המערכה הצרפתית במצרים ובארץ ישראל התנהלה בשנים 1798–1801 ובמסגרתה נערך מסע נפוליאון בארץ ישראל. בתחילה הגיע נפוליאון למצרים, ולאחר מכן נע צפונה, כבש את יפו וחיפה, והטיל מצור על עכו. נפוליאון ניצח במספר קרבות, בהם קרב תבור, אך משנכשל במצור על עכו, שב למצרים יחד עם חייליו, ולבסוף שב לצרפת מאחר שהוקמה הקואליציה האנטי צרפתית השנייה של מעצמות אירופה נגד צרפת.
מסע מלחמה מזורז זה לא גרם לשינוי מיידי במצבה של הארץ או במצב יושביה. צבאו של נפוליאון עבר בארץ, וחזר על עקבותיו. בראייה היסטורית רחבה ניתן לראות במסע מלחמה זה מעין זרקור, שהאיר להרף עין את הארץ הנידחת, שבעבר הייתה מרכז רוחני ותרבותי עולמי, אך זה מאות שנים הייתה אך פחווה בקצה האימפריה העות'מאנית. הרוח החדשה אשר הביא עמו נפוליאון אל הארץ, כשם שהביא לכל מקום אליו הגיע במסעותיו, סייעה לקדם את הארץ אל עבר העידן המודרני. העניין שהיא עוררה במערב בנעשה בארץ בישר את תחילת ההתערבות האירופית, ששיאה יהיה בכיבוש הארץ לאחר למעלה ממאה שנים על ידי בריטניה במלחמת העולם הראשונה. מסע המלחמה אף הביא את נפוליאון להכרה בצורך במתן שוויון אזרחי ליהודים, ולמפנה במצבם של היהודים באירופה[דרושה הבהרה], לקראת אמנציפציה.
רקע היסטורי
המצב בצרפת
צרפת של שנת 1798 טרם סיימה את עידן המלחמות המהפכניות. הקואליציה האנטי-צרפתית הראשונה שהוקמה נגדה בידי פרוסיה, אוסטריה, בריטניה, ספרד וממלכת סרדיניה אמנם התפרקה לאחר שחלק מן המדינות כרתו חוזי שלום עם המשטר המהפכני החדש וחלקן הובסו על ידי נפוליאון במסעו המהולל באיטליה, אך בריטניה נותרה לבדה במערכה מול צרפת כשהיא עיקשת ומסרבת להיכנע. בריטניה "השליטה בימים" עמדה מול צרפת, אשר ניצחונותיה ובריתותיה הבטיחו את קיום המשטר המהפכני. צרפת המהפכנית משלה באירופה המערבית, רגלה האחת נטועה בים התיכון ורגלה השנייה באוקיינוס האטלנטי ועורפה מובטח על ידי רשת של בריתות חשאיות והסכמים גלויים. האימפריה הבריטית הייתה היעד הבא של החיילים הצרפתים.
מבית, היה המצב שונה. שלטונו של הדירקטורט היה שלטון כושל ובלתי אהוד. שורה של הפיכות ותמרונים פרלמנטריים ליוו משבר כלכלי. בשנת 1797 פיזר הדירקטורט את הפרלמנט, שכן הרוב שנבחר בו היה מלוכני, ומאז אירוע זה (שנקרא "הפיכת פרוקטידור" על שם החודש בלוח הצרפתי בו אירע) איבד את ההצדקה החוקית לקיומו ונשען על כוח הזרוע. במאי 1798 ביטל הדירקטורט שוב את תוצאות הבחירות, ב"הפיכת פלוריאל". אל מול אוזלת היד וחוסר הפופולריות של מנהיגי הדירקטורט, צמח ועלה משורות הצבא נפוליאון בונפרטה.
מסע מלחמה כנגד בריטניה בראשות נפוליאון היה צו השעה. היה צורך ממשי לשבור את ההתנגדות הבריטית, וצורך פוליטי להרחיק מצרפת את הגנרל הפופולרי. בדמיונו ה15:24, 17 בדצמבר 2024 (IST)~ ראה עצמו נפוליאון כ"קיסר המזרח". האיים הבריטיים עצמם היוו מטרה קשה ומסוכנת. האפשרות הטובה הייתה לכבוש את מצרים ומשם להמשיך הלאה, דרך ארץ ישראל אל עבר המושבות הבריטיות העשירות בדרך המובילה אל הודו, "היהלום שבכתר"[דרוש מקור][דרושה הבהרה].
נפוליאון
בשנת 1798 היה נפוליאון בונפרטה בן עשרים ותשע שנים. בוואקום השלטוני שפקד את צרפת לאחר שלטון הטרור בשלהי המהפכה הצרפתית דרך כוכבו של הקורסיקני הצעיר. אך שנתיים לפני כן, בשנת 1796, קיבל את הפיקוד על צבאות צרפת באיטליה, ובמערכה שנמשכה שנתיים הביס את האוסטרים, וכפה על הקיסרות האוסטרית תנאי שלום משפילים. נאומו של נפוליאון אל חייליו באיטליה נודע בכל צרפת: "חיילים, מזונכם דל והינכם עירומים. הממשלה חייבת לכם הרבה ואינה מסוגלת להעניק לכם דבר... אני אנהיג אתכם אל העמקים הפוריים בעולם... שם תמצאו תהילה, כבוד ועושר".
המהפכה הצרפתית סימנה בבירור כי הגיע הקץ לשלטון המבוסס על מוצא משפחתי, שלטון הניתן למעטים בלבד בשל נסיבות הולדתם. נפוליאון, בנו של נוטריון קורסיקני, הבין את משמעות האירועים במידה שמעטים הצליחו להבינם באותה התקופה. תקופת המלחמות של המאה ה-18, שבהן לחמו צבאות של שכירי חרב במערכים מסורבלים וקבועים מראש, פינתה את מקומה למלחמות המוניות של צבאות המבוססים על גיוס סדיר. נפוליאון היה מהיר קליטה ומהיר בהסקת מסקנות. בשנים הבאות יביא את השליטה בצבאות המוניים אלו לכלל אומנות, ועמם יגיע לשלטון העליון ביבשת אירופה כולה כמעט. כבר עתה ניכרה מיומנותו בשדה הקרב, כמו גם מיומנותו בשליטה בהמון ובמשחק ברגשות חייליו. מעל לכל היה נפוליאון מינהלן מחונן ויוצא דופן.
האנשים שיצאו עם נפוליאון לשדה הקרב, כז'אן-בטיסט קלבר, ז'אן לאן, ורנייה היו אף הם יוצאי דופן בתחומם. לאן היה בן גילו של נפוליאון, בעוד שרנייה היה בן עשרים ושבע. גנרלים ומפקדי דיוויזיות אלו התבגרו אל שנות המהפכה, ומזה שנים לחמו בכל קצווי אירופה על מנת לשמור על הישגיה. (קלבר היה מעט יוצא דופן בחבורה זו, שכן היה מבוגר בשנים מספר, ואף ראה עצמו כשווה ערך לנפוליאון, בשלב זה של הקריירה של שני האישים. כן נעזר נפוליאון בניסיונו של לואי-אלכסנדר ברתייה, שהיה בן 46 בעת הפלישה למצרים). נפוליאון הצליח להשיג את נאמנותם, ואף את הקרבתם האישית. חזונו של נפוליאון היה חזון של הישגים אישיים, כמו גם של הפצת ערכי המהפכה. אין זה מקרי שכאשר תיקרה לידיו ההזדמנות, יעזוב את חייליו בארץ זרה, כשהם מוכים בדבר וללא יכולת לשוב לארצם, על מנת לתפוס את השלטון העליון במדינה.
