בתום לימודיו, חזר דרור לישראל והחל לעסוק בזהויות של החברה הישראלית. בסרטיו הראשונים, דרור ניסה לחקור ולהגדיר את חוויית הזהות של דור שני מזרחי. ביומנו האישי "פנטסיה שלי" (2000) המתרחש במפעל החנוכיות המשפחתי בין שתי מלחמות המפרץ, הוא מתעמת עם אביו, אסיר ציון שנכלא 5 שנים בעיראק והחליט למחוק את עברו[2]. ב"טקאסים" (1999) שצולם בקהיר וב"קפה נח" (1996) שצולם בשכונת התקווה, דרור חושף את מורשת המוזיקה הערבית הקלאסית שהביאו העולים מעיראק ומצרים. יחד עם העיסוק הקולנועי בתרבות וההיסטוריה היהודית-ערבית, דרור יצר סרטים שבמרכזן גיבורים מקצוותיה של החברה הישראלית. את חייה הביזאריים של אלופת חידוני רדיו תיעד בסרט "חולת רדיו" ששודר לראשונה בשידורי קשת. את סיפורם של שני מפוטרי מפעל טקסטיל בדימונה הביא בסרטו "שתי וערב" (1997). "אדום, שחור, כחולבן" (1998) הביא את סיפורה של להקת הפאנק-רוק-טראש Ausweis[3], ואת סצנת האמנות המבעבעת של עולים רוסים צעירים בשכונת פלורנטין.
הסכסוך הישראלי-פלסטיני החל להיכנס לעבודותיו של דוקי דרור ב-1998, אז יצר במשותף עם הבמאי הפלסטיני רשיד משהראווי את "Stress" – סרט דוקו-ניסיוני בשני חלקים המנסה להעביר את תחושת המתח מעתיד מבשר אלימות בשני הצדדים לסכסוך. בחלקו השני, "יום רגיל" דרור הציב מצלמה נסתרת שתיעדה את שיחותיו של נהג מונית ירושלמי עם נוסעים אקראיים שנאספו ביום אחד ונערכו במקביל לסיטואציות משיגרת יומו של כתב רדיו לענייני פלילים (חיים ריבלין). הפרויקט היה קופרודוקציה ישראלית-פלסטינית ראשונה, פרי יוזמה של ממשלת נורווגיה ומרכז פרס לשלום.
בשנת 2002 יצא סרטו "השכן של ישו" Raging Dove - המביא את סיפורו של אלוף העולם באיגרוףג'והר אבו לאשין. הסרט זכה בפרסים רבים, ביניהם הפרס הראשון בפסטיבל דוקאביב והפך לאחד הסרטים התיעודיים הישראלים הראשונים שזכו להפצה בינלאומית נרחבת[4]. ב-2003 יזם, כתב והפיק את הסרט "פארדיס גן עדן אבוד" סרטה הראשון של הבמאית אבתיסאם מראענה שזכה בפרס השני בדוקאביב. סרטו המשותף עם שלומי שיר "ימים עליזים, מר קורטיזון" (2004), הביא תיעוד אישי מטלטל של חולה סרטן הנאבק על חייו עד יומו האחרון. הסרט זכה, בין היתר, בפרס הקהל בפסטיבל הקולנוע התיעודי של סיאול EBS International Documentary Festival ובפרס גנדי בדוקומנטה של מדריד.
חוויית ההגירה, העקירה והזרות שניכרים ברוב סרטיו של דרור, קיבלו כיוון נוסף, כשמצלמתו תיעדה משוררת ישראלית צעירה ממוצא ווייטנאמי בשם ואן נויין. "המסע של ואן" (2005)[5] אשר פתח את פסטיבל הקולנוע התיעודי בסיאול[6], הביא את סיפורה של ואן ומשפחתה, שהגיעו לישראל בשנות השבעים כפליטים. הסרט השתתף בעשרות פסטיבלים, ביניהם פסטיבל ירושלים ופסטיבל אידפא. דמות ה"אחר" ניבטת גם בסרט "הלוך חזור" (2007) Side Walk, מעין קולאז' תיעודי המנסה להעביר את חוויית הילדות העוברת בדרך בין הבית לבית הספר[7]. הסרט הוקרן לראשונה בדוקאביב שם זכה בפרס הצילום. בסרט "מעבר לנהר" (2009) המשיך דרור לעסוק בדמות הגיבור-בעל-כורחו, משה רחמים, מראשוני העולים מאתיופיה, במאבקו נגד התפשטות מחלת האיידס בקהילה.
עם יציאת "מנדלסון, חזיונות בלתי פוסקים" (2011) דרור החל להביא לסרטיו גם דמויות היסטוריות[8]. הוא גילה את סיפורו של אחד מחשובי הארכיטקטורה המודרנית, האדריכל הגרמני-יהודי אריך מנדלסון, אותו עיבד לסרט בז'אנר מעורב[9]. הסרט זכה לפרסים שונים וביניהם, פרס סרט האמנות הטוב ביותר לשנת 2012 בפסטיבל FILAF בצרפת. על הסרט עבד דרור במשך שבע שנים והוא צולם בפולין, גרמניה, בריטניה, ישראל וארצות הברית.
