בצעירותו היה חבר ארגון "ההגנה", אך לאחר כשנה, בשנת 1931, פרש, יחד עם אחרים והצטרף לאצ"ל. תוך מספר שנים היה לחבר במפקדת הארגון ובשנת 1937, נסע לפולין שם היה פעיל בארגון תאי אצ"ל שהכשירו צעירים לחינוך ציוני, עלייה לארץ ישראל ואימונים צבאיים. כמו כן היה ממארגניה של עליית אף על פי. במהלך שהייתו באירופה החליף את שמו לפיטר ברגסון כדי לטשטש את קשריו למשפחת הרב קוק על מנת שלא לסבך את הרב עם שלטונות המנדט.[3]
ביולי 1940 נסע לארצות הברית לבקשתו של זאב ז'בוטינסקי. מטרת הנסיעה הייתה לעמוד שם בראש משלחת האצ"ל ולעזור לז'בוטינסקי לעורר דעת קהל למען הרעיון של הקמת צבא עברי. אחרי מותו של ז'בוטינסקי ועם היוודע ממדי ההשמדה של היהודים באירופה, הקים קוק ביחד עם עוד חברי המשלחת שכללו את ערי ז'בוטינסקי, שמואל מרלין, אריה בן-אליעזר, יצחק בן עמי ואלכסנדר הדני רפאלי, את "ועד החירום להצלת יהודי אירופה" (The Emergency Committee To Save the Jews of Europe).[4] בעקבות מסע הסברה גדול שכלל את המחזות "לעולם לא נמות" ו"דגל נולד" (שנכתבו על ידי בן הכט) והוצגו בארצות הברית בפני קהלים גדולים (העיקרי במדיסון סקוור גרדן, בפני כמאה אלף איש), עצומה עם כמיליון חתימות, תפילות ב-6,000 כנסיות למען גורל "אחינו" שבאירופה, ואף משלחת של 400 רבנים לבית הלבן במטרה לפגוש את הנשיא רוזוולט, במה שנודע כ"צעדת הרבנים", החליט הקונגרס על שני בתיו ב-9 בנובמבר1943 להגיש הצעת חוק להקים גוף ממשלתי שיעסוק בפליטים וממשל רוזוולט הקים, ב-22 בינואר 1944 את הוועד לענייני פליטים (War Refugee Board) - מועצה לטיפול בפליטי המלחמה, גוף שהציל כ-200 אלף יהודים.
במהלך שנותיו בארצות הברית השתנו השקפותיו של קוק. בתחילה היה אמון על התפישה הפרימורדיאלית של הציונות, שנבעה מהתנאים של יהדות מזרח אירופה, וראה בכל יהודי תבל כבני לאום אחד בכח; אך הוא הבין במהרה שהיהודים המקומיים הם ברובם המכריע אמריקנים בתפישתם העצמית, שיהדותם היא דת או מורשת אתנית ותו לאו. הוא החל לראות את תפקיד הציונות לא כתנועה הפונה לכל יהודי תבל, אלא כמאפשרת בחירה לאלו שלא נקלטו בארצותיהם, בין אם להצטרף לאומה עברית חדשה או להישאר על מכונם. התכנית המדינית שלו היוותה אלטרנטיבה לתוכנית בילטמור מ-1942 ושיקפה את תפישתו החדשה, גם בחשש עמוק מהפיכתה של המדינה העתידה לתאוקרטיה, עקב התלות במבחנים דתיים כדי להגדיר מיהו יהודי, ומהאשמת האזרחים היהודים במדינות העולם, בנאמנות כפולה. היא תמחק את המוסדות הדמוקרטיים והליברליים של המדינה ותגרום לאפליה של הציבור החילוני והלא-יהודי כאחד. הוא החל להפריד בין "עברים" (בני היישוב העברי בארץ ישראל והיהודים הנרדפים באירופה), להם נועדה התנועה הלאומית, לבין מי שדתו יהודית, בכל מקום. הוא תבע את המושג "פלסטין החופשית" ("Free Palestine"), המדינה תהיה בעלת מאפיינים שלטוניים שיבטיחו את האופי הדמוקרטי שלה. הוא קבע שפלסטין החופשית לא תהיה מדינה יהודית כפי שלא תהיה מדינה ערבית או מוסלמית, אלא מדינה חילונית שבה הפרדה מוחלטת בין דת למדינה. במדינה תחיה האומה העברית, שמורכבת מיהודים שבחרו להיות חלק מהלאום הישראלי ומאלה שניצלו מרדיפות, בניגוד ליהודי התפוצות שבחרו להישאר בארצות מוצאם, לצד התושבים הערבים שחיו בפלסטין תחת השלטון העות'מאני