המצב בארץ ישראל
הכניסה למסגד אל ג'זאר בעכו, מתרומותיו הבולטות של אחמד אל ג'זאר לנופה של ארץ ישראל
בתהליך היסטורי שנמשך מאות שנים הפכה האימפריה החזקה לשעבר ל"איש החולה של אירופה". היחלשות השלטון המרכזי גרמה ליצירת מעמד של מושלים מקומיים, בעלי קשר רופף אל השלטון המרכזי, אשר שלטו בכוח הזרוע או בכוחם של חיילים זרים שהובאו מכל קצות האימפריה. השלטון המרכזי בצפון ארץ ישראל אמור היה להיות מדמשק, כאשר מושל דמשק הוא האחראי בפני השלטון המרכזי בקונסטנטינופול, וממנה מושלים מקומיים, שמקום מושבם היה בדרך כלל בצידון. עם זאת, מדי פעם סכסוכים בין "אפנדים" מקומיים היו מעלים אמיר מקומי, שהיה שולט, תוך מידה זו או אחרת של כפיפות לשלטון המרכזי, עד שהיה נופל בידי שליט חזק ממנו. בין שנות הארבעים לשנות השבעים של המאה ה-18 שלט בארץ השליט הבדואי דאהר אל עומר אשר החזיק בתואר "גובה המיסים של פחת צידון". תואר זה היה חסר משמעות. דאהר אל עומר היה שליט חזק ועצמאי, ואף פנה כנגד השלטון המרכזי מספר פעמים. בשנת 1775 משנוצרה ההזדמנות להדיחו, הודח דאהר ובמקומו הושם פחת צידון, אחמד אל ג'זאר, אשר קבע את מושבו בעכו וממנה שלט שלטון נוקשה ואכזרי בחלקים נרחבים מן הארץ, כשלצידו יועצו היהודי, חיים פרחי. שלטונו של אל ג'זאר היה אוטונומי כמעט, אך שלא כדאהר, שמר אל ג'זאר על נאמנות למשטרו של הסולטאן.
המצב במצרים
מצרים הייתה שרויה בחוסר שקט ובחוסר נאמנות לשלטון העות'מאני המרכזי מזה שנים מספר. מרידתו של סולטאן מקומי בשם עלי ביי אל-כביר בשנת 1768 דוכאה בכוח הזרוע, אך השלטון המרכזי לא הצליח להשליט את מרותו. בשנת 1775 כבש כוח של השלטון המרכזי (אשר כונה "השער הנשגב") את קהיר, ומינה את איסמעיל ביי ל"שייח' אל בלד" מטעם השלטון המרכזי. בינואר 1791 מתו איסמעיל ביי ומשפחתו במגפה, ובשל הצורך בשליטים בעלי יכולת, נקראו שניים מן המורדים במלכות לשעבר, אשר מצאו מקלט במצרים עילית, איברהים ביי ומוראד ביי לשלוט במדינה בצוותא, האחד כ"שייח אל בלאד" והשני כ"אמיר אל חאג'". שלטונם המשותף לא היה כפוף לשלטון השער הנשגב, והם נחשבים לממלוכים, מעמד של חיילים עבדים אשר מעת לעת היה לוקח את השלטון לידיו בחלקי האימפריה העות'מאנית. הממלוכים שלטו במצרים במשך תקופות ארוכות, הן לפני הכיבוש על ידי האימפריה העות'מאנית והן לאחריה, והיו בעיקרם זרים לאוכלוסייה המקומית, ולרוב שנואים עליה.
מאחר שהסולטאן העות'מאני לא היה מצוי במלחמה עם צרפת, הכריז נפוליאון כי מטרת פלישתו היא להחזיר את שלטונו של "השער" ולדכא את הממלוכים. הכרזה זו הודפסה בערבית, ובה הכריז נפוליאון כי הוא נאמן לנביא מוחמד ולקוראן יותר ממה שהממלוכים נאמנים להם. כן הצהיר כי כל האנשים שווים, וכי בעתיד כל המשרות במצרים תהיינה פתוחות לבני כל המעמדות, אשר יוכיחו כישרון וידע. נפוליאון לא נועץ בסולטאן עצמו, אשר את שלטונו רצה, כביכול, לחזק, ואחת מן המטרות המונחות בבסיס המסע הייתה לנגוס נתח משמעותי מן האימפריה העות'מאנית, אשר כבר בסוף המאה ה-18 נראתה כשלטון שימיו קצובים.
המסע למצרים
אניית הדגל של הצי הצרפתי "האוריינט" עולה באש במהלך קרב הנילוס, שאחריו מצא עצמו נפוליאון לכוד במזרח התיכון ללא יכולת להשיב את חייליו הביתהמשלחת החוקרים במצרים בניצוח נפוליאון
ב־19 במאי1798 יצא נפוליאון לדרכו. אניותיו הפליגו מנמל טולון כשהן נושאות עמן כשלושים וחמישה אלף חיילים. בצאתו לדרך היה משום הימור, שכן הצי הבריטי, בפיקודו של הוריישיו נלסון, שם לו למטרה את אניות המסע ואת כוח הפלישה של נפוליאון בים התיכון עוד בטרם יגיעו ליעדן. צי הפלישה יצא לדרכו כשהוא חומק מאוניותיו של נלסון. על מנת שתהיה לפלישה נקודת ביניים לציוד ולאספקה, נכבש האי מלטה ב־9 ביוני, וב־30 ביוני עגן הצי בנמל אלכסנדריה. אלכסנדריה נפלה בידי נפוליאון, ומשם הוא המשיך במסע יבשתי מהיר אל עבר קהיר.
ב־21 ביולי1798 נתקלו כוחותיו של נפוליאון בכוחותיהם של איברהים ביי ומוראד ביי כשישה קילומטר מקהיר. הכוחות הממלוכים נשענו בעיקר על חיל פרשים, ענף צבאי שבו הצטיינו הממלוכים במצרים. הכוח הממלוכי היה גדול במספר חייליו מצבאו של נפוליאון, אם כי מספרם המדויק אינו ברור. מוראד התבצר בפרבר אמבבה של קהיר, בעוד שאיברהים פרס את חייליו בשטח הפתוח.
לנפוליאון כמעט ולא היו פרשים, ויחס הכוחות בקרב שהתפתח היה כ-2 או 3 ל-1 לטובת הממלוכים. על מנת להדוף את הפרשים הממלוכים, סידר נפוליאון את צבאו בריבועיםדיוויזיוניים, מערך אשר נטרל את יתרונם המספרי של הממלוכים וניצל עד תום את יתרונם האיכותי של חיילי הרגלים הצרפתים על אלו הממלוכים. ההתקפות החוזרות ונשנות של הממלוכים נשברו על כידוני החיילים הצרפתים, ומכשנכשלו למוטט את הריבועים הם נסוגו משדה הקרב תוך אבדות כבדות. לאחר כישלון ההתקפות הממלוכיות הסתערו אנשי נפוליאון על הפרבר אמבבה, והשמידו את הכוחות הממלוכים שהתבצרו בו. מוראד ביי פנה דרומה אל מצרים העליונה והמשיך להילחם שם נגד חיילי נפוליאון, ואילו איברהים ביי נמלט אל סיני ומשם לאזור רצועת עזה של היום.