ב-2013 שיתף דרור פעולה עם הבמאי חן שלח עם יצירת הסרט "פוטונובלה", על ילדותו של שלח בקיבוץ מזרע. דרור ערך את הסרט והשתתף בכתיבת התסריט. בסוף אותה שנה, יצא סרטו "צל בבגדד" (2013) העוקב אחר הקשר בין העיתונאית הישראלית לינדה מנוחין עבדל עזיז ועיתונאי עיראקי המנסה לסייע לה בחיפושה אחר אביה שנעלם בבגדד. הסרט הוקרן לראשונה בפסטיבל הסרטים חיפה[10] והיה בין הגורמים שהובילו לעניין ציבורי בסיפור היעלמותם של קהילות יהודי ערב. הסרט הוקרן גם בספריית הקונגרס האמריקאי בוושינגטון עם פתיחת תערוכת הארכיון היהודי-עיראקי בארכיון הלאומי של ארצות הברית.
שיתוף הפעולה של דרור עם חן שלח המשיך עם הסרט "האויבת שלי, השותפה שלי" (2014) אותו ביימו במשותף. הסרט מספר על שתי נשים, ישראלית ופלסטינית המחליטות שהדרך להגשמת עצמאותן היא הקמת עסק משותף. הסרט זכה בפרס הראשון לסרט תיעודי Golden Panda Award בפסטיבל הסרטים סצ'ואן בסין. שנתיים לאחר מכן, דרור הפיק וערך את סרטו של חן שלח "חזיר בארץ הקודש" (2016) על המאבק בין הזהות החילונית לבין הזהות הדתית, דרך סיפור תעשיית בשר החזיר בישראל. הסרט הוקרן לראשונה בפסטיבל הסרטים חיפה 2016.
על רקע עלייתו המטאורית של דונלד טראמפ והצהרותיו "לסגור את האינטרנט כדי למנוע פעילות ISIS"[11] יצא סרטו של דרור "אל תוך הרשת האפלה" (2016, במאי שותף: צחי שיף)[12]. באנלוגיה לספרו העתידני של ג'ורג' אורוול "1984", הסרט בוחן את המשמעויות מרחיקות הלכת של העדר פרטיות בתקופה בה חיי האזרחים חשופים לחלוטין לניצול של השלטון ושל תאגידי הענק. במקביל, הסרט מביא את התפתחותה של הרשת האפלה כפלטפורמה אנונימית אלטרנטיבית לאינטרנט הפתוח ואת המערכות המקבילות: הביטקוין והבלוקצ'יין - כלים טכנולוגיים מהפכניים אותם מובילים קריפטואנרכיסטים כמענה למערכות השלטון הקיימות. הסרט סוקר גם את סכנותיה של הרשת האפלה על שוקי הסמים, הנשק והפדופליה שפועלים בה, ואת דמותו של רוס אולבריכט שהורשע ונידון למאסר עולם על הפעלת אחד משוקי הסמים הגדולים ברשת האפלה Silk Road. הסרט הוקרן לראשונה בפסטיבל הקולנוע ירושלים 2016 משם המשיך לפסטיבלים רבים בעולם.
ב-2017 החל שידורה של סדרה דוקומנטרית בת ארבעה פרקים בשם "המוסד - סיפור כיסוי" בבימויו של דרור. הסדרה מבוססת על ראיונות עם ראשי ולוחמי המוסד בעבר וחושפת את האמת האישית מאחורי מיתוס המוסד, וההשפעה של פעולות המוסד על תפניות מדיניות והיסטוריות. הסדרה שהופקה עבור HOT8 נמכרה לנטפליקס ושם עלתה לשידור בפברואר 2019[13]. סרט המבוסס על הסדרה, בשם "Inside the Mossad", הופק ב-2018.
לאחר תחקיר וצילומים שארכו כשלוש שנים, עלתה במרץ 2022 ב"כאן 11" סדרת התעודה "נבואת קסנדרה" החושפת לראשונה את מאחורי הקלעים של המלחמה הכלכלית אותה ניהלו המוסד והמנהל לאכיפת סמים (DEA) נגד רשת הלבנת הכספים והסחר בסמים של חזבאללה ואיראן.
ב-2023 עלתה לשידור בכאן 11 הסדרה "מדורות השבטים" שיצר דרור חד עם נפתלי גליקסברג. הסדרה בת חמשת הפרקים סוקרת אירועים מכוננים שעברה החברה הישראלית בשלושים השנים האחרונות מנקודות מבט אישיות של אישים ישראלים, שנבחרו כנציגם של השבטים הישראלים השונים[15][16].
מיד לאחר הטבח של השבעה באוקטובר, דוקי דרור יזם, הפיק ויצר (יוצרים שותפים: יוסי בלוך ונועם פנחס) את הסרט זריחה שחורה המביא עדויות ראשונות מניצולי הטבח בפסטיבל המוזיקה. הסרט יצא כחודשיים לאחר האירוע, שודר בעשרות גופי שידור בעולם וזכה בפרס האקדמיה הגרמנית לטלוויזיה.
בספטמבר 2024 עלתה סדרה דוקומנטרית בת שישה פרקים "שבויים" שיצר יחד עם איתי לנדסברג.
דרור מתגורר בבנימינה, נשוי לגליה אנגלמאיר-דרור ואב לשניים.
