De 1985 à 1987, le P. Zekorn est nommé aumônier de la paroisse Saint-Laurent de Warendorf.
Puis, de 1987 à 1992, il devient secrétaire personnel et chapelain de son évêque.
Parallèlement, en 1987, il devient vicaire à la cathédrale Saint-Paul de Münster.
En 1990, il exerce la charge de subsidiaire dans la paroisse Saint-Ludger à Münster-Albachten.
De 1992 à 2006, il est directeur spirituel du Collegium Borromaeum et du séminaire de théologie du diocèse de Münster. Il y est également responsable de la formation spirituelle et des étudiants en théologie. Dans le même temps, il exerce comme cérémoniaire de la cathédrale de Münster.
En 2006, il devient directeur de pèlerinage et pasteur à la basilique Sainte-Marie de Kevelaer ainsi que résident canon de la cathédrale de Münster.