הישגו של נפוליאון הפך עד מהרה לאסון, כאשר בסוף חודש יולי גילה נלסון, לאחר חיפוש של חודשיים, את צי הפלישה הצרפתי עוגן במפרץ אבו קיר. בקרב שהתחולל ב־1 באוגוסט1798 השמיד נלסון את הצי הצרפתי.
נפוליאון ואנשיו היו עתה ללא כל יכולת לחזור ממצרים לצרפת, או לקבל אספקה מצרפת. הם היו חיל כיבוש בארץ זרה, ומנותקים לחלוטין מן המקום ממנו באו.
אל צי הפלישה התלוו כמאה מדענים, חוקרים, אנשי צבא ואומנים. תרומתם לחקר התרבויות והגאוגרפיה של המקומות שאליהם פלש נפוליאון האפילה על ההישגים הצבאיים של המבצע הכושל, ולתוצאותיה הייתה השפעה נרחבת בהרבה מההיבט הצבאי. בין תוצאות אלו ניתן למנות את פיענוח כתב החרטומים לאחר גילוי אבן רוזטה, וכן את מיפוי המפות המדויקות הראשונות על ידי הכרטוגרף פייר ז'אקוטן, שעמד בדרגת קולונל בראש צוות של מודדים ומהנדסים והשתמש באמצעים כרטוגרפיים מודרניים ובכלי מדידה בטכנולוגיה של המאה ה-19.
ההחלטה לכבוש את ארץ ישראל
לאחר קרב הנילוס היו נפוליאון וחייליו מבודדים. נפוליאון לא השכיל לקרב אליו את האוכלוסייה המקומית. הדיבורים על "התאסלמותו" כביכול, והכרוזים שהפיץ היו מחוות ריקות מתוכן. אומנם שלטון הממלוכים היה שנוא על העם המצרי, ששמח בתחילה מתבוסת איברהים ביי ומוראד ביי, ואף בזז את בתיהם, אך השליט הזר התגלה כשנוא עליהם אף יותר מן הממלוכים. בתחילה נערכו ניסיונות ליצור מועצות שלטוניות מקומיות, שבהן ניתן ייצוג לאוכלוסייה המקומית על כל גווניה, השייח'ים, הממלוכים, ונציגות צרפתית, אך אלו הסתברו כפורומים שמטרתם לרשום את הוראות הנציב הצרפתי המקומי שקיבל סמכויות דיקטטוריות.
אובדן הצי הצרפתי והשמועות על ברית חשאית בין הסולטאן ובין בריטניה, כמו גם פעולותיו של מוראד ביי, שהמשיך בלחץ צבאי כנגד הצרפתים במצרים העליונה, עודדו מאוד את מתנגדי נפוליאון במצרים, וניפצו את האגדה כי הכובשים הם בלתי מנוצחים. מרידה בקהיר ב־22 באוקטובר1798 שדוכאה בכוח הזרוע, סיימה למעשה את העמדת הפנים של שיתוף הפעולה עם האוכלוסייה המצרית המקומית. הפגיעה במהלך הפעולה לדיכוי המרד במסגד אל-אזהר, היוותה עלבון קשה.
השמועות בדבר הברית בין הסולטאן והבריטים התגברו. ראש ממשלת בריטניהויליאם פיט הבן מעולם לא הניח את נשקו כנגד צרפת. גם לאחר שמדינות כאוסטריה חתמו על הסכמי שלום נפרדים עם צרפת, המשיכה בריטניה במאמצים דיפלומטיים על מנת להמשיך את המאבק כנגד מה שנראה כשליטה צרפתית ביבשת אירופה. בדצמבר 1798 נראה היה כי מאמצים אלו נושאים פרי, וכי קואליציה נוספת נוצרה כנגד צרפת ביבשת. אנגליה, רוסיה, אוסטריה וממלכת נאפולי הכריזו על מלחמה נגד הרפובליקה הצרפתית, והפעם הצטרפה אליהם אף האימפריה העות'מאנית, שמצרים הייתה אמורה להיות חלק משטחה. גם כאן באה אל סופה העמדת הפנים של נפוליאון, כאילו נועד מסע הכיבוש להשליט את השליט החוקי העות'מאני במצרים. הנאמנות המוזרה שנדרשה מתושבי מצרים במהלך החודשים הראשונים לפלישה - נאמנות לנפוליאון ולסולטאן כאחד, הוכחה כבלתי אפשרית.
נפוליאון העריך בשלב זה כי הפעולה נגדו תיערך בתנועת מלקחיים - נחיתה בריטית בחופי מצרים שתסתייע בתנועת חיילים שיגיעו דרך ארץ ישראל וסיני. נפוליאון העריך כי הנחיתה הבריטית אינה אפשרית בחודשי החורף. לפיכך העדיף להקדים, ולהשמיד את זרוע המלקחיים הימנית, בכך שיתפוס את ארץ ישראל וסוריה וימנע בכך כל תנועה של כוחות צבא ואספקה בריטיים דרכן אל מצרים. לכל זאת יש להוסיף את הצורך הצבאי שנוצר להשמיד את כוחותיו הנותרים של איברהים ביי, שמצאו מקלט באל עריש וברצועת עזה, ואת כוחותיו של אחמד אל ג'זאר, פחת צידון, היושב בעכו והנאמן לסולטאן, אשר היוו אף הם איום שיש להתחשב בו.
ההכנה למסע נערכה בדקדקנות במשך חודשים. בין היתר ערך נפוליאון מסע אישי לסיני על מנת לבחון את תנאי השטח. במהלך חציית ים סוף מדרום לעיר סואץ כמעט וטבע, שכן חצה את הים בשעות הבוקר בזמן השפל וניסה לחצות בחזרה בשעות הלילה, במקום אחר, בשעת הגאות. בימיו האחרונים באי סנט הלנה נזכר נפוליאון באירוע, וטען כי באותו היום היה בסכנה הגדולה ביותר בחייו, וכמעט שסיים את חייו באותה צורה שבה סיים פרעה את חייו, דבר שהיה נותן למטיפים הנוצרים חומר תעמולתי נגדו במשך הדורות הבאים. באותם ימים החל בתכנון מעשי ראשון של חפירת תעלת סואץ, שהושלמה בסופו של דבר בידי הצרפתי פרדיננד דה לספס, כמה עשרות שנים לאחר מכן.
כשל מודיעיני גרם לכך שהכוח לא היה מודע לחוזקה של מצודת אל-עריש, ולכוחם של המחזיקים בה. תותחי המצור הכבדים, שיכולים היו להכריע את המצור באופן מהיר, נשלחו בדרך הים אל עכו, בהנחה שייאספו בנמל עכו כאשר זו תיפול בידי נפוליאון בהמשך המסע, וכי גרירתם דרך חולות המדבר לאל-עריש אך תעכב את המסע המסובך גם כך מבחינה לוגיסטית.
כאשר הגיע רנייה לאל-עריש ב־8 בפברואר1799 מצא כי המדובר במצודה חזקה, המוחזקת על ידי כוח של כ-1,500 חיילים, רובם פרשים ממוצא אלבני וכן חיילים מן המגרב (מרוקו). כן נמצאו במקום כמה משרידי כוחו של איברהים ביי, אשר מצאו במקום מפלט לאחר התבוסה בקרב הפירמידות.
