La première pierre de la chapelle est bénie en 1639 sous le règne du prince Honoré II, prieur de la Confrérie des pénitents noirs. La confrérie est rejointe en par la Confrérie des Pénitents Blancs pour créer une confrérie unique, la Confrérie de la Miséricorde, titulaire de la chapelle.
Patrimoine
Construite à l'apogée de l'ère baroque, ses nombreuses sculptures, ses luxuriantes peintures et ses dorures et marbres font de cette chapelle un « véritable écrin, témoin vivant de l'époque révolue du baroque flamboyant »[1]. La chapelle abrite un Christ sculpté en plein bois par le monégasque François-Joseph Bosio, sculpteur officiel de l'empereur Napoléon Ier.
Le , le cardinal Dominik DukaOP, archevêque de Prague, a béni la Chapelle de la Miséricorde à la suite d'importants travaux de restauration, en présence de S.A.S. le Prince Albert II de Monaco[2].
Depuis quatre siècles, le jour du Vendredi Saint, la traditionnelle procession du Christ-Mort, supprimée en 1870 et reprise depuis quelques années, part de la chapelle de la Miséricorde.