Bere kasa hasi zituen musika-ikasketak, eta geroago Malawskiren ikaslea izan zen Krakoviako Goi Mailako Musika Eskolan. 1958. urtetik aurrera eskola hartako irakaslea izan zen, eta 1972. urtean zuzendari izendatu zuten. 1973. urtetik aurrera konposizio-irakaslea izan zen Yaleko unibertsitatean.
Lehen lanetan C. Debussyren eta K. Szymanowskiren eragina antzematen zaio. Geroago Boulezen eragina izan zuen. 1960. urtetik aurrera Boulezen estiloa utzi zuen, eta abangoardiako musikagile nagusietakoa bihurtu zen.
Pendereckik musikazkoak ez diren hotsak erabiltzen zituen, idazmakinarena eta zerrarena, adibidez, eta ohiko musika-tresnekin nahasten zituen. Ahotserako musikan aldiz, kantariek kontsonanteak ahoskatu behar izaten dituzte arrapaladan, txistu eta zarata eginez.
Lan aipagarriak dira: The Devils of Loudun (1968-1969) eta Paradise (1976-1978) operak; Anaklasis (1960), harizko eta perkusiozko tresnetarako; Threnody for The Victims of Hiroshime (1960), harizko 52 tresnetarako; Polymorphia (1961), harizko 48 tresnetarako; St. Luke Passion (1963-1966), idatzi duen lanik txalotuena, kontalari, bakarlari, abesbatza eta orkestrarako; Kosmogonia (1970), bakarlari, abesbatza eta orkestrarako; Ekintzak (1971), jazz-talderako; Intermezzo (1973); Agnus Dei (1980), korurako.
Soinu-bandak ere egin zituen, esate baterako, Wojciech JerzyrenManuscrit trouvé à Saragosserako (1964) sortutako musika XX. mendeko soinu-banda berritzaileenetakotzat jotzen da.
Bestalde, Pendereckiren beste lan batzuk nahiz eta zinerako sortuak ez izan, film batzuetan erabiliak izan dira, hala nola, Txelo-kontzertuaren (1971) zati batzuk The Shining eta The Exorcist filmetan erabili zen.
Krzysztof Pendereckik sari ugari jaso zituen: Wolf saria (1987), Grawemeyer saria (1992), Asturiasko Printzea Saria (2001) eta Praemium Imperiale saria (2004), besteak beste.