ההתנגדות במבצר הייתה עזה ביותר. הכפר אל-עריש נפל אומנם (לאחר לחימה קשה מבית לבית), אולם המצודה, ועימה מקורות המים היקרים כל כך לצבא האלפים הצועד במדבר, החזיקה מעמד. כבר בשלב זה נשקפה סכנה לכוח הפולש, שכן תכנונו של המסע על ידי נפוליאון הסתמך על תפיסת אל-עריש בידי כוח החלוץ, כדי שתשמש בסיס אספקה לכוחות העתידים לבוא.
לאחר מצור בן אחד-עשר ימים, אשר כלל עימות עם חלק מחיילי חיל המצב של המצודה שנותרו מחוץ למצודה לאחר תחילת המצור, ואיימו על כוח הצר, ולאחר ששאר שלוש הדיוויזיות הגיעו וצרו על המצודה, נפלה אל-עריש לידיו של קלבר ב־19 בפברואר1799. נפוליאון שחרר את רוב חיילי המצודה והשביע אותם כי ירוצו ישירות עד בגדאד ולא יילחמו בו שוב לעולם. במסעו צפונה יפגוש שוב רבים מהם, שכן רובם הצטרפו מיד לחילות אל ג'זאר בעזה וביפו.
קרב אל-עריש היה ראשון המכשולים במה שתוכנן להיות מלחמת בזק. נפוליאון תכנן את המסע כולו (ואף ביצע אותו) לשלושה חודשים לערך. העיכוב בן אחד-עשר הימים בתוכניות שנגרם עקב המצור על אל-עריש, היה רק תחילתם של השיבושים במסע המתוכנן.
ב-23 בפברואר חדר נפוליאון לארץ ישראל ליד רפיח, במקום שבו נקבע גבולה של הארץ מאה שנה מאוחר יותר, אם כי באותה תקופה לא היה למיקום הזה משמעות מיוחדת או הבחנה ברורה בין שנמצא ממערב וממזרח לו.
כיבוש עזה ורמלה
נפוליאון המשיך בדרכו צפונה ממדבר סיני לאחר חציית הגבול ברפיח. ב־24 בפברואר1799 כבש את עזה לאחר קרב קצר, וב-1 במרץ חנה נפוליאון ברמלה אשר נכבשה ללא התנגדות, וישן שם במנזר הקתולי. עד היום מראים הנזירים את החדר שבו ישן נפוליאון.
מזכירו האישי של נפוליאון, בוריין, מספר בזכרונותיו על ההתלבטות שעמדה בפני נפוליאון לאן להמשיך מרמלה, צפונה אל נמלי יפו ועכו או לחדור לפנים הארץ, לכיוון ירושלים דרך מעברי ההרים. משהציע בוריין לנפוליאון כי ישים פעמיו לירושלים, אמר לו נפוליאון "או לא. ירושלים אינה בקו המבצעים שלי. איני חפץ להיות מוטרד בידי אנשי ההרים בדרכים משובשות, ובצד השני של הדרך להיות מותקף בידי נחילי פרשים".
שיקול זה הוא שיקול הגיוני, בהתחשב בעובדה כי מטרת מסעו של נפוליאון הייתה מלכתחילה חסימת דרכו של הצבא העות'מאני מצפון, ולשם כך היה עליו לתפוס את המעברים בצפון הארץ, וכן את נמלי הים ביפו ובעכו. ירושלים אינה נחוצה לצורך זה. נפוליאון הסתפק במשלוח מכתב לתושבי ירושלים לפיו לא יפגע בהם לרעה אם לא יפעלו נגדו. מכתב זה לא נענה.
מרמלה המשיך נפוליאון צפונה לאזור יפו, ומעולם לא היה בירושלים. מסתבר כי האגדות הכורכות את שמו של נפוליאון עם ירושלים הן אך בדיה, כמו האגדה כי מעל יד אבשלום התנוססה דמות יד, שנפוליאון פגע בה ביריית תותח, משום שכעס על אבשלום על שמרד באביו דוד.
בעת שהותו של נפוליאון ברמלה, בטרם פנה אל יפו, נפוצה שמועה כי פניו מועדות לירושלים. יהודי העיר השתתפו בעבודות ביצור העיר, ואף קיבלו רשות מרב העיר, משה יוסף מרדכי מיוחס, לעבוד ביום השבת. לעובדה זו ישנה חשיבות לנוכח ניסיונותיו של נפוליאון לאחר מכן להטות את לבם של היהודים כלפיו בהבטחות לגאולה לאומית.
בוריין מציין בזכרונותיו כי על אף שבני דורו של נפוליאון כוולטר סקוט טענו כי מטרת מסעו של נפוליאון הייתה הכתרתו של "קצין התותחנים הקטן" כ"מלך ירושלים", אין הדבר כך, וכי חלומותיו של נפוליאון היו נשגבים בהרבה.
נפוליאון וצבאו הגיעו אל יפו, אחד מיעדיו הראשיים, ב-3 במרץ1799. יפו הייתה עיר נמל מבוצרת, ובמשך ארבעה ימים החזיקו חומות העיר מעמד אל מול תותחי נפוליאון, וביום הרביעי, ב־7 במרץ, הצליחו אנשי נפוליאון לבקע את החומה ולפרוץ אל העיר.
החיילים המתוסכלים, אשר המצעד דרך המדבר ותלאות הדרך, כמו גם מגפת הדבר החלו נותנים בהם את אותותיהם, השתוללו ברחובות יפו תוך שהם הורגים את כל הנקרה בדרכם - יהודים, מוסלמים ונוצרים. אלפי תושבים תמימים נהרגו בידי החיילים, ורכוש רב נבזז.
בה בעת התבצרו אלפים מחיל המצב העות'מאני, בפיקודו של אגא אחמד עבדאללה, במתחם מבוצר בראש "גבעת יפו". שני שליחים צרפתים נשלחו על מנת לנהל משא ומתן עם המתבצרים: אז'ן דה בוארנה (בנה של ז'וזפין, אשתו של נפוליאון) וקרוסייה. המתבצרים איימו כי אם לא תתאפשר כניעתם ויובטח להם כי חייהם יינצלו, יירו על השלישים שבאו לנהל עמם משא ומתן, ויגנו על מתחמם המבוצר עד האיש האחרון. השלישים קיבלו את כניעתם.
נפוליאון, עם זאת, לא ראה את כניעת המשמר בעין יפה. ישנם נתונים סותרים באשר למספר הנכנעים באירוע זה, אך הוא עומד על בין 2,000 ל-4,000 נפשות. לאחר שהשבויים הוחזקו כשהם כפותים בחצר במשך שלושה ימים, הורה נפוליאון על רציחתם, בתירוץ כי רבים מהם היו בין אלו ששוחררו באל עריש ונשבעו שלא לשוב ולהילחם בנפוליאון. כפי הנראה השיקול שעמד מאחורי הרצח היה הצורך לחסוך באספקה ובמינהלה של החזקת אלפי שבויים במהלך מסע המלחמה שעמד אך בתחילתו.
וולטר סקוט כתב, לדברי בוריין, כי הצבא הצרפתי הוכה בדבר כעונש משמים בשל הטבח ביפו. האמת היא כי כאשר הגיע בוריין ליפו, ב-4 במרץ, מספר ימים לפני הטבח, נמנע מפקד חיל החלוץ, הגנרל גרסיו, מללחוץ את ידו, בשל התפרצות מחלת הדבר. מקרים ראשונים של דבר נראו כבר במצרים, והמחלה ליוותה את אנשי נפוליאון בדרכם. התפרצות הדבר ביפו גבתה מאות קורבנות.
