Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Λασιθίου, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Λασιθίου είναι η εξής:
Α΄ Κατηγορία
Β΄ Κατηγορία
Α΄ κατηγορία
Διεξάγεται σε έναν όμιλο των 14 ομάδων. Η πρωταθλήτρια προβιβάζεται στους αγώνες κατάταξης (μπαράζ) μεταξύ των πρωταθλητών στις 4 ΕΠΣ της Κρήτης, όπου η υπερπρωταθλήτρια ομάδα προβιβάζεται στον τέταρτο όμιλο της Γ' Εθνικής. Υποβιβάζονται 2 ομάδες.
Διεξάγεται σε έναν όμιλο των 11 ομάδων. Ο πρωταθλητής και ο δευτεράθλητης(σε περίπτωση που ο πρωταθλητής της Α' κατηγορίας ανέβει στην Γ' Εθνική) ανεβαίνουν στην Α΄ κατηγορία.