Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Μεσσηνίας, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Μεσσηνίας είναι η εξής:[2]
Α΄ Κατηγορία
Α1 Κατηγορία
Β΄ Κατηγορία (2 Όμιλοι)
Γ΄ Κατηγορία (2 Όμιλοι)
Α΄ Κατηγορία
Στην Α΄ Κατηγορία συμμετέχουν 16 σύλλογοι. Πρωταθλητής ΕΠΣ Μεσσηνίας για το 2015-16 είναι ο Τσικλητήρας Πύλου ο οποίος κέρδισε και την άνοδο στη Γ΄ Εθνική μέσω του Πρωταθλήματος Πρωταθλητριών ΕΠΣ. Καθώς η Καλαμάτα υποβιβάστηκε και θα αγωνίζεται στη Α΄ ΕΠΣΜ το 2016-17, οι τρεις τελευταίες ομάδες υποβιβάζονται στην Α1 ΕΠΣΜ.[2]
14 σύλλογοι συμμετείχαν στην Α1 ΕΠΣΜ 2015-16. Οι τρεις πρώτες της τελικής κατάταξης κέρδισαν την άνοδο στην κορυφαία κατηγορία και οι δυο τελευταίες υποβιβάζονται στη Β΄ ΕΠΣΜ.
Με 2 ομίλους των 12 συλλόγων διεξήχθη η Β΄ Κατηγορία. Οι πρωταθλητές των ομίλων τους «Αστέρας Μικρομάνης» και «Ολυμπιακός Ανάληψης» κέρδισαν την άνοδο στην Α1. Οι τελευταίες των δυο ομίλων υποβιβάστηκαν.
Οι 16 σύλλογοι που δήλωσαν συμμετοχή στη Γ΄ Κατηγορία χωρίστηκαν σε 2 ομίλους. Σύμφωνα με την προκήρυξη (άρθρο 22[2]) οι δυο πρώτοι κάθε ομίλου ανεβαίνουν κατηγορία.