הרופאים הצבאיים שהביא עמו נפוליאון, דומיניק ז'אן לארי ורנה ניקולא דז'נט, עשו כל שביכולתם כדי לבלום את המגפה. במסע נפוליאון הונח היסוד לרפואה הצבאית המודרנית, בין השאר הם הנהיגו שימוש בתחבושות מאריג כותנה קל ולשם כך השתמשו בבד שנארג בארץ ישראל באותם ימים. יש שהעלו השערה שבד זה נקרא בד עזה ומכאן המונח Gauze pads. כך או כך, עבודתם החלוצית והאמיצה של זוג הרופאים לא הספיקה לבלום את המגפה בכלים שהיו ידועים בסוף המאה ה-18.
נפוליאון נקט בצעד יוצא דופן. ב־11 במרץ1799 ביקר במנזר ניקולאס הקדוש בו שהו החיילים החולים, וכדברי הרופא דז'נט (בזכרונותיו בשנת 1802):
באחד עשר במרץ, גנרל בונפרט, בליווי המטה הכללי שלו, חש צורך לבקר את בית החולים... הגנרל צעד דרך בית החולים, דיבר כמעט לכל החיילים שהיו בהכרה מספקת לשמוע את דבריו, ובמשך שעה וחצי, בקור רוח גדול, העסיק עצמו בפרטי הפרטים של מנהלת בית החולים. בעת ששהה במחלקה צפופה וקטנה, סייע לשאת את גופתו האיומה של חייל אשר בגדיו היו ספוגים במוגלה משלפוחית דבר אשר התפוצצה...
ככל הנראה, הפגנת מנהיגות אישית זו סייעה להרים את המוראל הירוד של החיילים, וללכד את השורות לקראת המשך המערכה.
קרב קאקון
מיפו היה על נפוליאון להמשיך צפונה, אל חיפה ועכו. בעוד הוא פונה צפונה, הרגישו מפקדיו באיום מכיוון הרי השומרון. נפוליאון עצמו סירב, בשלב מוקדם יותר של המסע, לפנות אל תוככי ההרים פנימה, מחשש פן יוטרד חילו על ידי המקומיים בדרכים הרריות משובשות, כשבסופה של הדרך יחכו הפרשים שיכריעו את המערכה נגדו. חייליו כקלבר ולאן, היו חסרי מנוחה, ושאפו להישגים אישיים. אלו העלו את החשש, שכאשר יעלה עיקר הצבא צפונה הם יותקפו בידי פרשים ממלוכים מההרים, ויקשה עליהם להחזיק ביפו שהמשך ההחזקה בנמלה היה תנאי להמשך מוצלח של המערכה. אך אל מול דעתו של קלבר, שסבר כי שכם צריכה להיות היעד הבא, היה נפוליאון נחוש בדעתו להמשיך צפונה.
נפוליאון חידש את התקדמות כוחותיו ב־14 במרץ. בעוברו על גִ'סְר אֶל-הַדָּאר, גשר האבן בעשר טחנות צפונית מזרחית ליפו על דרך יפו-שכם ההיסטורית, עקף ממזרח את חוף השרון המוצף מי גשמים וביצות וב־15 במרץ ניהל קרב עז באזור קאקון. קאקון הוא כפר בשרון ובו מבצר צלבני, שחרב במלחמת העצמאות ושכן סמוך למושב גן יאשיה של היום. קרב קצר ועז נגד הפרשים הממלוכים שנפרסו על הגבעות הסמוכות לכפר, לא הצליח להביא להשמדת הכוח הממלוכי. הכוח הממלוכי ביצע נסיגה מסודרת לתוך ההרים לכיוון שכם, כשהם גוררים אחריהם את חיל הפרשים המובחר של לאן. בוריין מציין כי לאן פעל "בניגוד לפקודות", רדף אחרי אנשי ההרים ונקלע למארב. רוב ההרוגים הצרפתיים בקרב זה נהרגו בהרפתקה זו אליה נגרר לאן. בוריין מתאר את תגובת נפוליאון במילים אלו:
במהלך מבצע אווילי וחסר תועלת זה, במיוחד בעת שהאש הייתה עזה, גילה בונפרטה חוסר סבלנות. אך אני חייב להודות כי זעמו היה אך טבעי. אנשי שכם עצרו בפתחי ההרים. בונפרטה נזף בלאן במרירות בשל כך שחשף את עצמו לסכנה ללא תועלת והקריב ללא צורך מספר אנשים אמיצים. לאן הסביר את מניעיו בכך שאנשי ההרים התגרו בו, והוא ביקש לחנך את האספסוף. 'אנחנו לא במצב בו אנו יכולים לשחק את השחצן' הייתה תשובת נפוליאון.
תוצאת הקרב הייתה כי על אף שכוח הממלוכים לא הושמד, שוב לא היוו אנשי ההרים סכנה של ממש במסע המלחמה עד תומו.
קטע מחומת עכו שנבנה על ידי דאהר אל עומר ובוצר על ידי אחמד אל ג'זארפסלו של נפוליאון על "גבעת נפוליאון" בעכו, המוצב במקום שבו הציב נפוליון את תותחיו
מן השרון עלה נפוליאון אל הכרמל. קלבר נשלח לכבוש את חיפה, שהייתה אז פחותה בחשיבותה מעכו, וכבש את העיר ללא קרב ב-20 במרץ1799. עם זאת, מפלה צרפתית חמורה אירעה כאשר כוחותיו של האדמירל הבריטי סידני סמית הצליחו לתפוס את האוניות הצרפתיות, בפיקוד הקפיטן סטנדלה, שנשאו את תותחי המצור הכבדים שנשלחו ממצרים בדרך הים. תותחים אלו שימשו לאחר מכן את מגיני עכו, תחת שישמשו את הצרים עליה.
סידני סמית היה תת-אדמירל בריטי, ששימש באותה תקופה מיופה הכוח האנגלי בחצרו של הסולטאן, ובעל סמכויות אוטונומיות בחלק זה של הים התיכון. הרפתקן מטבעו, עמד סמית בראש צי של עשר ספינות, שתיים מהן ספינות הדגל שלו "תזאוס" ו"טייגר", והאחרות היו ספינות שנלקחו שלל מציו של סטנדלה. הטייגר והתזאוס הוצבו בקצוות המנוגדים של נמל עכו, והרעישו את הצרים על העיר. עיקר נזקם היה ברעש שהקימו, וכך שיבשו את הקשר בין הלוחמים הצרפתים. כן נהגו לירות ברובים על הצרפתים הרוחצים בים. במהלך המצור על עכו גרמה השליטה הימית של העות'מאנים והאנגלים לכך שהנצורים נהנו מאספקה של מזון, נשק ותחמושת, בעוד שהצרפתים הצרים נאלצו לקצוב את תחמושתם, וסבלו ממחסור תמידי באבק שרפה.
