Naceu no lugar de Skeninge, e era irmán de Johannes Magnus, o derradeiro arcebispocatólico de Suecia. Estudou en Rostock, foi cóengo en Uppsala e Linköping e arquicóengo de Strängnäs. Foi enviado en misión a Roma en 1524 por Gustavo I para obter a ordenación do seu irmán como arcebispo de Uppsala, mais o triunfo da Reforma en Suecia mantívoo no exilio, e as propiedades da súa familia foron confiscadas.
Primeiro residiu en Danzing, onde coñeceu ao portugués Damião de Góis, de onde tirou os seus coñecementos dos territorios orientais. Instalouse en Roma en 1537 actuando como secretario de seu irmán e, en 1544 á morte deste, o papa Paulo III nomeouno o seu sucesor no arcebispado de Uppsala, título honorífico por non ser Suecia xa país católico.
Participou no Concilio de Trento (1545-1549). Pasou os seus últimos anos no mosteiro de Santa Bríxida en Roma.
A súa obra principal foi Historia de Gentibus Septentrionalibus, editada en 1555 en Roma, unha obra en 22 libros sobre a xeografía, tradicións, costumes, asuntos eclesiásticos e xurídicos dos pobos escandinavos.
Tamén é autor da Carta marina (1539), o máis antigo mapa dos países nórdicos que da detalles e nomes de lugares.