אף על פי שלקח על עצמו לדאוג לעיצוב האסתטי של התרבות בקיבוצו, ובשנות ה-30 וה-40 יצר מערכות ציורים לסדר הקיבוצי ולחגי הקיבוץ, ראה אתר בציוריו ביטוי אישי ללבטי האדם הפרטי; בניגוד לרוב הציירים שפעלו בקיבוצים באותה עת, נמנע אתר מעיסוק בהווי הקיבוצי, בנושאים חברתיים ובציורי נוף. נושאי ציוריו היו דיוקנאות, בהם צייר את בני משפחתו ואת חברי עין חרוד, דיוקנאות עצמיים וטבע דומם. הוא צייר אנשים פשוטים ולא אנשים בעלי שם או מנהיגים פוליטיים, בכל פעם דיוקן אחד, ללא דיוקנאות משותפים או קבוצתיים. בנוסף צייר אתר מעט ציורי טבע דומם, בעיקר ציורי פרחים. בציוריו הוא לא ניסה לדייק בפרטים, אלא נתן ביטוי בצבעים חמים ועזי הבעה לאור שבפניהם של ילדי ואנשי הארץ. במשיכות מכחול עזות ועבות שאינן מתעכבות על הפרטים נתן ביטוי לחוויה אנושית-חברתית עמוקה ועזה. רוב ציוריו צוירו על גבי בדים צנועים וקטני מידות, בצבעים עזים וספורים, הסוגרים על הדיוקן, כמעט ללא טיפול בחלל העוטף את הדמות המצוירת. אתר נמנה עם הציירים שייצגו באמנות הישראלית את מסורת הציירים היהודים המזרח אירופאים ואת ציירי אסכולת פריז, בדרך ציורם המבטאת התפרצות רגשות ובשילוב הצבעים הייחודי שנסמך, בין השאר, על האמנות העממית היהודית.
אמנים רבים שניסו לחיות וליצור במסגרת הקיבוץ נתקלו בקשיים בשל הניגוד בין הצורך לביטוי עצמי ואינדיבידואליזם, אל מול המסגרת של החברה הקיבוצית. אתר הצליח לשלב בין השניים בכך שהחל את יומו לפנות בוקר בעבודה במאפיית הקיבוץ, כך שבמשך היום יוכל להקדיש זמן לציור. ב-1937 ייסד אתר פינת אמנות בצריף עץ קטן בקיבוץ והחל לצבור יצירות של אמנים שונים (כולל: שאגאל, הירשנברג, אורי ומינקובסקי) וחפצי יודאיקה מהארץ ומהעולם. החזון של אתר נתקל בתחילה בספקנות, אך בעבודת נמלים ובאמונה דחף אתר להגשמת חלומו. באוקטובר 1948 הונחה אבן הפינה למבנה "המשכן לאמנות" הקיים עד היום. המבנה הייחודי תוכנן על ידי האדריכליםשמואל ביקלס ויוסף אידלמן.[2] כיום המשכן לאמנות הוא המוזיאון הגדול והחשוב בצפון ישראל.
חיים אתר נפטר ב-19 באפריל 1953 ונקבר בבית העלמין האזרחי "עין חרוד מאוחד" בקיבוץ בו התגורר, עין חרוד.[3]
1942 - התערוכה הכללית של אמני ארץ ישראל לזכר ב. שץ מיסד בצלאל, גלריה לאמנות בבית הבימה, תל אביב.
1942 - תערוכת הארבעה" - תערוכה קבוצתית, מוזיאון תל אביב, תל אביב התערוכה הכללית של אמני ארץ ישראל לזכר ב. שץ מיסד בצלאל, גלריה לאמנות בבית הבימה, תל אביב.
1946- תערוכות ביוהנסבורג.
1949- תערוכות בניו-יורק.
1952 - תערוכה ארצית של הציור והפיסול בישראל, למלאות 20 שנה ליסוד המוזיאון, מוזיאון תל אביב, תל אביב.
1954 - התערוכה הכללית של אמני ארץ ישראל, מוזיאון תל אביב, תל אביב.
1971 - האקספרסיוניזם הישראלי בשנות השלושים וקשריו עם אסכולת פריז, מוזיאון ישראל, ירושלים.
1985 - ציורי ארץ ישראל, שנות העשרים עד סוף שנות הארבעים מתוך אוסף גבעון, הגלריה לאמנות עש אברהם ברון, אוניברסיטת בן-גוריון בנגב.
1998 – עבודה עברית - אמנות ישראלית משנות העשרים עד ימינו, המשכן לאמנות עש חיים אתר, קיבוץ עין חרוד.
2008 - העשור הראשון, הגמוניה וריבוי, המשכן לאמנות עש חיים אתר, קיבוץ עין חרוד.
2013 - בעקבות אסכולת פריז: האמנות הארצישראלית בשנות ה־30 וה־40, מוזיאון מאנה-כץ, חיפה.
