Nach Tätigkeiten in Bietigheim bei Rastatt (1992–1993), in der Pfarrei Herz Jesu in Ettlingen und in der Pfarrei St. Georg in Völkersbach bei Malsch (1995–1996) erhielt er 1996 die Diakonenweihe. Am 11. Mai 1997 empfing er durch Erzbischof Oskar Saier das Sakrament der Priesterweihe. Er war Kaplan in Malsch bei Ettlingen (1997–1999) und Hochschulseelsorger der katholischen Hochschulgemeinde Freiburg-Littenweiler (1999–2001). 2002 wurde er Subdirektor am Erzbischöflichen theologischen Konvikt und engagierte sich für die Studienphase der Priesterkandidaten. 2006 wurde Gerber zum Subregens am Erzbischöflichen Priesterseminar Freiburg ernannt. 2007 wurde er mit einer Arbeit zu theologisch-anthropologischen Grundlagen für die Formung und Ausbildung geistlicher Berufe zum Dr. theol.promoviert (magna cum laude). Von 2011 bis 2014 war er Regens des Erzbischöflichen Priesterseminars Collegium Borromaeum in Freiburg im Breisgau.
Michael Gerber wurde nach der Wahl durch das Fuldaer Domkapitel am 13. Dezember 2018 durch Papst Franziskus als Nachfolger von Heinz Josef Algermissen zum Bischof von Fulda ernannt[2] und am 31. März 2019 mit einem festlichen Pontifikalamt im Fuldaer Dom in sein Amt eingeführt.[3]
Michael Gerber: Zur Liebe berufen. Pastoraltheologische Kriterien für die Formung geistlicher Berufe in Auseinandersetzung mit Luigi M. Rulla und Josef Kentenich. Echter Verlag, Würzburg 2008, ISBN 978-3-429-02993-7 (Dissertation).
Michael Gerber: Barfuß klettern. Ermutigungen für Christen heute. Herder, Freiburg 2015, ISBN 978-3-451-38821-7.