Ylisjärvestä alkunsa saava Muurlanjoki virtaa aluksi etelään ja sitten länteen peltoaukioiden läpi. Ennen Pukkila kartanoa joen varrella on 1800-luvulla kuivatun Alasjärven peltotasanko. Pukkilan jälkeen joki puhkaisee hiekkanummet ja virtaa etelään kohti Perniön Pohjankylää yhteensä noin 12 kilometriä ennen Pohjankoskea.[7]
Alajuoksulla Perniönjokena tunnettu jokiuoma jatkuu yläjuoksulla lähes yhtä vahvana uomana kuin alajuoksulla. Joen nimen vaihtukohdaksi Muurlanjoesta Perniönjoeksi kiinnitetään tässä artikkelissa Pohjankoskeen.[5] Pohjankoskessa ja sen alapuolisessa Hamarinkoskessa on ainakin 1600-luvulla toiminut vesimyllyjä. Hamarinkoskessa toimi 1700-luvulla rautavasara ja Pohjankoskessa vuodesta 1745 sahalaitos ja vuodesta 1918 vesivoimalaitos. Pohjankoskella on pudotusta noin kolme metriä ja kosken ylittää yhdystie 12116.[8][9]
Pohjankartano ja Pohjankylä sijaitsevat kalliokukkuloiden välisessä laaksossa, joka on otettu kokonaan viljelyyn. Muurlanjoki putoaa Pohjankoskessa alas etelään johtavaan laaksoon ja virtaa kohti Yliskylää. Matkalla sinne se virtaa kuivatetun Pohjanjärven halki pitkin kaivettua kanavaa. Jokilaakso on täällä 400–1 000 metriä leveä ja laaksoa reunustavat jyrkät kalliorinteet. Samassa laaksossa kulkevat kantatie 52 ja sen rinnalla Rantaradan rautatie. Yliskylän jälkeen joen ylittää kantatiestä haarautuva yhdystie 12115. Seutua kutsutaan Ristinkulmaksi, koska täällä on yhdystien varressa Yliskylän kirkko. Joki virtaa vielä 2,5 kilometriä etelään päin, jolloin se saapuu Perniön asemalle eli Asemanseudulle. Puolivälissä kirkolta asemalle sijaitsee rautatiesilta ja Asemanseudulla on kylätien silta.[5]
Joki kääntyy Asemanseudulta kohti etelä-lounasta ja jokilaakso levenee. Yli viiden kilometrin päässä joki saapuu Perniön kirkonkylään, jossa se virtaa kirkonkylän taajaman läpi. Matkalla sinne yksi yleinen ja yksi yksityinen silta, sekä pieni kevyenliikenteen silta. Perniössä kantatie kaartaa kauemmaksi ja taajamassa jokea seuraa yhdystie 12105, joka ylittää joen keskiaikaisen kirkon kohdalla. Taajama-alueen jälkeen joen ylittää ensin Kiskoon johtava yhdystie 1840 ja Tammisaareen kulkeva kantatie 52. Ennen kantatietä jokeen yhtyy idästä tuleva Asteljoki. Jokien yhtymäkohdan eteläpuolella Perniönjoen itärannalla on Lupajan kylä, jonka kukkuloilla on pronssi- ja rautakautisia röykkiöhautoja.
Joki virtaa viimeiset kuusi kilometriä peltojen keskellä rauhassa tehden verkkaisia kaarteita. Latokartanon lähellä joki kaartaa länteen, jossa Muntolannokalla siihen yhtyy kaakosta tuleva yhtä suuri Kiskonjoki. Suureksi kasvanut joki jatkaa länteen päin Kestrikin ohi ja laskee kuuden kilometrin päässä Laukanlahteen. Lahti aukeaa Krailanselkään, ja Särkisalon jälkeen, tämä aukeaa Eekholmanselkään.
Perniönjoen valuma-alueen maankäyttö
Perniönjoen valuma-alueen maankäyttö on seuraavanlaista. Valuma-alueesta on metsämaata, avoimia kangasmetsiä ja kalliomaita 60,8 %, maatalousalueita 31,4 %, kosteikkoja ja soita on 0,5 % ja rakennettuja alueita on 5,3 %. Maa-alueiden lisäksi on vesistöinä 2,0 %.[10]
↑ abEkholm, Matti: Suomen vesistöalueet. (Vesi- ja ympäristöhallinnon julkaisuja – Sarja A 126) Helsinki: Vesi ja Ympäristöhallitus, 1993. ISBN 951-47-6860-4
↑Finsk-svensk lista (”P”)Svenska ortnamn i Finland. Kotimaisten kielten laitos. Viitattu 8.2.2023. (ruotsiksi)