Το Σφακάκι βρίσκεται στον κόλπο του Αλμυρού σε απόσταση 9 χλμ. Α.-ΒΑ από την πόλη του Ρεθύμνου, ανάμεσα στους οικισμούς Πηγιανός Κάμπος (ΝΔ.), Παγκαλοχώρι (Ν.) και Σκαλέτα (ΒΑ.) ενώ μέσα από αυτό περνάει η ΕΟ90 ή Βόρειος Οδικός Άξονας Κρήτης (Β.Ο.Α.Κ.). Στην περιοχή έχουν βρεθεί τμήμα νεκροταφείου των ύστερων αρχαϊκών και πρώιμων κλασικών χρόνων[4], αλλά και λείψανα οικιστικών χώρων. Γι΄ αυτό και η περιοχή που περικλείει τους οικισμούς Σφακάκι και Παγκαλοχώρι αποτελεί συνέχεια αυτής του Σταυρωμένου - Χαμαλευρίου έχει κηρυχθεί αρχαιολογικός χώρος.[5][6]
Διοικητικά
Ως ξεχωριστός οικισμός αναφέρεται επίσημα για πρώτη φορά το 1981 να απογράφεται στην τότε κοινότητα Παγκαλοχωρίου[7]. Σύμφωνα με το σχέδιο Καλλικράτης, μαζί με το Παγκαλοχώρι, αποτελούν την τοπική κοινότητα Παγκαλοχωρίου που υπάγεται στη δημοτική ενότητα Αρκαδίου του Δήμου Ρεθύμνης και σύμφωνα με την απογραφή του 2011 έχει μόνιμο πληθυσμό 792 κατοίκους.[8]