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Philippe le Hardi épouse, en 1369, Marguerite de Male, veuve de Philippe de Rouvres et fille unique du comteLouis II de Flandre, ce qui permet à Philippe d'hériter de la Flandre, de l'Artois et du Comté de Bourgogne à la mort de son beau-père en 1384. Par la suite, conquêtes et alliances matrimoniales mettent les ducs de Bourgogne à la tête de vastes et riches domaines en Flandre et aux Pays-Bas, faisant d'eux de redoutables compétiteurs des rois de France au moment où ceux-ci affrontent l'ennemi anglais.
En 1380 le roi Charles V, frère de Philippe le Hardi, meurt. Charles VI n'ayant que 12 ans, le duc de Bourgogne exerce la régence jusqu'en 1388. Dans le but de lier des alliances avec les duchés germaniques, il marie son royal neveu à Isabeau de Bavière.
En 1393, le roi Charles VI, désormais majeur, sombre dans la folie. Une nouvelle régence doit alors s'instaurer. Philippe le Hardi, très actif à la cour de France, prend une part d'autant plus importante au gouvernement des oncles de Charles VI (le conseil de régence est présidé par la reine Isabeau qui est piètre politique et fortement influencée) que son frère le duc d'Anjou (Louis Ier de Naples) est occupé en Italie et que son autre frère le duc de Berry (Jean de France) s'engage peu dans les affaires politiques et s'occupe surtout du Languedoc, cependant que le duc de Bourbon (Louis II de Bourbon) n'est qu'oncle maternel du roi.
Une croix de saint André formée de deux branches coupées à l'état brut, avec leurs bourgeons, est adoptée comme symbole par les partisans bourguignons et deviendra en héraldique la Croix de Bourgogne.
La guerre civile éclate entre les deux partis : les Armagnacs, partisans du duc d’Orléans assassiné, et les Bourguignons, partisans de Jean sans Peur, duc de Bourgogne. Les deux se disputent la capitale et la régence. Alors que les Bourguignons peuvent compter sur le soutien de la population parisienne et de l'Université, les Armagnacs obtiennent eux le soutien du Dauphin.
Les deux factions, tout en étant opposées aux prétentions anglaises, cherchent ponctuellement le soutien des Anglais. Ainsi, les Armagnacs concluent un traité avec le roi d'Angleterre, Henry IV, en 1412, en lui cédant la Guyenne et en reconnaissent sa suzeraineté sur le Poitou, l'Angoulême et le Périgord, afin d'empêcher une alliance anglo-bourguignonne. Après la reprise de la guerre et notamment la cuisante défaite d'Azincourt, les deux partis cherchent à se réconcilier afin de contrer l'avancée anglaise. Lors de l'entrevue de Montereau du , Jean sans Peur est pourtant assassiné par les Armagnacs, ce qui relance la guerre civile et amène le duc Philippe le Bon, fils de Jean sans Peur, à s'allier à l'Angleterre, faisant du roi anglais l'héritier légitime à la Couronne de France, par le traité de Troyes de 1420.
La guerre civile prend fin en 1435 par le traité d'Arras : Philippe le Bon reconnaît la légitimité de Charles VII qui, en retour, l'exonère de l'hommage qu'il doit traditionnellement au roi de France. Dès lors, la maison de Bourgogne renonce à toute participation au gouvernement du royaume et l'État bourguignon, en pleine expansion, se mue en principauté indépendante.
Jacques d'Avout, La querelle des Armagnacs et des Bourguignons, Paris, Gallimard, coll. « La Suite des temps » (no 9), , 431 p. (présentation en ligne), [présentation en ligne].
Alain Demurger, « Guerre civile et changements du personnel administratif dans le royaume de France de 1400 à 1418 : l'exemple des baillis et sénéchaux », Francia, Munich, Artemis-Verlag, vol. 6, , p. 151-298 (lire en ligne).
(en) Emily J. Hutchison, « Winning Hearts and Minds in Early Fifteenth-Century France : Burgundian Propaganda in Perspective », French Historical Studies, vol. 35, no 1, , p. 3-30 (DOI10.1215/00161071-1424911).
Michael Nordberg, Les ducs et la royauté : études sur la rivalité des ducs d'Orléans et de Bourgogne, 1892-1407, Stockholm, Svenska bokförlaget, Norstedts, coll. « Studia Historica Upsaliensia » (noXII), , XII-257 p. (présentation en ligne), [présentation en ligne].
Nicolas Offenstadt, « Armagnacs et Bourguignons : l'affreuse discorde », L'Histoire « La guerre civile, 2000 ans de combats fratricides », no 311, , p. 24-27.
Bertrand Schnerb, Les Armagnacs et les Bourguignons : la maudite guerre, Paris, Perrin, coll. « Passé simple », , 309 p. (ISBN2-262-00521-4).
Réédition : Bertrand Schnerb, Armagnacs et Bourguignons : la maudite guerre, Paris, Perrin, coll. « Tempus » (no 282), , 409 p., poche (ISBN978-2-262-02732-2).
Bertrand Schnerb, « La Croix de Saint-André, ensaigne congnoissable des Bourguignons » », dans Denise Turrel, Martin Aurell, Christine Manigand, Jérôme Grévy, Laurent Hablot et Catalina Girbea (dir.), Signes et couleurs des identités politiques : du Moyen Âge à nos jours, Rennes, Presses universitaires de Rennes, coll. « Histoire », , 537 p. (ISBN978-2-7535-0641-1, présentation en ligne), p. 45-55.
