Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Elokuva kertoo Antiikin Kreikan aikaisesta elämästä. Herkules on ylijumala Zeuksen ja tämän vaimon Heran poika. Zeuksen ilkeä veli Hades yrittää syöstä Zeuksen vallasta päästäkseen ylijumalaksi. Hän saa kuulla kohtalottarilta, että kahdeksantoista vuoden päästä hän voi vapauttaa titaanit valloittaakseen Ólymposvuoren, mutta vain, jos Herkules ei sekaannu asiaan. Hades lähettää kätyrinsä Piinan ja Paniikin tappamaan Herkuleen myrkyllä, joka riistää tämän kuolemattomuuden. Piina ja Paniikki kidnappaavat Herkuleen, vievät hänet laaksoon ja juottavat myrkyn hänelle. Ennen kuin Herkules on juonut kaiken myrkyn, maanviljelijän huuto säikäyttää Piinan ja Paniikin saaden heidät rikkomaan myrkkypullon ja valuttamaan viimeisen myrkkypisaran maahan. Herkuleesta tulee kuolevainen, mutta hänen voimansa kuitenkin säilyvät. Piina ja Paniikki yrittävät tappaa Herkuleen muuttamalla itsensä käärmeiksi, mutta Herkules voittaa heidät helposti. Piina ja Paniikki päättävät olla kertomatta Hadekselle tehtävän epäonnistumisesta.
Vuosia myöhemmin teini-ikäisestä Herkuleesta on tullut hylkiö, joka ei hallitse omia voimiaan. Eräänä päivänä Herkules lähtee hakemaan vastauksia Zeuksen temppelistä. Määränpäässä kuitenkin selviää, keitä Herkuleen todelliset vanhemmat ovat. Zeus kertoo Herkuleelle, että tulemalla oikeaksi sankariksi tämä olisi valmis palaamaan Olymposvuorelle äitinsä, isänsä ja muiden jumalien luokse. Zeus lähettää Herkuleen ja hänen kadonneen lapsuudenystävänsä PegasoksensatyyriPhilin luokse. Phil on lopettanut työnsä turhautuneena siitä, ettei kukaan hänen aiemmista oppilaistaan ole saanut paikkaa taivaassa. Nähtyään Herkuleen voimat, ja Zeuksen suostuttelun myötä, Phil ryhtyy kouluttamaan Herkulesta. Kaikki tehtävät suoritettuaan kaksikko suuntaa kohti Thebaa. Matkalla he kohtaavat Megin, jonka Herkules pelastaa kentauriNessokselta. Herkules ei tiedä sitä, että Meg on oikeasti Hadeksen orja ja yritti saada Nessosta liittymään Hadeksen joukkoihin. Meg kertoo Herkuleesta Hadekselle, joka tajuaa Piinan ja Paniikin pettäneen hänet ja alkaa suunnitella Herkuleen tappamista.
Herkuleen saapuessa Thebaan muut suhtautuvat häneen aluksi epäluuloisesti, mutta sitten Meg saapuu paikalle kertoen kahden pojan jääneen rotkoon loukkuun suuren kiven alle. Herkules nostaa kiven ja pelastaa pojat, jotka todellisuudessa ovat valeasuiset Piina ja Paniikki, ja tulee tietämättään vapauttaneeksi hydran. Hadeksen harmiksi Herkules kukistaa hirviön ja häntä pidetään kunnioitettuna sankarina. Herkules päihittää monta muutakin hirviötä ja hänen suosionsa kasvaa. Zeus kertoo kuitenkin Herkuleelle, ettei tämä ole vielä "oikea sankari" ja kieltäytyy selittämästä, mitä se tarkoittaa. Pettyneenä ja turhautuneena Herkules viettää illan Megin kanssa ja he rakastuvat. Hades saa kuulla tästä, ja kun hänellä on vain päivä aikaa herättää titaanit, hän vangitsee Megin. Hän kuitenkin lupaa vapauttaa hänet sillä ehdolla, että Herkules luopuu voimistaan päivän ajaksi. Hadeksen luvattua olla vahingoittamatta Megiä Herkules hyväksyy tarjouksen, mutta tuntee olonsa petetyksi kuultuaan Megin työskennelleen Hadekselle koko ajan.
Hades vapauttaa titaanit, jotka kiipeävät Olymposvuorelle ja päihittävät jumalat, kun kyklooppi suuntaa Thebaan tappamaan Herkulesta. Herkules päihittää kykloopin vain älynsä voimalla. Taistelussa Meg loukkaantuu kuolettavasti pelastaessaan Herkuleen romahtavalta pylväältä. Hadeksen lupaus olla vahingoittamatta Megiä rikkoutuu ja Herkules saa voimansa takaisin. Herkules ja Pegasos lentävät Olymposvuorelle, vapauttavat jumalat ja kukistavat titaanit, mutta Meg kuolee ennen kuin Herkules ehtii palata.
Palauttaakseen Megin sielun Herkules suuntaa kuolleiden maahan ja vaarantaa henkensä sukeltamalla Styks-jokeen. Sankarillisen tekonsa myötä Herkules saa kuolemattomuutensa takaisin. Hän kykenee nappaamaan Megin sielun joesta ja pelastaa tämän. Herkules lyö Hadesta niin, että tämä putoaa jokeen, jossa odottavat sielut hukuttavat tämän. Megin parannuttua hän ja Herkules suuntaavat Olymposvuorelle, missä Zeus ja Hera toivottavat poikansa tervetulleeksi ja kertovat Herkuleelle, että tämä on tullut oikeaksi sankariksi vahvan sydämensä myötä. Herkules kieltäytyy liittymästä jumalten joukkoon, hylkää jumaluutensa ja palaa Maahan Megin kanssa. Kaksikko palaa Thebaan, missä Zeus muodostaa taivaalle Herkuleen tähtikuvion poikansa kunniaksi.
