Perniöstä tunnetaan useita pronssikautisia asuinpaikkalöytöjä. Merovingiajalta Yliskylästä tunnetaan Suomen kuuluisampana pidetty venepolttohautaus. Arviolta 550-luvulle ajoitetusta haudasta on löydetty mm. kuusi kilvenkupuraa, viisi miekkaa ja viisi keihäänkärkeä, mitkä viittasivat useampaan vainajaan. Vainajien poltetut luut oli aseteltu kilvenkupuroiden sisään.[5]
Kunnan sijainti rannikolla ja Suuren Rantatien eli Kuninkaantien varrella vaikutti suurten kartanoiden syntymiseen. Kartanoissa alkoi myös rautateollisuuden kehitys 1600-luvulla. Metalliteollisuus on edelleen Perniössä vahvaa, joskin hiipuvaa. Nykyiset matkailuyritykset, kuten Teijon retkeilyalue ja laskettelukeskus ja Meri-Teijon vapaa-ajan palvelut ovat sijoittuneet vanhoihin ruukkikyliin. Turun ja Helsingin väliset junat eivät enää pysähdy Perniössä. Nykyään Perniön rautatieasema on yksityisasunto ja rautatieaseman tavaramakasiinissa on kirpputori. Ratapiha on purettu ja rautatien reittiä on oiottu.
Perniön Rentselinnummelta löytynyt pronssikautinen ns. Ananjino-tyypin keihäänkärki.[6]
Perniön kunta lakkautettiin ja yhdistettiin yhdeksän muun kunnan kanssa uudeksi kunnaksi 1. tammikuuta 2009 alkaen. Salo, Halikko, Kuusjoki, Pertteli, Muurla, Perniö, Särkisalo, Kisko, Kiikala ja Suomusjärvi lakkautettiin ja niiden tilalle perustettiin uusi kunta, joka otti käyttöönsä Salo-nimen ja kaupunki-nimityksen.[7] Perniön kirkonkylässä oli ennen vuoden 2009 kuntaliitosta noin 3 000 asukasta eli puolet silloisen kunnan asukasmäärästä.
Maantiede
Perniön alue voidaan jakaa viiteen eri osaan. Perniönjoen laaksoon, Halikonlahden rannikkoon, Teijon ylänköön, itäiseen ylänköalueeseen ja itäosien peltomaisemiin.
Perniön keskusta ja asemanseutu sijaitsevan Perniönjoen laaksossa, joka on kapea jokea myötäilevä maa-alue kahden pienen ylänköalueen välissä. Itäinen ylänköalue erottaa jokilaakson itäosien peltomaisemista, joka on tyypillistä varsinaissuomalaista maastoa pienine peltoja halkovine jokineen ja mäkineen. Itäosa päättyy kohoavaan Kavaniemennummeen. Teijon ylänkö erottaa Perniönjokilaakson Halikonlahden rannikosta, jossa asutus on keskittynyt kallioiden ympäröimiin laaksoihin.
Perniön hallitseva vesistö on Kiskonjoen–Perniönjoen vesistö, jonka latvahaarat ulottuvat pitkälle Muurlaan, Kiskoon ja Suomusjärvelle. Perniönjoki eli Karhujoki eli Muurlanjoki saa alkunsa Muurlan Ylisjärvestä ja virtaa kunnan halki etelään. Kiskonjoki myötäilee Perniön etelärajaa, yhdistyy Perniönjokeen ja laskee Laukanlahteen entisen kunnan eteläosassa. Ainoa isompi vesistön järvi Perniön alueella on Naarjärvi.[17]
Perniön eteläosissa on muutamia suoraan mereen vetensä laskevien järvien vesistöalueita. Suurimpina näistä ovat Makarlanjärvi ja Puontpyölinjärvi.[20][21]
Perniön kautta kulkevat rantarata ja kantatie 52 Salosta Tammisaareen. Rantaradan perusparannuksen yhteydessä Perniön alueella olleet liikennepaikat lakkautettiin; Kosken rautatieasema jäi jopa useita kilometrejä sivuun uudesta ratalinjasta. Nykyisin lähin rautatieliikennepaikka on Salon rautatieasema.