סידני סמית הגיע לעכו אך ארבעה ימים לפני תחילת המצור הצרפתי ב־20 במרץ. ייתכן והיה בדעת אל ג'זאר להיכנע, כפי שנכנע מפקד חיפה, אך סמית, כשעימו צי של עשר ספינות, ואנטואן דה פיליפו, קצין תותחנים צרפתי בן מחזורו של נפוליאון באקדמיה הצבאית, שעקב נטיותיו המלוכניות עבר לצידם של סמית ואל ג'זאר, הצליח להפיח רוח לחימה באנשי אל ג'זאר, שמאורעות הטבח ביפו העלו בהם את החשש מגורל דומה. בואו של סמית עודד את אל ג'זאר עד כדי כך שמצא לנכון לכרות את ראשו של מיילי דה שאטו ריינו, השליח הצרפתי שנשלח לדרוש את כניעתו, ולהציבו בחומות העיר.
קברו של גנרל קאפארלי בעכו
עכו הייתה מוקפת בחומה מכל עבריה. העיר היא מעין חצי אי החודר אל הים כלשון, וכך הייתה מוקפת בים משלושה כיוונים, דבר שהפך את החדירה לאפשרית מצד היבשה בלבד, בשל השליטה בים של סמית ואנשיו. מצד היבשה יצרה החומה מעין זווית. החומה הייתה בנויה על שרידי חומה צלבנית ישנה, אשר שוקמה בידי דאהר אל עומר ולאחר מכן הורחבה ובוצרה על ידי אל ג'זאר. חפיר יבש מנע גישה אל החומה עצמה, ובקירותיה עמדו צלפים אלבנים, אשר ידעו היטב את מלאכתם וזרעו מוות בשורות הצרים על העיר (כך נהרג קצין ההנדסה הראשי של נפוליאון, לואי מארי דה קאפארלי, אשר נורה בידו, וגסס במשך שמונה-עשר ימים מנמק).
תחילה סבר נפוליאון כי יוכל לכבוש את העיר בקלות, כשם שכבש את יפו. הוא התוודה בפני בוריין כי תוכניותיו היו לכבוש את העיר, לחמש באוצרו של ג'זאר 300,000 איש (ביניהם המיעוטים האתניים הדרוזים, המרונים והבדואים שהמתינו לתוצאות המצור בטרם יחליטו לאיזה צד להצטרף), לכבוש את דמשק, ולעלות משם לקונסטנטינופול. משם, ראה נפוליאון אפשרות לשוב לפריז דרך אדריאנופול ווינה לאחר שיכריע את בית הבסבורג בכוח העצום של אנשי המזרח שיביא עמו.
הסתערות ראשונה על העיר כשלה ב-28 במרץ1799. רבים מלוחמי נפוליאון מצאו את מותם בחפיר, והחומה לא נפרצה. עתה החל מצור המלווה בירי הדדי והסתערויות. בהיעדרם של תותחי המצור, אשר שימשו עתה את מגיני העיר תחת שישמשו את הצרפתים הצרים עליה, השתמש נפוליאון בארטילרית שדה, אשר לא הייתה אפקטיבית דיה אל מול ביצוריה של עכו. הצדדים השתמשו בטכניקות מצור קלאסיות - ניסיונות לחפירה מתחת לחומות, הנחת מוקשים, וכיוצא בזה, ושני הצדדים גילו תושייה רבה, אך חומת העיר לא הובקעה.
השדות בין עפולה ומרחביה בהם התחולל הקרב מול הר תבורשרידי קו הביצורים הפנימי שהוקם על ידי פרחי ודה פליפו בעת המצור על העיר
בעודו צר על עכו, היה על נפוליאון להגן על עורפו, כמו גם להבטיח אספקה לכוחותיו. מכיוון שכך נשלחו כוחות צרפתים לכבוש את אזור הגליל. בצפון הגיעו אנשים אלו עד צור ובמזרח, תפסו את גשר בנות יעקב והגיעו אף עד קוניטרה. כנגדם התאסף בעמק יזרעאל כוח אדיר של כ-20,000 חיילים ולמולו ניצב כוח צרפתי קטן בן 2,500 חיילים בפיקודו של ז'אן-בטיסט קלבר. בין הצדדים היריבים התחוללו מספר קרבות, ועם עלות השחר, ב־16 באפריל, עמד קלבר אל מול הכוח העיקרי. קלבר החזיק מעמד מספר שעות, בעודו בנחיתות טקטית ומספרית, אך בשעות אחר הצהריים הגיע לזירה נפוליאון עצמו, כשהוא עומד בראש כוח של 2,000 צרפתים, ועימו עשרים תותחי שדה, והתנפל על הפרשים הממלוכים היגעים מיום הקרב. הפרשים נפוצו לכל עבר, והגיעו עד הר תבור אשר נתן לקרב את שמו. עתה היה נפוליאון חופשי להמשיך את המצור על עכו ללא כל איום.
סיום המצור על עכו
בתחילת חודש מאי, כחודש וחצי מתחילת המצור על עכו, ולאחר שהביס את הצבאות הממלוכים בהר תבור, היה נפוליאון חופשי לחדש את המצור על העיר ללא הפרעה. תגבורת של תותחי מצור הגיעה בדרך היבשה, אך הסתערויות חוזרות ונשנות של הצרפתים המותשים על חומות העיר לא צלחו.
בתוך העיר עצמה עסקו הנצורים בהכנות קפדניות. אל המומחיות הצבאית של סידני סמית' ואנטואן דה פיליפו, הצטרפה המומחיות הארגונית של חיים פרחי, יועצו היהודי של אל ג'זאר, והמוח שמאחורי ההתנגדות לנפוליאון.
בינו לבין עצמו קבע נפוליאון את 25 באפריל כמועד סיום המצור. אך גם מועד זה חלף, והעיר טרם נכבשה. בינתיים הצליח הצי הבריטי להעביר אל הנצורים תגבורת של חיילים ואספקה.
ב־8 במאי הצליחו אנשיו של ז'אן לאן להבקיע את החומה, והסתערו אל תוך העיר. אך שלא כמו ביפו, שבה גרמה הבקעת החומה להתמוטטות כל קווי ההגנה, הייתה חדירתם של הצרפתים לעיר קשה ביותר, ולאחר חדירה מועטה נתקלו התוקפים בהפתעה קשה. בעת המצור הקימו דה פיליפו ופרחי חומה נוספת, במקום שהיה גינתו של אל ג'זאר. חומה זו ריפתה את ידי התוקפים, והם נסוגו כלעומת שבאו. התקפה זו, השביעית במספר, הייתה גם האחרונה. מתכנן הגנת העיר, אנטואן דה פיליפו, לא זכה לראות בניצחונו. הוא מת מהתייבשות כשבועיים בטרם הוסר המצור.
בוריין מעריך את מספר ההרוגים הצרפתים בכ-3,000 במהלך כל המצור. רבים מתוכם מתו במחלת הדבר. תנאי התברואה הירודים באותה תקופה גרמו לכך שגם פגיעות קלות היו עלולות להמית, כפגיעתו של קפארלי שמת מהרעלת דם. אין נתונים כמה מבין מגיני העיר מתו במצור, אך יש להניח כי המדובר במספר דומה.
שמועות על התקוממות במצרים, כמו גם מחלת הדבר ויאושם של הצרים, שנתקלו במכשולים בלתי צפויים, הביאו את נפוליאון למסקנה כי לא יוכל לכבוש את העיר, וב-20 במאי1799, לאחר חמישים וארבעה ימי מצור, נסוג מן העיר. לימים, בשבתו בגלות בסנט הלנה, יאמר לכותב זכרונותיו "אם עכו הייתה נופלת, הייתי משנה את פני העולם", וכן "גורל המזרח נקבע בעיירה קטנה זו".
