בליל שבת, 27 בדצמבר, חדרו שני מחבלים של ארגון הטרורהג'יהאד האסלאמי הפלסטיני, אחמד עייד פקיית ומוחמד מוסטאפה שהין, לתוך היישוב עתניאל. הם חדרו לתוך היישוב דרך העמק שבין ההתנחלות והעיר הפלסטינית דאהרייה.[4] השניים התחזו לחיילים ישראלים והצטיידו באפודי קרב, רובי M-16 ורימוני יד. שני המחבלים חתכו את הגדר הרעועה שהוקמה סביב בניין הישיבה, ולאחר מכן, בסביבות השעה 19:45 בערב, התגנבו לתוך הבניין דרך הדלת האחורית של מטבח הישיבה.
באותה שעה היו בישיבה כ-100 אורחים ותלמידים, שהיו לאחר תפילת שבת והיו בחדר האוכל בהכנות לסעודת ליל שבת.[1] המחבלים פתחו באש כלפי ארבעה תלמידים שהיו במטבח, בתורנות: הארבעה כללו שלושה מתלמידי הישיבה - גבריאל חוטר, צביקה זימן, ויהודה במברגר, וסמל ראשוןנעם אפטר, בוגר הישיבה, אשר היה בחופשה ללא תשלום מצה"ל, וכיהן כאחראי על תורני המטבח בישיבה.
עם פתיחת המחבלים באש פעלו הארבעה במהירות והצליחו לנעול מבפנים את דלת ההזזה אשר חיברה בין המטבח לחדר האוכל. בכך למעשה כלאו את עצמם, יחד עם המחבלים, בתוך המטבח והצליחו למנוע מהמחבלים לחדור לחדר האוכל ההומה, וכך הצילו את חייהם של רבים מתלמידי הישיבה האורחת והצוות שלהם על משפחותיהם. נעילת הדלת עלתה לארבעה בחייהם והם נורו מיד לאחר נעילת הדלת. נעם אפטר, שהיה חמוש, לא הספיק לשלוף את נשקו האישי לפני שנרצח.[5] לאחר שהמחבלים הבחינו כי לא יצליחו לחדור לחדר האוכל פתחו באש על יושביו דרך חלונות המטבח. מספר תלמידים אשר נשאו נשק השיבו אש. בו בזמן הוזעקו למקום לוחמים מגדוד לביא, אשר היה אחראי על הגזרה, ואלה פתחו באש על המחבלים. אחד משני המחבלים ניהל קרב יריות במשך כחצי שעה עם הלוחמים עד שנהרג, בעוד המחבל השני ברח מהמטבח דרך אחד החלונות. לאחר מרדף אחריו, שבמהלכו הצליח לפצוע חלק מן החיילים, הרגו החיילים גם אותו.
בעקבות הפיגוע
זמן קצר לאחר הפיגוע נטל הג'יהאד האסלאמי אחריות לפיגוע. מנהיג הארגון, רמדאן עבדאללה שלאח, מסר במהלך שיחת טלפון עם כתב רשת הטלוויזיה אל ג'זירה, כי הפיגוע בוצע בתגובה לחיסולו של פעיל הארגון בידי כוחות צה"ל יום קודם.[3][6][2]
שעות ספורות לאחר הפיגוע חייב הרב ראם הכהן, ראש הישיבה, את כל התלמידים, ללא יוצא מן הכלל להתקשר אל ההורים ולהודיע להם שהם בסדר, על אף שנכנסה שבת. הרב הכהן הסביר זאת מאחר שחשש כי ההורים עלולים להשתגע מדאגה ואף להתאבד.
בתגובה לפיגוע, הכריזו כוחות צה"ל על עוצר כולל בחברון ובשלושה יישובים סמוכים. ב-30 בדצמבר 2002, נכנס כוח צה"ל לעיר דורא, מקום מגוריהם של שני המחבלים אשר ביצעו את הפיגוע, והרס את בתיהם.[7]
בעקבות הפיגוע נערך פולמוס מתוקשר על דרך השמירה בישיבה.[8] על מסכת חייהם של ארבעת הבחורים שנרצחו בפיגוע נעשה סרט תיעודי בשם 'על ארבעה בנים' (במאי: אשר בן-שושן, בהפקת הערוץ הראשון), נכתבו מאמרי זיכרון ומנגינה הוקדשה לזכרם.[1]
^ 12במסגרת מבצע "טאטוא" רחב היקף של צה"ל ביהודה ושומרון בו נהרגו על פי העיתונות הערבית, שבעה או תשעה מחבלים, ביניהם מחבל שנעצר, שוחרר בעסקת ג'יבריל, ונהרג בעת שירה על מנת להרוג נגד חיילי צה"ל. (ראו: חליל חמזה אבו רוב, במאמר 80% מהמחבלים המשוחררים חזרו לפעילות טרור - אתר חב"ד, בשם ארגון אלמגור)
^יומיים קודם ישראל חיסלה פעיל ארגון חבלה בעזה, ויום קודם לכן בפעולה רחבת היקף של צה"ל ביו"ש העיתונות הערבית דווחה על שבעה או תשעה הרוגים. (לפי כתבה באל-גאזירה)