Le , soit peu de temps après la mise en service des RAe, le TEE Cisalpin est victime d'un grave accident près de Montbard[1] : lancée à 140 km/h, la rame 1053 percute un wagon citerne déraillé engageant le gabarit de la voie contiguë à la suite d'une rupture de fusée d'essieu et déraille.La voiture 1 traverse une maison de garde barrière désaffectée et s'écrase contre le remblai après avoir effectué un demi tour. 9 victimes seront retirées sans vie des décombres. Durant la longue remise en état du train qui dura près d'un an et demi, les CFF firent le pari de tenir le service sans effectuer l'entretien initialement prévu un jour sur quatre à Zurich. Et contre toute attente, ce pari fut gagné : pas une seule panne irréparable n'entrava l'exploitation !
Au début des années 70, la SNCF reprocha aux CFF le manque de souplesse des rames RAe TEE II, indéformables et incompatibles avec tout autre matériel ferroviaire. S'il fallait renforcer le train lors d'un pic de trafic, il n'y avait pas d'autre solution que d'ajouter une seconde rame, la capacité du train passant ainsi du simple au double. Il fut donc décidé d'assurer le Cisalpin dès 1974 avec une rame tractée composée des nouvelles voitures Mistral 1969.
À la suite d'intempéries qui ont touché le nord de l'Italie du 7 au , la ligne du Simplon et la route attenante furent coupées le par plusieurs éboulements et glissement de terrain au nord de Domodossola. Plus au sud à Pallanza, le viaduc à double voie sur la Toce s'effondra en raison de la défaillance d'une de ses piles. La ligne fut totalement coupée entre le 8 et le puis les FS détournèrent la circulation par l'itinéraire non électrifié et a débit assez faible Premosello-Borgomanero-Novare. Au bout de dix jours, la route put enfin être dégagée et les voyageurs sont acheminés par autocars entre Brigue et Domodossola jusqu'au .
Finalement, le TEE Cisalpin dut, tout comme nombre de trains prestigieux, céder la place au tout nouveau et tout puissant TGV. Le , quatre allers et retours TGV quotidiens furent mis en place entre Paris et Lausanne, et les noms des trains remplacés leur furent attribués : TGV Cisalpin, Jean-Jacques Rousseau, Lemano et Lutetia. Entre Milan et Lausanne, des liaisons InterCity furent instaurées et prolongées jusqu'à Genève. Si la seconde classe s'offrait dorénavant à la clientèle (au contraire des services TEE exclusifs en première classe), une rupture de charge était maintenant imposée aux voyageurs France ↔ Italie lors du changement de train à Lausanne.
L'adjonction d'une voiture de première classe supplémentaire était fréquente lors de pics de trafic ; la composition a même comporté jusqu'à 13 voitures lors de pointes exceptionnelles des sports d'hiver !
Horaire d'été (de fin mai–début juin à fin septembre–début octobre) :
Entre 1975 et 1977, à la suite d'une contestation des CFF concernant la suspensionpneumatique des bogiesY 26 P des voitures-restaurantVru, ces dernières sont remplacées par des voitures-restaurant du type UIC-Y utilisé sur le Capitole entre 1967 et 1970. Toutefois, avec 4 places de front, leur confort ne correspondait pas aux normes TEE.
Il n'était pas rare que la voiture fourgon-générateur, attelée en tête du train au départ de Paris Gare de Lyon, soit attelée à l'envers, en cas de défaillance subite du groupe électrogène du fourgon titulaire, car l'atelier de maintenance de Paris-Conflans (gérant, aujourd'hui, les TGV Sud est), surchargé de travail, changeant le fourgon en dernière minute, n'avait pas le temps de le retourner.
E 444Tartaruga (ou E 632 ou E 633) entre Domodossola et Milan ou Venise (parcours italien sous 3 000 V cc)
À noter que si une CC 21000 tractait un convoi composé au-delà de huit voitures, on dépassait la charge admise sur le tronçon entre Dole et Vallorbe. Un arrêt de service supplémentaire était alors imposé en gare de Dole-Ville, afin de procéder au changement de réduction sur la CC 21000 : la démultiplication voyageurs (dite 220) faisait place à la démultiplication marchandises (dite 100), permettant ainsi la montée jusqu'en Suisse avec une charge de 600 tonnes. Une décision formellement écrite du Réseau Sud-Est était nécessaire[3].