Durante o reinado de Filipe II dirixiu a guerra contra o papaPaulo IV en Italia e foi enviado aos Países Baixos españois en 1567 para sufocar a revolta protestante. Como rexedor deste territorio desenvolveu unha política de extorsión con impostos excesivos e unha represión sanguenta con máis de mil condenados a morte pola Corte de Disturbios que aumentou o descontento popular con 60.000 exiliados,[2] polo que en 1573 foi deposto.[3]
O duque de Alba foi rehabilitado en 1580, cando Filipe II, que reclamaba o trono de Portugal, vacante dende a morte do seu tío, o Cardeal-Rei D. Henrique, precisaba dos seus servizos. Coa morte de D. Henrique sen descendencia, desatouse a crise sucesoria de 1580, aparecendo Filipe II dos Habsburgo como o pretendente preferido ao trono da nobreza portuguesa. Porén, o pobo, e algúns nobres e clérigos, apoiaron a D. António, o Prior do Crato, que se alzou como rei en Santarém e foi formalmente aclamado e coroado en Lisboa o 24 de xullo de 1580. Nese contexto, os servizos do Duque foron requiridos para neutralizar militarmente as forzas asignadas a D. António. O experimentado duque de Alba entrou en Portugal en xullo de 1580 e destruíu rapidamente o exército portugués comandado por Diogo de Meneses (gobernador do Estado da India), quen foi degolado. Caendo sobre Lisboa, enfrontouse ás últimas forzas antoninas gañando a Batalla de Alcântara, abrindo o camiño para a entrada triunfal de Filipe II de España e I de Portugal no seu novo reino.
En sinal de recoñecemento, o rei deulle o título de Condestável de Portugal.