על הקמת החטיבה החליט ב-2015 הרמטכ"לגדי איזנקוט, במסגרת התוכנית הרב-שנתית גדעון.[4] עד הקמת החטיבה, זרוע היבשה הייתה הזרוע היחידה בצה"ל ללא מערך מבצעים מיוחדים אחוד, בניגוד לשלוש הזרועות האחרות של צה"ל:
בהקמת חטיבת הקומנדו כיחידת קומנדו של זרוע היבשה והוספתה ליחידות הקומנדו הזרועיות במפקדת העומק, צה"ל למעשה התאים את מבנהו למבנה האמריקאי בהפעלת כוחות מיוחדים על ידי השלמת מפקדת העומק, שלמעשה מהווה את ה-SOCOM הישראלי.
התהליך החל בדצמבר 2011 בהחלטה להקים את מפקדת העומק, מפקדה עצמאית שמכירה ומעדכנת את יכולותיהן של יחידות הקומנדו הזרועיות ותפקידה הוא תכנון, הפעלת הכוח והובלת מבצעים מיוחדים ורב-זרועיים ארוכי טווח במרחב המוגדר כעומק האסטרטגי של מדינות האויב של ישראל.[5]
2016–2020
ב-6 ביולי 2015 מינה הרמטכ"ל את אל"ם דוד זיני להקים את חטיבת הקומנדו.[6] החטיבה הוקמה רשמית ב-27 בדצמבר 2015 וזיני נכנס לתפקידו כמפקדה.
בפברואר 2016 סיימה החטיבה את התרגיל החטיבתי הראשון בתולדותיה[7] ובנובמבר 2016 נחתם הליך הפיכת החטיבה לחטיבה מבצעית.
בבוקר שמחת תורה, כ"ב בתשריה'תשפ"ד, 7 באוקטובר2023 פתחו ארגוני חמאס והג'יהאד האסלאמי הפלסטיני במתקפת פתע על ישראל. בחסות ירי של אלפי רקטות לעבר ישראל, חדרו כ-3,000 מחבלים ליישובים ישראליים ומתקנים צבאיים, תוך ניהול קרבות ירי נגד כוחות ביטחון דלים. לוחמי החטיבה הוקפצו ליישובי העוטף וניהלו קרבות קשים מול המחבלים על מנת לשחרר את היישובים ולהשיב את השליטה עליהם. במהלך הקרבות איבדה החטיבה 23 מלוחמיה (13 לוחמי מגלן, 5 לוחמי דובדבן, ו-5 לוחמי אגוז) בזירות קרב שונות בנחל עוז, בכפר עזה ובכיסופים.
החזית הלבנונית
ב-9 באוקטובר 2023 פעלה יחידת אגוז של החטיבה בגזרת גבול לבנון. לאחר היתקלות עם מחבלים מארגון חזבאללה וחילופי אש, נהרג לוחם פלוגת המילואים של יחידת אגוז רס"ל גלעד מולכו.[10]
התמרון הקרקעי ברצועת עזה
עם תחילת התמרון הקרקעי ברצועת עזה, החלה יחידת מגלן לפעול כחלק מצוות הקרב של חטיבת הנח"ל, אשר נעה בין צפון הרצועה ושאטי. לאחר הפסקת האש, כל יחידות העילית של החטיבה (מגלן, אגוז ודובדבן) אוחדו תחת צוות קרב חטיבתי אחד ופעלו באזור ח'אן יונס. במהלך הקיץ 2024, חודש המאמץ המבצעי בציר נצרים. במהלך הלחימה במסגרת התמרון הקרקעי נהרגו בקרבות השונים כ-37 מלוחמי החטיבה (נכון לאוגוסט 2024).
יחידת מגלן היא יחידת קומנדו בצה"ל, המתמחה בהשמדת מטרות איכות בעומק שדה הקרב וביצירת מודיעין.[11] לוחמי היחידה נבחרים ממסיימי גיבוש סיירת מטכ"ל ושייטת 13 לאחר שעברו ראיון, ומן המתגייסים לחטיבת הצנחנים, העוברים גיבוש ממיין.
יחידת "דובדבן" היא יחידת קומנדו ולוחמה בטרור המתמחה בלוחמה זעירה תחת הסוואה חלקית או מלאה. עיקר פעילותה של היחידה היא: איסוף מודיעין בשטח בנוי, ביצוע מעצרים מורכבים או סיכול ממוקד של מבוקשים ומחבלים (פעילי טרור) בלב שטחים עוינים תוך שימוש ביכולות מתקדמות ומסווגות, כאשר חלק מהפעילות נעשית בצורה מסוערבת, כלומר הלוחמים מחופשים לעוברי-אורח ערבים.
