Dans un premier temps, le gouvernement reste distant vis-à-vis des Alliés. L'enjeu premier du gouvernement est avant tout de restaurer l'indépendance de la Belgique et de libérer Léopold III, alors captif au palais de Laeken. Les ministres se montrent particulièrement compréhensifs à l'égard de la politique menée par les secrétaires généraux, les industriels et les banquiers aux côtés de l'Occupant, considérant que ceux-ci mènent une politique « du moindre mal ». Le gouvernement essaie également de reprendre contact avec Léopold III, en l'invitant à rester passif ou à rejoindre Londres (ce que ce dernier refuse, contrairement aux monarques des Pays-Bas et de Norvège, qui rejoignent leurs gouvernements exilés à Londres).
1942 est un tournant pour le gouvernement. Outre le fait que l'équipe s'élargisse, il commence à défendre une ligne pro-Alliés beaucoup plus affirmée. Paul-Henri Spaak signe ainsi la Charte de l'Atlantique en janvier 1942 et engage la Belgique à ne déposer les armes qu'après la capitulation sans conditions de l'Allemagne et du Japon ; la Belgique fournira aux États-Unis l'uranium congolais nécessaire à la fabrication des bombes atomiques larguées sur Hiroshima et Nagasaki. Le gouvernement commence à condamner beaucoup plus durement la politique « du moindre mal » menée par les secrétaires généraux en Belgique ainsi que la collaboration économique. Il met en place le Comité Gilles qui permet d'obtenir des informations sur la Belgique occupée et de soutenir la Résistance ; les tensions entre le gouvernement, plutôt conservateur, et le Front de l'Indépendance, principale organisation de la Résistance fondée par le Parti communiste, empêchent cependant une véritable coordination de la Résistance entre Londres et la Belgique occupée[1].
Le gouvernement retourne à Bruxelles en septembre 1944, en pleine Libération. Il reçoit le testament politique de Léopold III, alors prisonnier en Allemagne : le Roi demande la démission des ministres qui l'ont ouvertement critiqué et récuse tout engagement international pris pendant le conflit. Le texte n'est pas rendu public, mais provoque la colère du gouvernement. La captivité de Léopold III conduit à la mise en place d'une régence : le prince Charles, frère du roi, prête serment le 21 septembre et devient régent de Belgique. Pierlot donne ensuite la démission de son gouvernement[2].
Vincent Dujardin et Mark Van den Wijngaert, La Belgique sans roi : 1940-1950, Bruxelles, Le Cri, coll. « Histoire / Nouvelle Histoire de Belgique », , 174 p. (ISBN9782871065203)
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