שמואל ביקלס היה מעורב בתכנון הפיזי של עשרות יישובים ברחבי הארץ. הוא היה מגויס לרעיון הקיבוצי והאמין בו. ביקלס הלך בעקבות מייסדי הקיבוץ הגדול עין חרוד, שלמה לביא ויצחק טבנקין, וטען כי הקיבוץ אינו כפר אגררי קטן ונידח אלא אלטרנטיבה מודרנית לעיר המסורתית והמנוונת. תכנון הקיבוץ לפי ביקלס היה מבוסס על יחידה בסיסית של 250 משפחות, המיועדת לצמוח ליישוב של אלפים. בלב היישוב הקיבוצי הציב ביקלס את מוסדות התרבות, ותכנן עשרות מהם בקיבוצים שונים. מושג התרבות עבורו כלל את כל מרכיבי התרבות הגבוהה שאפיינו ערים מרכזיות באירופה: אולם מופעים, ספרייה, גלריה או מוזיאון, חדרי מוזיקה, חדרי לימוד ועוד. בכל מבנה כזה נכללו גם חדרי הנצחה לנופלים ולנספים בשואה.
תוכניות מתאר לקיבוצים
1938: שער העמקים, גינוסר, גשר, דגניה ב', כפר מסריק, בית הערבה
1940: אשדות יעקב, בית אורן, גבעת השלושה,
1941: אפיקים, להבות הבשן
1942: שער הגולן
1943: כפר סאלד, מחניים, מנרה
1946: נוה אור
1947: נאות מרדכי
1948: החותרים
1949: ברור חיל, דורות, דפנה, הגושרים, חולתה, חוקוק, כפר הנשיא, מסילות, מעגן מיכאל, מעין צבי, משגב עם, נחשולים, עין כרמל, פרוד, רמת הכובש
1950: בית השיטה, בית גוברין, גברעם, מעגן, נען, רביבים, תל יוסף
1951: גבעת ברנר, גבעת חיים, נחשולים,
1952: בארי, דגניה א', מלכיה, משאבי שדה
1953: אפק, גשר, כיסופים, נתיה הל"ה, פלמחים
1954: איל, גינוסר, דפנה, החותרים, חולתה, יראון, כברי, לוחמי הגטאות, רגבים, שדה נחום
1955: גדות, גליל ים, חוקוק, יד חנה, לכיש
1956: הגושרים
1957: אילות, שפיים
1958: יגור
1959: אשדות יעקב
1962: חמדיה, שדה אליהו
1963: עין הנצי"ב, עין חרוד
1965: אילת השחר, כפר רופין
1966: אלונים, נוה איתן
1969: מולדת
1970 תלמי יפה
1975: אלומות
השנים המצוינות הן שנת תחילת התכנון, במקרים רבים נמשך הליווי התכנוני על פני עשורים רבים. בחלק מהקיבוצים הוותיקים ביקלס אינו מתכנן היישוב הראשון אלא מתכנן ממשיך, אך בחלק ניכר מן היישובים המופיעים ברשימה ביקלס הוא המתכנן העיקרי.