Il retrouve en 1998 sa fonction de vicaire général auprès du nouvel évêque de Nice, Jean Bonfils.
Le , il est nommé archevêque de Monaco par Jean-Paul II. Il reçoit la consécration épiscopale le 8 octobre suivant des mains Jean Bonfils, évêque de Nice, assisté par François Saint-Macary, archevêque de Rennes et Joseph Sardou, son prédécesseur, atteint par la limite d'âge.
Bernard Barsi a exprimé à plusieurs reprises son soutien aux chrétiens d'Orient attirant l'attention « sur la terrible situation des chrétiens de certains pays d’Orient comme à Gaza, en Syrie, en Irak. A Mossoul, une épuration religieuse de masse se met en place contre eux. »[7]
Lors de la rencontre annuelle du Conseil des conférences épiscopales d'Europe (CCEE) dans la principauté de Monaco le , Bernard Barsi et la Conférence ont adopté un message visant à condamner la persécution des chrétiens dans le monde et les différentes formes d’intolérance ou de discrimination subies par les chrétiens en Europe[8].
Dénonciation de la franc-maçonnerie
Bernard Barsi a réagi vivement à la création officielle le de la Grande Loge nationale régulière de la principauté de Monaco (GLNRPM), une grande première à Monaco où le catholicisme est religion d'État: « Les catholiques qui font partie de la franc-maçonnerie sont en état de péché grave et ne peuvent s'approcher de la sainte communion » a-t-il déclaré en rappelant les motifs de condamnation de la franc-maçonnerie par l'Église[9].