הגשר היווה את אחד מ-12 נקודות הכניסה הרשמיות לארץ ישראל בימי המנדט הבריטי[5] ושלטונות המנדט הקימו תחנת משטרה ליד הגשר[6]. עם זאת, עיקר הבקורת על הנכנסים הייתה בראש פינה, דבר שהקל על המבריחים[7]. במהלך המרד הערבי הגדול נסגרה תחנת הגבול בלילה מטעמי ביטחון[8]. בנובמבר 1938 נסגרה תחנת הגבול כליל[9] ונפתחה מחדש בשנת 1940[10].
ב-11 בינואר 1948, למחרת ההתקפה על כפר סאלד, שבוצעה על ידי ערבים שעברו את גשר בנות יעקב מכיוון סוריה, פוצץ גשר הביילי[14] על ידי ההגנה וניזוק[15]. בעקבות זאת הרס חיל המהנדסים של הצבא הבריטי את הגשר[16] והקים במקומו גשר חלופי[17][18], שפורק לאחר מספר ימים[19].
במלחמת יום הכיפורים הגיעו כוחות סוריים בודדים עד לבית המכס העליון, סמוך לגשר. ביום ראשון, 7 באוקטובר1973, בשעת בוקר מוקדמת, ניתנה הוראה להכין את גשרי הירדן לפיצוץ במקרה שהצבא הסורי ינסה לחצותם. גשר בנות יעקב היה מוכן לפיצוץ כבר בשמונה בבוקר. לאחר כמה שעות ניתנה הוראה לפרק את חומרי הנפץ.
עד 2007 היו קיימים שני גשרי ביילי במקום, האחד נועד לתנועת רכב ממזרח למערב והשני לתנועה ממערב למזרח. בשנה זו נפתח במקום גשר קבע מבטון לשני הכיוונים, ואחד משני גשרי הביילי נותר על מקומו לשעת חירום.
ביוני2009 נחסם גשר הביילי הישן משני צידיו עקב סכנה בטיחותית, לאחר מכן שופץ הגשר, ונותר על כנו חסום. הגשר מיועד לשמש את צורכי צה"ל בזמן חירום.
מקור השם
לפי י. סטפנסקי מקור השם אינו ברור וככל הנראה מדובר במסורות מקומיות ומוקדמות לתקופה הצלבנית שקישרו את האזור לפועלו של יעקב אבינו. לפי צבי אילן בספרו ארץ חמדה[20]: נזירות מנזר יעקב הקדוש בצפת, שנקרא על שם הבישוף של ירושלים באותה התקופה, נתמכו במאה ה-12 בכספי המעבר בגשר, ששמו בלטינית: Pontus Jacobis Filiarum.
הצלבנים הם שהחלו לקרוא למקום בשם הלטיני Vadum Jacob (ואדום יעקב – "מעבר יעקב"). שם זה מקורו בטעות גאוגרפית, אחת מני רבות שטעו הצלבנים. הצלבנים סברו שזהו מעבר יבוק, המקום בו חצה יעקב את הירדן, בדרכו למפגש עם אחיו עשו. גם המסורת המוסלמית מקשרת בין מקום זה לבין חייו של יעקב, אם כי לחלק אחר מהם. שמו הערבי של המקום מחדת אל אחזן ("מעבר הצער") נגזר מהאמונה כי במקום זה נודע ליעקב על מכירת בנו האהוב יוסף.
במאה ה-12 התקיים בצפתמנזרנוצרי בשם מנזר יעקב הקדוש. הנזירות במקום חיו מכספי תרומות ונדבה ועיקר הכנסתן באה להן מכספים שגבו האבירים הטמפלרים מהעוברים במעבר הירדן. על שם נוהג זה כונה המקום על שם הנזירות של יעקב הקדוש, שהיה הבישוף של ירושלים באותה התקופה. תרגום השם לעברית הוא יעקב הקדוש. על שם הבנות (או האחיות) של יעקב (הקדוש) נקרא המקום עד ימינו – בלטינית – Pontus Jacobis Filiarum.
אגדה ראשונה מספרת כי עליו עברו בנות יעקב בדרכן אל הארץ ולפיכך נקרא על שמן. בסביבות המושבה משמר הירדן השכנה מראים הערבים את קבריהן של בנות יעקב, בצל עצים קדומים וקדושים, לזכר הצער שבא על יעקב ובנותיו בעוברם את הירדן לשמע גורלו של יוסף. הערבים קראו למעבר בשם הערבי, מח'אצ'ת (קרי: מח'אדת) אלחיזן – מעבר הצער.
בימי הביניים קראו לגשר על שם יעקב אבינו. משה באסולה שעבר על הגשר הזה בשנת רפ"ב (1522) מספר: "עוברים הירדן גשר אבנים קורים אותו: גשר יעקב, אומרים ששם עבר יעקב אבינו, עליו השלום, בשובו מחרן".
עולה רגל אחר, משה בן אליהו, מספר בשנת תנ"ו (1655) על "גשר יעקב עליו השלום... והיו הערביים אשר עימנו... אלה מקומות בני ישראל מקדנא דנא. ועשינו שבת בגשר יעקב.. ואומרים הישמעאלים: זה הגשר שבו יאגופ (יעקב) עבר וכן בנה חאן (אכסניה לאורחים). הם הראו לו בית שנהרס ואמרו לו כי יאגופ גר בו בחורף ואילו בקיץ הוא היה עולה לצפת.
עוד קשר לבנות יעקב, אלו אבני הבזלת השחורות המפוזרות בגליל. זאב וילנאי מספר כי "לאחר שבנות יעקב שמעו כי אחיהן יוסף נטרף על ידי חיה רעה, הן שוטטו בהרים ובעמקים וחיפשו את עקבותיו של אחיהן המסכן. הן בכו בכי מר והתיפחו הרבה מאוד ועיניהן זלגו דמעות." האגדה מספרת כי כל הדמעות הפכו לאבנים שחורות.[21]