Par la suite, il est envoyé à Rome étudier la philosophie française à l'université pontificale grégorienne. Heiner Wilmer reçoit sa promotion de docteur en théologie en 1991 à Fribourg-en-Brisgau grâce à une thèse sur la mystique dans la philosophie de Maurice Blondel qui reçoit le prix Bernhard Welte. Ensuite, il passe un examen d'État pour être enseignant d'histoire. C'est à cette époque qu'il fait la connaissance du prêtre hollandais Henri Nouwen[1] et c'est à son invitation qu'il passe quatre mois dans une maison pour invalides tenue par L'Arche à Toronto, comme aumônier. Après avoir passé son deuxième examen d'État, Heiner Wilmer travaille comme professeur d'histoire et de religion à la Liebfrauenschule de Vechta, lycée de jeunes filles fondé autrefois par les Sœurs de Notre-Dame de Coesfeld. En 1997, il passe une année aux États-Unis à la Fordham Preparatory School tenue par les jésuites dans un quartier pauvre du Bronx, où il enseigne l'allemand et l'histoire. À son retour en Allemagne, il est nommé directeur du Leoninum où il a suivi ses études secondaires.
En 2007, Heiner Wilmer est élu provincial de la province d'Allemagne de la congrégation des pères du Sacré-Cœur. En 2013, il publie son livre Gott ist nicht nett (Dieu n'est pas super-sympa) qui traite de la foi et de son expérience de prêtre et qui rencontre un bon écho.
Le , il est élu, par le chapitre général de Rome, supérieur général de la congrégation[2], succédant au Père José Ornelas Carvalho, de nationalité portugaise. Le Père Heiner Wilmer est le second Allemand à avoir été élu à la tête des pères du Sacré-Cœur, après Alphons Lellig (1954-1958).
Le , le pape François le nomme évêque de Hildesheim. Il considère Eugen Drewermann comme un prophète[3] alors que ce dernier a quitté l'Eglise Catholique en 2005 pour ses positions contraires à la foi chrétienne. Il a voté pour le texte de la voie synodale allemande en faveur d'une réforme de l'enseignement sexuel catholique[4].
Publications
Mystik zwischen Tun und Denken : ein neuer Zugang zur Philosophie Maurice Blondels, Herder, Fribourg-en-Brisgau, 1992 (traduit en français),
Wer leben will, muss aufbrechen : spirituell lernen von Brasilien, éd. Don Bosco, Munich, 2010 (traduit en espagnol),
Johannes Duns Scotus« Tractatus de primo principio » wissenschafstheoretische Überlegungen, H. Wilmer, Bonn, 2013,
Gott ist nicht nett, Herder, Fribourg-en-Brisgau, 2013, (ISBN978-3-451-32581-6) (traduit en tchèque) (ensemble avec Simon Biallowons)
Trägt. Die Kunst, Hoffnung und Liebe zu glauben. Herder, Fribourg-en-Brisgau 2020, (ISBN978-3-451-39338-9) (ensemble avec Simon Biallowons)
