Negley naît à Pittsburgh, en Pennsylvanie, fils de Jacob Negley et de Marie Ann Scott. Sa tante Sarah a épousé Thomas Mellon(en). Il est scolarisé dans des écoles publiques, et est diplômé de l'université occidentale de Pennsylvanie (actuellement nommée université de Pittsburgh). Il sert dans un régiment de volontaires, au sein de la compagnie K des gris de Duquesne (Duquesne Greys) du 1st Pennsylvania Volunteers, au cours de la guerre américano-mexicaine. Après la guerre, il devient fermier et horticulteur.
Le , Negley est nommé brigadier général dans la milice de Pennsylvanie. Il lève une brigade de volontaires de Pennsylvanie et sert sous les ordres de Robert Patterson dans la vallée de la Shenandoah en 1861. Sa nomination de brigadier général expire le , mais il est renommé brigadier général des volontaires le . En octobre, il est placé au commandement de la septième brigade au sein du département de l'Ohio. Il commande une expédition (raid) de l'Union contre Chattanooga au cours de la campagne du Kentucky. L'expédition se révèle être une démonstration réussie de la capacité de l'armée de l'Union à frapper au cœur du territoire tenu par la Confédération[2](p84).
Le , il est promu major général des volontaires et prend le commandement de la huitième division dans l'armée de l'Ohio. Sa division devient la deuxième division de l'aille centrale de George H. Thomas du XIVe corps au cours de la bataille de la Stones River. Le deuxième jour des combats, il mène une contre-attaque réussie contre le major général John C. Breckinridge sur le flanc gauche de l'Union. Il commande sa division au cours de la campagne de Tullahoma et la bataille de Chickamauga. Pendant la manœuvre qui précède la bataille de Chickamauga, la division de Negley, à la tête du corps du major George H. Thomas, est pratiquement prise au piège dans un cul-de-sac appelé la crique de McLemore (McLemore's Cove), la confusion au sein du commandement de l'armée confédérée du Tennessee lui permet de s'échapper lors de ce qui devient connu comme la bataille de Davis' Cross Roads[3],(p175-85). Après la défaite de l'Union à Chickamauga, Neglay, dont la division est disséminée pendant la deuxième journée de combat, est relevé de son commandement, mais est blanchi de toute erreur au cours de la bataille. L'étude la plus récente de ses actions est particulièrement critique à l'encontre du général pour avoir disparu sans que personne sache où il se trouvait[4],(p140-164). Negley, cependant, rejette la responsabilité de sa mauvaise fortune sur le compte des préjugés des diplômés de West Point à son encontre. Lorsque Ulysses S. Grant devient général en chef(en) en 1864, il parle de restaurer Negley à son commandement[5],(p368). Néanmoins, après avoir servi dans plusieurs fonctions administratives, Negley démissionne en .
Le fort Negley(en), construit à Nashville au Tennessee en 1862 est nommé en son honneur. Il est le plus grand fort en pierres construit à l'intérieur des terres au cours de la guerre.
En 1877, au cours des émeutes ferroviaires de Pittsburgh(en), Negley sert en tant que commandant de la milice organisée par la ville de Pittsburgh pour y maintenir l'ordre[6],(p113–4).
Il sert au conseil d'administration du National Home for Disabled Volunteer Soldiers(en) de 1874 à 1878 et de 1882 à 1888. Il est réélu au Congrès en 1884 et y sert de 1885 à 1887. Ensuite, il se retire de la politique, et il entre dans l'industrie ferroviaire.
(en) Ezra J. Warner, Generals in Blue : Lives of the Union Commanders, Baton Rouge, Louisiana State University Press, , 712 p. (ISBN0-8071-0822-7, lire en ligne)
(en) James B. Jones, Jr., Negley's Raid., vol. 11, North & South (no 2).
(en) McCabe, James Dabney et Edward Winslow Martin, The History of the Great Riots : The Strikes and Riots on the Various Railroads of the United States and in the Mining Regions Together with a Full History of the Molly Maguires (lire en ligne)
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