Antigo xogador do Athletic de Bilbao, avogado, militante do PNV, alcalde de Getxo. Logo de se aprobar o estatuto de autonomía de Euskadi, Aguirre xurou como lehendakari o 7 de outubro de 1936 e formou un goberno de concertación, no que estaban presentes os nacionalistas, socialistas, comunistas e republicanos. Baixo a súa iniciativa creouse o Euzko Gudarostea ou Exército vasco, formado por 100.000 homes, en xuño de 1937 as tropas franquistas entraron en Bilbao e Aguirre marchou ao exilio, primeiro a Cataluña e unha vez finalizada a guerra civil a París en 1941 trasladou o goberno no exilio a Nova York, e de novo en 1946 volveu a París.