סיבות לכישלון המסע בארץ ישראל
לוח הזמנים שנפוליאון הציב לעצמו היה מבוסס על כיבוש מהיר וחזרה למצרים עד חודש מאי, לפני שהצי הבריטי יוכל לנצל את חילופי הרוחות ולהגיע לאלכסנדריה. העיכובים שנגרמו לו באל-עריש, בקאקון ובעיקר בעכו שיבשו לחלוטין את לוח הזמנים.
נפוליאון הסתמך על מידע לקוי, שכבר לא היה רלוונטי בעת מסעו ולא היה לו מודיעין ראוי לשמו. עיקר המידע שהיה בידי נפוליאון הסתמך על ספר מסעות שנכתב כעשרים וחמש שנה קודם המסע ומאז השתנו הביצורים והיקף חיל המצב בעכו ובאל עריש.
אובדן התותחים וציוד מצור אחר שהיה על האניות שנישבו לא אפשר לנפוליאון לממש את תוכניותיו. בנוסף, אזלו הפגזים לתותחים והפגזים שהיו על האניות לא הגיעו ולכן לא הייתה לתותחיו תחמושת.
עמידתם של הלוחמים באל-עריש ובעיקר בעכו, גרמה לעיכובים רבים במימוש תוכניתו של נפוליאון ולאובדן בחיי אדם.
אנטואן דה פיליפו שהכיר את נפוליאון ואת דרך המחשבה שלו עזר לבריטים להביס את נפוליאון.
הנסיגה למצרים וסיום המערכה המצרית
הנסיגה למצרים
מצבה בצורת פירמידה ועליה צלב, שהוקמה לחיילי נפוליאון שמתו במהלך המצור על עכו. המצבה מוצבת בחצר המנזר בסטלה מאריס בחיפה, ששימש כבית חולים צבאי, ובחצרו טמונים רבים מחיילי נפוליאון
ב־18 במאי1799 החלו ההכנות לנסיגה מעכו. תחילה נשלחו דרומה החולים והפצועים, ולאחר מכן, בליל 20 במאי עזב הצבא כולו, בחשאי, את העיר, שכן חשש מהסתערות על ידי הנצורים שיבינו כי ניצחו בקרב. השיירה ירדה דרומה בדרך החוף, כאשר הפצועים נישאים על גמלים ופרדות, וסובלים מצמא, מרעב ומהחום העז. עוד באותו יום חנו הצרפתים בטנטורה, שם נאלצו להותיר בחולות את תותחי המצור הכבדים. ב-22 במאי חנו בקיסריה, וב-24 במאי שבו ליפו, בה חנו עד 28 במאי. במהלך שהייתם ביפו נתן נפוליאון לרופאיו את הפקודה הקשה להרוג חלק מהפצועים ומהחולים, שנראה היה כי לא יעמדו בתלאות המסע. ב-1 ביוני שבו הצרפתים לאל עריש וב-14 ביוני שב נפוליאון לקהיר.
סיום המערכה במצרים
במהלך נסיגת נפוליאון, אספו הממלוכים את כוחותיהם להסתערות נוספת. איברהים ביי ומוראד ביי חברו שוב כנגדו, ובשבוע האחרון של יולי התחולל קרב נוסף באבוקיר, בו שב נפוליאון והכה בכוחות הממלוכים, אשר נעזרו בצי הבריטי שעליו פיקד סידני סמית'.
זמן מה לאחר ניצחונו זה, ולנוכח המאורעות בצרפת ובאירופה - הקמת הקואליציה השנייה כנגד צרפת על אדמת אירופה, והתערערות משטרו של הדירקטורט - שב נפוליאון לאירופה, ומינה את קלבר למפקד הכוחות במצרים. סמוך לאחר שובו, ב־10 בנובמבר1799 (הוא ה"שמונה עשר בברימאר" על פי הלוח המהפכני), הכריז נפוליאון על עצמו כעל "קונסול הראשון", וקיבל את השלטון האבסולוטי בצרפת. לקלבר ולשייח'ים של קהיר מסר כי ייעדר לתקופה בת שלושה חודשים בלבד.
נפוליאון עזב את צבאו במצרים ללא כל סיכוי ריאלי שצבא זה ישרוד. הצבא היה עמוק בתוך טריטוריה עוינת, מוקף מכל עבר באויבים, כאשר דרך המוצא שלו לצרפת, הים התיכון, חסומה בידי הצי הבריטי. הסולטאן שב ושלח חיילים על מנת לכבוש את מצרים.
קלבר נשא ונתן עם סידני סמית, והשניים אף חתמו על הסכם באל עריש ב-24 בינואר1800, שלפיו יפונו הכוחות הצרפתים ממצרים, אולם מפקדו של סמית', הלורד קית', לא אשרר את ההסכם, שכן סבר כי יש להשמיד את הצרפתים, ולא להשיבם אל היבשת, שם יוסיפו להילחם נגד כוחות הקואליציה.
קלבר נאלץ לשוב ולהתמודד עם כוחות הסולטאן, ואף ניצח אותם במספר קרבות. קלבר אף השכיל לכרות ברית עם מוראד ביי, ומסר לו את השלטון במצרים העליונה, אך ב-14 ביוני1800 נרצח קלבר בידי קנאי מוסלמי בשם "סולימאן מחלבּ", והפיקוד על הצבא הועבר לבארון מנו.
במרץ 1801 נחתו הבריטים באבוקיר וניסו לכבוש את אלכסנדריה. ב-30 במאי עלו הבריטים והממלוכים על קהיר. הצדדים שוב נשאו ונתנו, ועתה הוסכם על חזרתם של הצרפתים באוניות לצרפת. באוגוסט הפליגו כארבעה עשר אלף חיילים מקהיר, וצבאו של מנו, שחנה באלכסנדריה ועמו כעשרת אלפים אנשים נוספים, שב לצרפת בספטמבר. כך תמה המערכה הצרפתית במצרים ובארץ ישראל.
למסעו של נפוליאון בארץ ישראל לא היו השפעות מרחיקות לכת מבחינת הארץ ותושביה. שלטונו של אחמד אל ג'זאר נמשך לאחריו כשם שהיה לפניו, ומעמדה של הארץ, פרובינציה נידחת בקצהה של קיסרות גוססת, הנתונה לשלטונם של בעלי זרוע, לא השתנה.
שהותו של נפוליאון בגבולות הארץ במשך כשלושה חודשים לא הותירה אחריה בנייה, אך גם לא הרס. הערים שנכבשו עמדו על תילן כמקודם, כמו גם עכו, אשר לא נכבשה. מכל הערים שנכבשו על ידי צבא נפוליאון, הפגיעה ביפו הייתה הקשה ביותר, אך בהיותה בתקופה זו נמל מרכזי, הצליחה יפו להתאושש מהמכה ואף גדלה והתרחבה במהלך המאה ה-19. שתי גבעות, האחת באזור רמת גן ואילו השנייה בעכו, נקראות "גבעת נפוליאון". זהו החותם שהותיר אחריו נפוליאון על הגאוגרפיה של ארץ ישראל. חפירות ארכאולוגיות הנערכות מעת לעת בעכו מגלות לעיתים שלדים של חיילים שמצאו את מותם במצור והושארו מאחור. ניתן לומר שנפוליאון חלף בקורות הארץ כלעומת שבא, ולא הותיר אחריו כמעט דבר.