והמנדט הבריטי. על פי תוכניתו, שני העמים אמורים לחיות תחת אזרחות שוויונית, ללא עליונות של אף קבוצה אחת על השנייה. המדינה תשתרע בין הים התיכון לנהר הירדן. פלסטין החופשית, תהיה מדינה בעלת חוקה ברורה, שתבטיח את המוסדות הדמוקרטיים והליברליים של כל תושביה. הוא הזהיר מפני שתי סכנות עיקריות: הראשונה, גירוש האוכלוסייה הערבית והשנייה, הלאומיות הדתית של המדינה היהודית, שעם הזמן תחסל את אופייה הדמוקרטי. בשלב מסוים הארי טרומן, נשיא ארצות הברית ואנשי ממשל רבים תמכו בתוכניתו, אך הממסד הציוני התנגד לה והחרים אותו ואת שותפיו.[1]
הפילוסוף יוסף אגסי כתב שבשונה מהמוסדות הציוניים של א"י ושל יהדות ארצות הברית, קוק סבר כי יש להציל את יהודי אירופה, ללא כל תנאי מוקדם ואילו הם דרשו שהצלת יהודי אירופה תהיה מותנית בהעברתם לארץ־ישראל.[5]
ב-10 בדצמבר 47', כתב בניו יורק הראלד טריביון טור בו טבע את המונח "פוסט-ציונות": ”אנו בתנועת השחרור העברית מתנגדים למושג של 'אומה יהודית עולמית' השואפת באמצעות הסוכנות היהודית להטביע את התווית 'מדינה יהודית' על חלקי פלשתינה שלא עברו לערבים... ליבת תוכניתנו היא הפרדה חדה בין היהודים כדת והעברים כעם... איננו אנטי-ציונים, אנו פוסט-ציונים.” כעבור שבוע כתב בניו יורק פוסט: ”תהא אשר תהא משמעותה של המילה "עם יהודי", אי-אפשר להגדירו כישות פוליטית שיש לה מדינה... אנו מציעים להקים לא 'מדינה יהודית', אלא רפובליקה עברית שבה לנוצרים, מוסלמים ויהודים יהיה שוויון מלא.”[6]
ב-21 ביוני1948, בחוף כפר ויתקין, פרץ ויכוח קשה בינו לבין מנחם בגין. קוק צידד במסירת "אלטלנה" לידי צה"ל ואילו בגין התעקש שתישאר בידי האצ"ל. בגין עלה על הספינה שהמשיכה לתל אביב וקוק צעד רגלית לכביש 4. בדרכו לתל אביב נעצר על ידי מחסום צה"ל ונכלא לשלושה חודשים בכלא בית שאן כמו כל חברי האצ"ל ששמם נקשר לספינה. בעקבות מעצרו, הגיש אחיו את העתירה הראשונה שבה דן בית המשפט הגבוה לצדק של מדינת ישראל.[7]יחיעם ויץ סבור שהבאת אוניית הנשק "אלטלנה" הייתה קריאת תיגר על מנהיגותו של מנחם בגין, כשם שהייתה קריאת תיגר על מנהיגותו של בן-גוריון. לטענתו, הלל קוק עמד בראש האופוזיציה הפנימית לבגין בתנועת החרות, בעיקר בשאלת היחס למוסדות היישוב העברי. בעוד קוק נקט בגישה השוללת שיתוף פעולה של התנועה עם מוסדות היישוב, בגין תמך בהשתלבות התנועה במוסדות המדינה שזה עתה קמה.[8][9]
היה חבר הכנסת הראשונה מטעם תנועת החרות, אך פרש ממנה במעמד סיעת יחיד, עקב חילוקי דעות.
אביו, הרב דב בער הכהן קוק (אחיו של הרב קוק) שהיה תלמיד חכם ואיש חסד, כיהן כרב בעפולה וניהל את מכון הארי פישל לדרישת התלמוד; הוא אף פרסם בירורי הלכה בעילום שם.
הלל קוק היה נשוי לבטי, ולאחר פטירתה נישא לפסלת נילי קוק. בנותיו הן אסטרה טמקו, פסיכואנליטקנית שחייה בלונדון עם בעלה העיתונאי נד טמקו, ופרופ' בקי קוק מהמחלקה לפוליטיקה וממשל באוניברסיטת בן-גוריון בבאר שבע, שהייתה נשואה לפרופסור למדע המדינה גדעון דורון.
^להרחבה: Frank Jacob, Sebastian Kunze (עורכים), Jewish Radicalisms: Historical Perspectives on a Phenomenon of Global Modernity. ולטר דה גרויטר, 2019. עמ' 23-61.
^בג"ץ 1/48 (מחוזי תל אביב) ד"ר הרצל קוק נ' שר הביטחון של הממשלה הזמנית למדינת ישראל ואחרים