדבר (פרשת חקת) פרק יט פסוק ג
יש שסוברים[3] שהיה ממוצא משפחת כהנים וגם שירת בתפקיד הכהונה גדולה, אך יש שחולקים ואומרים[4] שלא עסק בעצמו בשריפתה אלא נעשתה על פי הוראתו, אך לא היה בעצמו הכהן הגדול.
לקריאה נוספת
בנימין לאו, "יהושע בן פרחיה ונתאי הארבלי", בספרו: חכמים, כרך ראשון: ימי בית שני, ידיעות ספרים, 2006, עמ' 121-108.