Το Πανελλήνιο πρωτάθλημα 1945-46 ήταν η 13η διεξαγωγή του θεσμού από την ίδρυση το 1926 της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας (ΕΠΟ) και το πρώτο μεταπολεμικό. Σε αντίθεση με το τελευταίο πριν τον Β' ΠΠ (1939-40), μετείχαν αποκλειστικά σύλλογοι από τις τρεις ιδρυτικές της Ενώσεις ΕΠΣ Αθηνών, ΕΠΣ Πειραιώς, ΕΠΣ Μακεδονίας (στην ουσία Θεσσαλονίκης) και μάλιστα μόνον οι πρωταθλητές τους. Πραγματοποιήθηκε σε διπλές συναντήσεις και διάστημα ενός μήνα (30 Μαΐου-30 Ιουνίου 1946), με νικητής να αναδεικνύεται ο Άρης για τρίτη φορά στη διοργάνωση και τελευταία της ιστορίας του.
Η ΑΕΚ, με δεδομένη την πίεση χρόνου για έναρξη του Πανελλήνιου, ορίστηκε να μετάσχει λόγω καλύτερης αναλογίας (συντελεστή) τερμάτων από τον Αστέρα Αθηνών, καθώς η ΕΠΣΑ υποχρεώθηκε από την ΕΠΟ να διακόψει το αθηναϊκό πρωτάθλημα 7 αγωνιστικές πριν τη λήξη του. Στην κατάταξη ακολουθούσαν οι Παναθηναϊκός, Φωστήρ Ταύρου και Πανιώνιος Σμύρνης, διατηρώντας περισσότερες ή λιγότερες πιθανότητες για κατάκτηση του τίτλου και άρα να προκριθούν εκείνοι αντί της ΑΕΚ. Το ίδιο συνέβη στο αντίστοιχο της ΕΠΣΠ, αλλά με ματαίωση ενός μόλις αγώνα και μαθηματικά εξασφαλισμένη την κατάληψη της κορυφής από τον Ολυμπιακό Πειραιώς.
Με την ολοκλήρωση και των 6 αναμετρήσεων, την πρώτη θέση της βαθμολογίας κατείχε ο Άρης. Στη συνέχεια όμως η Ομοσπονδία έκανε δεκτές τις ενστάσεις των αντιπάλων του για αντικανονική χρησιμοποίηση του σέντερ χαφ Σιώτη (αγωνίστηκε σε δύο σωματεία την ίδια περίοδο),[1] κατακυρώνοντας με αποτέλεσμα 2-0 υπέρ τους, τους τελευταίους 3 από τους 4 αγώνες του (ισοπαλία εκτός έδρας με ΑΕΚ και νίκες εντός επί ΟΣΦΠ, ΑΕΚ),[2] ενώ παράλληλα μηδένισε το σύλλογο της βόρειας Ελλάδας για αυτά.[3] Επί κάποιες ημέρες η κατάταξη είχε διαμορφωθεί:
ΑΕΚ 11 βαθμοί — Ολυμπιακός 9 — Άρης 1,
με ανακήρυξη της Ένωσης ως πρωταθλήτριας από την ΕΠΟ και τους Θεσσαλονικείς να φέρνουν –μέσω της ΕΠΣΜ– το ζήτημα στη γενική της συνέλευση.[4] Τελικά, δικαιώθηκαν στην έφεση που είχαν υποβάλει και κατέκτησαν εκείνοι τον τίτλο.
*Η διοργάνωση διακόπηκε όταν στις 19 Μαΐου 1946 και χωρίς να ολοκληρωθεί η 15η αγωνιστική, ενώ υπολείπονταν επίσης και συναντήσεις αναβληθείσες ή για επανάληψη. Η ΕΠΟ ανακήρυξε πρωταθλήτριες ΕΠΣ Αθηνών, Πειραιώς και Μακεδονίας τους πρωτοπόρους των βαθμολογιών για να συμμετέχουν στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα.
*Ολυμπιακός και Αργοναύτης είχαν ένα ματς λιγότερο αλλά δεδομένου ότι είχε κριθεί ο τίτλος και η τελευταία θέση, ο αγώνας ματαιώθηκε ώστε να ξεκινήσει έγκαιρα το πανελλήνιο πρωτάθλημα.
Κατόπιν "της βεβαιότητας ότι θα κερδηθούν αι εις βάρος του Άρεως ενστάσεις",[7] οι οποίες και δεν είχαν εκδικαστεί πριν την τελευταία συνάντηση, αυτή θα έκρινε την έκβαση του πρωταθλήματος. Παρά την πρωτοβουλία του στο α' μέρος, ο Ολυμπιακός δεν νίκησε ώστε να ισοβαθμήσει με την ΑΕΚ, που εφόσον με τη σειρά της έπαιρνε τη νίκη, θα έφτανε τον Άρη στην κορυφή και θα περίμενε την κατάληξη των ενστάσεων. Οι πηγές της εποχής, πάντως, δεν αναφέρουν το ισχύον τη συγκεκριμένη χρονιά κριτήριο για ανάδειξη του πρωταθλητή σε περίπτωση ισοβαθμίας, δηλαδή εάν θα λαμβανόταν υπόψη η αναλογία τερμάτων (όπου η ΑΕΚ υστερούσε του Ολυμπιακού, έπρεπε δε να τον νικήσει με διαφορά 2 γκολ για να μην υπολείπεται και του Άρη) ή θα ακολουθούσε αγώνας κατάταξης (μπαράζ).
"Γκολ 2000 • Ένας αιώνας ποδόσφαιρο: αλμανάκ, ιστορία, σχόλια", Ανδρέας Μπόμης, Εκδ. Πελεκάνος, Αθήνα 2000, ISBN 978-000-4000-05-3, σελ. 240-241
"Αυτός είναι ο Ολυμπιακός • Η ένδοξη ιστορία του δημοφιλούς συλλόγου", Πάνος Μακρίδης - Ευάγγελος Φουντουκίδης, έκδοση εφημερ. «ΑΘΛΗΤΙΚΗ ΗΧΩ», Αθήνα 1957, σελ. 62
"Άρης • Ποδόσφαιρο-μπάσκετ", Γρηγόρης Δημακάκος - Βασίλης Βλαχόπουλος, Εκδόσεις ΣΚΑΪ, Αθήνα 2009, ISBN 960-4820-22-2, σελ. 22-23