עם זאת, גרם מסעו של נפוליאון במזרח למיקוד מסוים של תשומת הלב העולמית למקום זה, שכמעט ונשכח מאז עזבו אותו אחרוני הצלבנים כחמש מאות שנה קודם לכן. תיאורי הארץ שמסרו האירופאים, כמו גם מפותיו של פייר ז'אקוטן, עוררו את העניין הדתי, האנושי והמדעי בארץ ישראל. החל משנות השלושים של המאה ה-19 חלה עלייה גדולה בהתעניינות המעצמות באזור. כישלונו של נפוליאון בעכו הוכיח כי ייתכן שגורלו של המזרח כולו תלוי יהיה בכיבושה של "עיירה קטנה" בארץ ישראל. הוכח כי ארץ ישראל היא השער למזרח, לאיראן, להודו ולסין ובעידן הקולוניאליזם והאימפריאליזם, הייתה לעובדה זו משמעות רבה.
אחת התוצאות של המסע לארץ הייתה סדרת מפות המתארות חלקים של ארץ ישראל, בעיקר את אותם האזורים בהם עבר צבאו של נפוליאון, והן המפות הראשונות של ארץ ישראל ששורטטו בהתבסס על מדידות במכשירי מדידה שהיו בשימוש במאה השמונה עשרה, אשר היו מדויקים יחסית במדידת המרחקים והזוויות. במפות אלו, בקנה מידה של 1:100,000, מצוינים שמות המקומות בצרפתית, בלטינית ובערבית.
קובץ מפות זה (ידוע בשם: האטלס של ז'אקוטן), היה למקור מידע חשוב בידיעת ארץ ישראל ולאורך המאה ה-19 היו אלה המפות היחידות של האזור עד למיפוי הארץ בידי הבריטים.
המאבק הבינלאומי לאחר תקופת נפוליאון, בין בריטניהצרפת ורוסיה, שכל אחת רצתה להגדיל את השפעתה באזור ולדחוק את רגלי יריבותיה, הגיע אף לארץ ישראל. הגברת ההתעניינות הבינלאומית בארץ התבטאה בייסוד מושבות סחר וקונסוליות (הקונסוליה הבריטית נפתחה בשנת 1838 והמעצמות האחרות באו בעקבותיה), כמו גם מוסדות דת וצדקה. קונסוליות אלו הרחיבו את שטחי פעולתן, ונגסו בסמכות השלטון העות'מאני המרכזי, תוך שהן פורשות את חסותן על קהילות מיעוטים כקהילה היהודית. תהליך זה, שבו התמעטה סמכותם של העות'מאנים, הגיע לשיאו עם כיבוש הארץ בידי הבריטים במלחמת העולם הראשונה.
המסע בהיסטוריוגרפיה
מבחינה היסטוריוגרפית, מסעו של נפוליאון בארץ-ישראל לא נחקר בצורה מקיפה. מחקר שנערך באוניברסיטה העברית ועקב אחרי אוסף ביוגרפיות נפוליאוניות מראה שפרק חשוב זה בתולדות שלטונו מתואר בקיצור נמרץ, ולרוב תוך התעלמות מהפרשות הלא-מחמיאות שבמהלכן. הביוגרפים הגרמנים והצרפתים נוטים להציגו באופן חיובי כל-אימת שהגינותו עומדת בספק, הרוסים נוטים ללבות את האגדה סביב האיש, ורק האנגלים מוצאים לתאר את האירועים במבט חסר-פניות.
שיאה של המגמה הפרו-נפוליאונית הזו נמצאת בסקירה שכתב ההיסטוריון הצרפתי הנודע לואי מדלין, ובחר לסכם את כל הפרק המצרי-ארץ-ישראלי במשפט בודד:
“...And after conquering Malta, had hurled (the Directory) its armies on Egypt and Syria. The Result was that France had established in the Mediterranean a hegemony which made Great Britain shake in her shoes.”
— Madelin, Louis, 1934, The Consulate And The Empire, 1789-1809, G.H.Putnam’s Sons, N.Y, p.23
מבחינה היסטורית תיאור זה חסר-שחר. תבוסתו של הצי הצרפתי בקרב אבוקיר הפקירה את הים התיכון לספינות האנגליות עד לסוף ימיו של נפוליאון.
באפריל 1799, בעודו צר על חומות עכו, פרסם נפוליאון מנשר, בו קרא ליהודים להצטרף אל שורותיו, תוך כדי הכרה בעוולות ההיסטוריות שנגרמו ליהודים, ובזכותם להקים ישות מדינית יהודית עצמאית בארץ ישראל. המכתב הסתיים בפסקה הבאה:
חושו! זהו הרגע, אשר ייתכן כי לא ישוב במשך אלפי שנים, לדרוש את השבת זכויות האזרח שלכם בין תושבי העולם, אשר נמנעו מכם באופן מביש במשך אלפי שנים, את קיומכם המדיני כאומה בין האומות, ואת זכותכם הבלתי מוגבלת והטבעית לעבוד את השם אלוהיכם בפומבי ולדור ודור (יואל ד, כ).
אין לדעת מה גרם לנפוליאון לכתוב מניפסט זה, אשר הקדים את בנימין זאב הרצל בקרוב למאה שנים, ואת הצהרת בלפור במאה ושמונה עשרה שנים. מידת הרצינות שיש ליחס לדברים אינה ברורה, לאור הצהרותיו בפתיחת המערכה כי הוא מקבל את דת האסלאם, ואת עקרונות הנביא מוחמד. נראה כי בכתיבת המנשר חפץ ליהנות משיתוף הפעולה של היהודים (בעת ההיא היה בארץ ישראל רק מיעוט קטן של יהודים), ובמיוחד לכבוש את לבו של חיים פרחי. במשימה זו נכשל.
כשעלה לשלטון פעל נפוליאון לאמנציפציה של היהודים, ובשנת 1807 כינס "סנהדרין גדולה" (הקונסיסטוריה המרכזית של יהודי צרפת), שאמורה הייתה לתת מענה לבעיית המיעוט הלאומי היהודי בחבלי הארץ הנשלטים על ידי צרפת. עיקר פעולתה של הקונסיסטוריה הייתה לאשר את הכפפת הדת היהודית הממוסדת למוסדות השלטון בצרפת, אך תשומת לב זו של השליט אל הדת היהודית, והתייחסותו האוהדת אליה, היו צעד גדול בכיוון מתן אמנציפציה, שאותה חפץ נפוליאון להעניק ליהודים.
עם זאת, ב־1808 חתם נפוליאון על "הפקודה המבישה" (Le decret infame), שבה הגביל מקצת מזכויותיהם של היהודים ואת חופש העיסוק וחופש התנועה שלהם. הפקודה התייחסה ליהודים שבצפון מזרח צרפת בלבד, במחוז אלזס-לורן.
בבואו אל ארץ ישראל נדמה בונפרטי למטאור נורא, אשר אחרי עשותו שמות בארץ יעלם לפתע פתאום. חלומו אשר חלם, להיות לקיסר של ארץ המזרח ולהשיב את ירושלים ליהודים גז חיש מהר. אולם על פרי ניצחון אחד של המהפכה שקד לשמור תמיד - הוא השויון האזרחי. השויון הזה הביא בייחוד תועלת ליהודים.
