Το χωριό δεν αναφέρεται στις ενετικές απογραφές. Η παλαιότερη μνεία στο χωριό γίνεται στο έργο Κρητικά του Μιχαήλ Χουρμούζη το 1842. Στην απογραφή του 1881 αναφέρεται στο δήμο Χρωμοναστηρίου και είχε 2 Χριστιανούς και 17 Τούρκους κατοίκους. Στην απογραφή του 1900 είχε 120 κατοίκους. Στην απογραφή του 1920 αναφέρεται ως έδρα ομώνυμου αγροτικού δήμου.[2] Το 1925, τα Καπεδιανά υπάχθηκαν αρχικά στην κοινότητα Ρουσοσπητίου, έπειτα στην κοινότητα Χρωμοναστηρίου για 7 χρόνια και το 1935 προσαρτήθηκαν εκ νέου στην κοινότητα Ρουσοσπητίου. Με την Καποδιστριακή διοικητική διαίρεση, το χωριό προσαρτήθηκε στον Δήμο Ρεθύμνης.[3]
Αναλυτικά η δημογραφική πορεία του χωριού σύμφωνα με τις απογραφές:
Το χωριό έχει ανακηρυχθεί παραδοσιακός οικισμός. Πολλά από τα σπίτια του είναι ερειπωμένα. Στην είσοδο του χωριού σώζεται κρήνη με τουρκική επιγραφή.[4] Απόμερα από το χωριό βρίσκεται ο δίκλιτος ναός της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος και του Αγίου Φανουρίου. Το κλίτος της Μεταμόρφωσης είναι το παλαιότερο, κτισμένο στις αρχές του 20ού αιώνα στη θέση παλαιότερου ναού. Το κλίτος του Αγίου Φανουρίου κτίστηκε το 1998.[5]