יחידת אגוז היא יחידת קומנדו המתמחה בפעילות יבשתית מורכבת, ובמקור נועדה ללחום בטקטיקה של לוחמת גרילה נגד ארגון חזבאללה ברצועת הביטחון שבדרום לבנון. היא מתמחה בלחימה בכל תוואי: בשטח סבוך, בשדאות, הסוואה צבאית ועוד. ניסיונה הרב של היחידה בלחימה מול כוחות לא סדירים, במיוחד מול חזבאללה בדרום לבנון, השפיע רבות על תורות הלחימה של חטיבות החי"ר והיחידות המיוחדות בצה"ל. היחידה היא יחידה ניידת, הפועלת בכל מקום.
אחרי הטירונות של לוחמי חטיבת הקומנדו בבא"ח צנחנים (מגלן ודובדבן) או בבא"ח גולני (אגוז), הלוחמים עוברים את המשך ההכשרה בבית הספר לקומנדו – בא"ח עוז. בשנת 2018 החלה הקמת בית הספר, וב-18 ביולי 2019 בית הספר הפך למבצעי. ב-9 באוגוסט 2020 בית הספר עבר למשכן קבוע במתקן אדם, לאחר ששוכן זמנית בבית ליד.[12]
יחידת רפואה אווירית (יר"א) – יחידת סיוע המורכבת מעשרות רופאים, אחים ומטפלים במילואים המתמחים בנחיתה מהאוויר ופתיחת בית חולים ארעי בעומק שטח אויב באמצע שדה הקרב.[13]
על פי השבועון "במחנה" תג היחידה של חטיבת הקומנדו מלא בסמליות:
החץ הדו-כיווני מסמל הגעה מהיבשה ומהאוויר. במרכז התג מופיעה סכין קומנדו, המסמלת את ייעוד היחידה ואת פועלה, גם מן הים. החץ והסכין יחד יוצרים את האות ק', וששת פרקי הידית מסמלים את יחידות העלית בסדיר ובמילואים. צבעי התג הם שחור ולבן והם מסמלים את פעילות החטיבה ביום ובלילה, ואת העובדה כי הם לא משויכים לגזרה ספציפית. בתוך החץ מובלעת הציפור של אוגדת 98, ושני החצים והחלל בין החצים הוא מצנח.
סמל חטיבת הקומנדו בעל דמיון לסמל מפקדת העומק, משום שהקמת חטיבת הקומנדו השלימה את המהלך הכולל של שיפור ההפעלה ומיצוי היכולות של הכוחות המיוחדים בשגרה ובחירום, לאחר איחוד גדודי הסיור החטיבתיים, והקמת מפקדת העומק.
מעת הקמת החטיבה חבשו חיילי היחידות השונות בחטיבה את הכומתות של "חטיבות האם" מהם הגיעו (מגלן ודובדבן – כומתה אדומה, אגוז – כומתה חומה, רימון – כומתה סגולה). באפריל 2018, הוחלט כי צבע הכומתה של כלל יחידות החטיבה יוחלף לאדום, וזאת על מנת ליצור זהות אחידה לכל הלוחמים בחטיבת הקומנדו.[14]
כל חיילי החטיבה נועלים נעליים אדומות ועונדים את תג החטיבה.
המנון החטיבה
המנון הקומנדו נכתב על ידי איזי מן והולחן על ידי גדי גולדמן. ב-16 בינואר 2024 הוקלט ביצוע להמנון על ידי נועה קירל והלהקות הצבאיות.[15]
בנוסף לנשק קל מפעילות היחידות אמצעים מיוחדים בהתאם לייעודן.
מסלול הכשרה
מסלול לוחם בחטיבת הקומנדו אורך בין 14–16 חודשים ומתחיל בטירונות חיל רגלים בסיסית המתבצעת באחד בבסיסי האימון החטיבתיים. יחידת דובדבן ויחידת מגלן בבא"ח צנחנים שם גם יעברו קורס צניחה ויחידת אגוז בבא"ח גולני. משם ממשיכים לשלב טירונות יחידה שאורך כחודש ובו מודחים אחוזים גבוהים מהלוחמים. לאחר מכן עולים הלוחמים למתקן אדם בבית הספר לקומנדו למסלול הכשרה ייעודי שבו יעברו הלוחמים קורס ניווט, הסוואה, לוט"ר, מ"כים, קרב מגע, נהיגה, הפעלת מערכות נשק ייעודיות ועוד.